23 июня 1941 г. для стратегического руководства вооруженными силами была создана Ставка Главного Командования. Ее возглавил вначале С.К. Тимошенко, как народный комиссар обороны. Опасность, нависшая над нашей страной, потребовала коренной перестройки всей жизни государства на военный лад, принятия комплекса чрезвычайных мер по превращению СССР в единый военный лагерь, перевода экономики на нужды обороны. Эта программа содержалась в директиве СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 29 июня 1941 г. Решением от 30 июня 1941 г. вся полнота власти была сосредоточена в Государственном комитете обороны (ГКО), возглавляемом лично Сталиным. В ГКО вошли также В.М. Молотов, К.Е. Ворошилов, Г.М. Маленков, Л.П. Берия, позднее – Н.А. Вознесенский, Л.М. Каганович, Н.А. Булганин, а Ворошилов был полностью отстранен от военного руководства.
Для совершенствования стратегического руководства вооруженной борьбой 10 июля 1941 г. были созданы Главные командования: Северо-Западного (Маршал Советского Союза К.Е. Ворошилов), Западного (Маршал Советского Союза С.К. Тимошенко) и Юго-Западного (Маршал Советского Союза С.М. Буденный) направлений. Ставка Главного командования была преобразована в Ставку Верховного главнокомандования во главе с И.В. Сталиным, который 8 августа 1941 г. стал Верховным Главнокомандующим (с 16 июля – народный комиссар обороны). Таким образом, Сталин сосредоточил в своих руках всю партийную, государственную и военную власть, что не могло не сказаться на оперативности решения вопросов, свидетельствовало об отказе от коллегиальности в работе высших государственных и военных органов в пользу эффективности и быстроты принятия решений..
Для улучшения материального обеспечения войск действующей армии решением ГКО от 28 июля 1941 г. было учреждено Главное управление тыла и должность начальника тыла РККА, которую занял генерал А.В. Хрулев.
Для укрепления кадров политработников в армию и на флот в начале войны по решению ЦК ВКП(б) были направлены 500 секретарей ЦК компартий республик, краевых, областных, городских и районных комитетов ВКП(б), 270 работников центрального аппарата, 1265 партийных руководителей разных звеньев. Большинство из них в годы войны действительно освоили военную науку, но были и примеры отрицательного влияния политработников, особенно в начале вооруженной борьбы.
Уже в конце июня 1941 г. было решено провести партийную и комсомольскую мобилизацию на фронт для усиления партийной прослойки в действующей армии.
На основе решения Политбюро ЦК партии Президиум Верховного Совета СССР 16 июля 1941 г. принял постановление «О реорганизации органов политической пропаганды и введении института военных комиссаров в Рабоче-Крестьянской Красной Армии», действие которого 20 июля было распространено и на ВМФ СССР. Была реорганизована и система политорганов в ВС СССР, которые возглавили Главное политическое управление РККА (армейский комиссар I ранга Л.З. Мехлис) и Главное политуправление ВМФ (армейский комиссар II ранга И.В. Рогов). Институт военкомов и политруков просуществовал до октября 1942 г. и был упразднен в связи с введением полного единоначалия в РККА и ВМФ. Наряду с политико-воспитательной работой в войсках в деятельности политорганов проявлялись и репрессивные методы. Так, приказ Ставки ВГК № 270 от 16 августа 1941 г. объявлял всех попавших в плен изменниками Родине, а директива НКО от 12 сентября 1941 г. санкционировала создание заградительных отрядов.
С началом войны были предприняты срочные меры для перевода всего народного хозяйства на военные рельсы: 23 июня был введен в действие мобилизационный план по производству боеприпасов, 30 июня утвержден мобилизационный народно-хозяйственный план на третий квартал 1941 г., предусматривавший ускоренные темпы выпуска военной продукции. Важнейшие предприятия из западных и южных территорий перемещались в глубокий тыл (на Урал, в Поволжье, Сибирь, Среднюю Азию и другие районы). Образованный 24 июня Совет по эвакуации при СНК СССР(председатель Н.М. Шверник) проводил огромную работу. За вторую половину 1941 г. им было перемещено около 2600 промышленных предприятий (в том числе 1523 крупных), эвакуировано 30-40 % рабочих, инженерно-технического персонала, вывезены запасы продовольствия, сельхозтехника, материальные и культурные ценности (произведения искусства, книги). Из прифронтовой полосы в восточные районы страны за этот же период было эвакуировано около 2,4 млн. голов скота. Однако колоссальные масштабы перебазирования промышленности и населения на восток привели к снижению темпов производства, особенно самолетов и боеприпасов, и следствием явилась нехватка вооружения для срочно формируемых частей и соединений (к декабрю 1941 г. в действующую армию были направлены 291 дивизия и 94 бригады.)
На фронт тыл отправлял оружие, боеприпасы, военную технику, продовольствие и обмундирование. Достижения промышленности сделали возможным уже к ноябрю 1942 г. изменить соотношение сил в пользу советских войск. В деятельности советского тыла 1943 г. стал переломным.
