При Петре 1 была предпринята первая попытка отделить суд от администрации. Розыск был заменен следственным или инквизиционным, процессом. Основы этого судебного процесса были закреплены во второй части Воинского Устава 1716 года. Вданный период, судебные функции выполняли 3 гос. органа: Бурмистерская Палата, Юстиц-коллегия и Преображенский приказ.
Бурмистерская палата была учреждена Указом от 30 января 1699 г. Она не была подчинена ни одному из приказов и занимала главное место в приказной системе Российского государства (с 1700 года получает название Ратуша). Президент и члены (бурмистры) этого органа избирались; в других городахкроме Москвы, были созданы подчиненные московской Ратуше выборные бурмистерские (земские) избы. Сюда поступали все собранные по городам деньги. Таким образом, они выполняли и финансовые функции. Бурмистерская палата и земские избы рассматривались как органы городского самоуправления. Они должны были «ведать торговое и промышленное население во всех мирских расправных и челобитчиковых делах и в спорах». Поэтому судебная функция этого органа управления не являлась главной. С проведением в 1708 году губернской реформы и введением должностей губернаторов в России финансовые функции были переданы им. Ратуша из центрального органа стала местным учреждением.
В связи с губернской реформой при Петре I была предпринята попытка реорганизовать судебные органы и отделить суд от администрации. Судебная система тогда уже представляла собой определенную структуру.Высшей надзорной и апелляционной инстанцией являлся Сенат, он же мог рассматривать важные, государственные дела по первой инстанции. Ему подчинялась Юстиц-коллегия. В провинциях создавался апелляционный надворный суд и коллегиальный суд первой инстанции — земский суд, в дистриктах правосудие осуществляли тоже земские суды.
Созданные в 1719 году надворные и нижние суды были непосредственно подчинены Юстиц-коллегии. Надворные суды состояли из президента, вице-президента, нескольких асессоров и должны были утверждаться в каждой губернии. Ведению надворных судов подлежали уголовные и гражданские дела. Нижние суды были коллегиальными органами, состоявшими из председателя, обер-ландрихтера, асессоров, и действовали в девяти главных городах страны.
При Петре I был организован и военный суд, который состоял из двух инстанций. Низшей инстанцией являлся полковой кригсрехт, включавший председателя (презуса), асессоров, аудитора (он должен был наблюдать за правильным применением законов) и секретаря. Апелляционной инстанцией для полковых кригсрехтов выступал Генеральный кригсрехт, который являлся одновременно судом первой инстанции по государственным преступлениям, по преступлениям целых войсковых частей, по преступлениям высших военных чинов и по преступлениям, направленным против этих чинов.
Основную часть судебной системы России составляли государственные суды, возглавляемые Юстиц-коллегией. Она была судебным и административным органом. К ней перешли дела ряда старых приказов (Поместного, Сыскного, Земского) и заведование местными судами. Коллегия являлась для них апелляционной инстанцией по уголовным и гражданским делам.В ведении коллегии находились следственные, розыскные дела, сведения о заключенных в тюрьмах.
Высшей судебной инстанцией был Сенат, решения которого являлись окончательными. Трансформация судебных органов преследовала задачу отделения суда от администрации.
С 1722 года сеть судебных учреждений стала сворачиваться. Сначала были упразднены нижние суды. Их функции должны были теперь выполнять воеводы и особо учрежденные судебные комиссары, которые наделялись судебными функциями. Судебные комиссары подчинялись воеводам, т.е. вновь произошло сближение судебных и административных органов. Позднее, в 1727 году были упразднены и надворные суды, а их функции перешли к губернаторам и воеводам.
Апелляционной инстанцией для губернаторского и воеводского судов по-прежнему оставалась Юстиц-коллегия.
