Первая христианская проповедь на территории современной Македонии относится ко временам апостольским – апостол Павел посетил ряд городов Македонии и основал в них христианские общины.
После издания Миланского эдикта (313) христианство стало распространяться интенсивно по всей Македонии (эдикт провозглашал свободу христианства), а в г. Скопье была основана христианская епископия во главе с первым епископом Паригорием.
В IV – V вв. Македония входила в состав префектуры Восточной Иллирии, а в церковном отношении подчинялась то Риму, то Константинополю. В период правления византийского императора Юстиниана I (527 – 565) Скопийскому епископу были предоставлены права самостоятельного управления своим округом.
Христианизации славян Македонии во многом способствовала миссионерская деятельность учеников святых Кирилла и Мефодия – святых Климента и Наума. Будучи изгнанными из Моравии, они поселились в Болгарии и Македонии, сблизив своей просветительской деятельностью эти два народа.
В начале XI в. все македонские и болгарские земли были захвачены византийским императором Василием Болгаробойцей. Центром церковной жизни Болгарии стал г. Охрид, архиепископу которого отныне подчинялась Македонская Церковь.
Во времена османского господства на Балканах македонский народ разделил общую тяжелую участь славян. Часть из них приняли ислам, но большинство оставались верными Православию и иногда принимали мученическую кончину от турок.
В 1767 г. Охридская архиепископия была подчинена Константинополю, что автоматически повлекло за собой и подчинение Македонской Церкви, в которой, как и везде в этот период на Балканах, начинается засилье греков в иерархии.
Когда в 1870 г. в Болгарии был провозглашен Экзархат, в Македонии началось движение за объявление самостоятельной Македонской Православной Церкви, закончившаяся неудачно, ибо македонцев не поддержали ни Константинополь, ни Болгарский Экзархат, ни русский посол в Турции граф Игнатьев.
После окончания русско-турецкой войны 1877 – 1878 гг., по решениям Берлинского конгресса большая часть Македонии оставалась под властью турок.
Во второй половине XIX в. на церковную жизнь Македонии влияли и турки, и Константинопольская Патриархия, и Болгарский Экзархат, стремившийся сохранить там свою власть, и, наконец, ставшая в 1879 г. автокефальной Сербская Церковь. В 1880 г. был основан «Просветительный комитет для школ и церквей в Македонии и старой Сербии».
Тем не менее, в македонском народе продолжала крепнуть мысль о церковной самостоятельности. Особенно эти настроения проявили себя после неудачного Ильинденского восстания (июль – август 1903 г.), поднятого македонцами за освобождение от турецкого ига.
Ситуация разрешилась в результате Балканских войн (1912 – 1913 гг.), по итогам которых Македония была разделена между Сербией, Болгарией и Турцией. На территории каждой из этих частей разделенной Македонии устанавливалась юрисдикция соответствующей Церкви – Сербской, Болгарской и Константинопольской.
После Первой Мировой войны Македония вновь была разделена и в политическом, и в церковном отношении между Сербией, Болгарией и Грецией (соответственно между Сербской, Болгарской и Элладской Церквами).
В годы Второй Мировой войны большая часть православного македонского духовенства активно сотрудничала с Народно-освободительной армией (Церковь в Западной Македонии была подчинена фашистской Италией Албанской Православной Церкви). В 1943 г. после капитуляции Италии произошло освобождение Македонии от оккупантов силами Народно-освободительной армии, при Генеральном штабе которой было сформировано Религиозное представительство (во главе – священник Веле Манчевский), охватившее ряд приходов.
Одним из первых решений Представительства было определение того, что в будущем упраздняется зависимость Македонии от церковных властей, находящихся за пределами Македонии, и вводится в храмах македонский язык.
После окончания войны образовалась инициативная группа македонских священников с целью создания независимой Православной Македонской Церкви.
В 1959 г. состоялся Собор Сербской Православной Церкви, который постановил, что самостоятельная Македонская Церковь управляется по ранее принятому Уставу в г. Охриде (1958), но и в будущем она остается в каноническом единстве в Сербской Церковью. В итоге между Сербской и Македонской Православными Церквами установилось каноническое единство, а сама Македонская Церковь получила автономию. В июле 1959 г. Патриарх Сербский Герман хиротонисал епископов в епархии Македонии.
Но в среде македонского духовенства продолжали вынашиваться идеи автокефалии Македонской церковной организации. Неоднократно обращаясь за предоставлением независимости к Сербскому Патриарху, Македонская Церковь получала отказ.
Тогда в 1967 г. в Охриде состоялся Церковно-народный собор», самостоятельно провозгласивший автокефалию Македонской Православной Церкви.
Сербская Патриархия не признает эту автокефалию, аргументируя это тем, что в Македонии для автокефалии недостаточное количество пастырей и верующих и самое главное – глава Македонской Церкви, санкционируя автокефалию, нарушил архиерейскую присягу, данную во время возведения на митрополичью кафедру о том, что он будет хранить каноническое единство с Сербской Церковью.
В настоящее время Македонская Православная Церковь возглавляется архиепископом и имеет 8 епархий (1994 г.). Имеет приходы в США, Канаде и Австралии, так как туда эмигрировали македонцы в начале ХХ в. с усилением турецкого террора после подавления Ильинденского восстания. В 1967 г. зарубежные приходы были объединены в новоорганизованную Американо-Канадско-Австралийскую епархию, разделенную затем на 1) Македонскую епископию Америки и Канады и 2) Македонскую епископию Австралии. Численность верующих Македонской Церкви составляет ок. 1 млн. человек (1996 г.).
Македонская Церковь имеет свои печатные издания. В 1967 г. была открыта первая в Македонии духовная семинария во имя св. Климента Охридского.
