Чем сложнее медицинская проблема, тем большую роль в ее изучении играет методология. Наряду со знанием теоретических основ биологии, социологии и других наук для ученого-медика большое значение имеют знание ценностных ориентаций, философско-методологических оснований и методическая вооруженность. Это обусловлено усложнением тех закономерностей жизнедеятельности человека в норме и патологии, которые изучаются медициной и смежными науками на современном этапе. Как известно, на развитие естествознания и медицины XIX – XX вв. сильное влияние оказали марксистская философия, естественно-научный материализм, различные формы позитивизма и аналитической философии, феноменология, экзистенциализм, философская антропология и другие течения. Все многообразие школ и направлений современной философии, все типы философствования так или иначе проецируются на медицину, формируют философские основания соответствующих традиций в медицине и тем самым по-своему ставят задачу позитивной разработки узловых проблем медицинского знания, способствуют развитию философии медицины. В медицине выявилась вполне закономерная тенденция к расширению ее методологического базиса, к включению в ее объяснительные конструкции новых элементов. Поэтому философско-методологический и логический анализ знания в медицине, когда методологическая и логическая вооруженность стала практической потребностью для любого серьезного и самостоятельно мыслящего исследователя и клинициста, включает в частности, анализ его развития, интеграции и дифференциации. Для медицины актуален анализ таких методологических проблем, как активность субъекта познания, природа факта, сущность редукционизма, соотношение эмпирического и теоретического и т. д. Эти проблемы были поставлены самой жизнью. Прогрессом познания и углубляющимся разрывом с натурфилософскими идеями.
Важной философской и методологической проблемой является классификация медицинских наук. Известно традиционное деление наук на естественные, общественные и технические, а так же на фундаментальные и прикладные. Конечно, такого рода классификации относительны, ибо в условиях НТР имеется достаточно большое количество наук, находящихся на стыке или активно обменивающихся идеями и методами друг с другом. Медицина является наглядным примером такого рода относительности классификации наук: о ней говорят и как о науке, и как об искусстве, акцент делают то на ее теоретичности, то, напротив, на ее эмпирическом характере. Постоянно подчеркивают, что она находится на стыке между естественными и общественными науками.
С процессами дифференциации и интеграции медицинских наук обычно увязывают попытки создания общей теории медицины как интеграции естественнонаучных и социогуманитарных знаний.
Интеграция и дифференциация в медицинских науках – взаимосвязанные процессы. Дифференциация знаний в медицине, узкая специализация исследований, осуществляемая без необходимой интеграции и координации знаний, содержащихся в области медицины и других наук, может стать основой для возникновения односторонних метафизических обобщений. Столь же опасна и узкая специализация клиницистов без основательной философской и общетеоретической подготовки.
Процессы дифференциации и интеграции знаний – это, с одной стороны, процессы, ведущие к формированию и развитию новых дисциплинарных единиц медицинского знания, а с другой – это междисциплинарный синтез, интеграция медицинского знания. В этом контексте формирование принципиально новых медицинских и биологических дисциплин, как, например, генной иммунологии, ставшее возможным благодаря очередному этапу научно-технического прогресса – яркий пример интегративных междисциплинарных процессов, демонстрирующий специфичность и наукоемкость таких отраслей медицинского знания.
Интегративные процессы в современной медицине расширяют возможности для исследований теоретического и прикладного характера. Современное медицинское познание, в том числе в диагностике, все больше превращается в область комплексного анализа объекта и предмета, а так же и самой сложной теоретической, экспериментальной и практической деятельности в медицине.
Процессы интеграции и дифференциации подчеркивают, что медицина – мультидисциплинарная система знания. Знания в медицине оказываются той точкой, где пересекаются фундаментальные закономерности, относимые к клиническому, измеренческому, феноменологическому и другим формам знания. Здесь сосуществуют, переплетаясь между собой, знание научное и вненаучное, базирующееся на научном рационализме новоевропейского мышления и имеющее своими предпосылками неклассическую философию (феноменология, экзистенциализм, герменевтика). Это противоречивое единство должно быть в полной мере осознано, должны быть найдены методологические предпосылки его анализа.