Peu après la dissolution de l'URSS en 1991, la Biélorussie, alors dirigée par S. Chouchkevitch, cherche à se rapprocher de l'Europe sans toutefois rompre les liens avec la Russie. En novembre 1992, l'Union européenneet la Biélorussie décident d'élaborer un Accord de partenariat et d'association. Mais les difficultés économiques, dues à un système agricole et industriel très dépendant de la Russie pour ses approvisionnements en matières premières (70 %) et l'écoulement de ses marchandises, et les affinités culturelles avec le grand frère russe poussent le nouvel État indépendant à accentuer le vecteur russe de sa politique étrangère. En 1994, la destitution de S. Chouchkevitch (officiellement en raison de son incapacité à contrôler la corruption existant au sein de son gouvernement, en fait pour sa volonté de rapprochement avec les pays occidentaux) puis l'arrivée au pouvoir d'Aleksandr Loukachenko et la mise en place par ce dernier d'un régime autoritaire entrave la perspective d'un rapprochement avec l'Europe.
Finalisé en 1995, l'Accord de partenariat et de coopération UE-Biélorussie est suspendu par l'UE en septembre 1997. Inquiète de l'élargissement de l'OTAN à ses frontières et soucieuse de s'assurer un approvisionnement en hydrocarbures à moindre coût, la Biélorussie cherche à développer davantage ses relations avec la Russie.
Une improbable «Union Russie-Biélorussie»
Ainsi, le 2 avril 1996, A. Loukachenko et Boris Eltsine signent un traité entérinant la création de la «Communauté des Républiques souveraines» qui se transforme, un an plus tard (en mai 1997) en une «Union Russie-Biélorussie». En décembre 1999, un nouveau «traité sur la création de l’État unifié de la Russie et de Biélorussie» est signé à Moscou: les deux pays annoncent leur intention de former un État uni, tout en préservant leur souveraineté nationale. Mais, à l'exception du domaine de la coopération économique et militaire, ces accords restent le plus souvent lettre morte. Le contexte dans lequel ceux-ci sont généralement conclus laisse penser qu'il s'agit plutôt, côté russe, de satisfaire une partie de l'électorat nostalgique de l'URSS et, côté biélorusse, d'un moyen de renforcer les assises d'un régime autoritaire.
En dépit des discours officiels, les relations russo-biélorusses ne sont pas exemptes de tensions. Le président biélorusse reproche régulièrement aux autorités russes de freiner les négociations sur l'intégration entre les deux États. En Russie, les ambitions d'A. Loukachenko, qui prône l'instauration d'instances supranationales tout en souhaitant en assumer la présidence, sont mal perçues.
«Guerre du gaz», «guerre du lait»
L'arrivée de Vladimir Poutine au pouvoir n'entraîne pas un apaisement des différends latents. L'implantation d'investisseurs russes dans le pays, la mainmise de Gazprom sur la société gazière biélorusse Beltransgaz ou l'adoption du rouble russe comme monnaie commune (initialement prévue pour 2004 et sans cesse différée avant d'être définitivement abandonnée) sont autant de sujets de discorde entre les deux pays.
Les désaccords à propos de la tarification du gaz russe et du transit de celui-ci par la Biélorussie conduisent Gazprom à interrompre ses approvisionnements en février 2004. Une nouvelle crise gazière éclate en décembre 2006. En janvier 2007, l'instauration par la Biélorussie d'une taxe sur le transit du pétrole russe provoque de nouvelles tensions interétatiques et entraîne l'interruption des livraisons pétrolières aux pays d'Europe occidentale.
Les relations se détériorent à nouveau en juin 2009 lors de la «guerre du lait» provoquée par l'interdiction des exportations de produits laitiers biélorusses en Russie en raison de leur non-conformité avec les normes sanitaires russes. Les différends ressurgissent au début de l’année 2010, malgré l’entrée en vigueur (le 1erjanvier) de l’Union douanière regroupant la Russie, la Biélorussie et le Kazakhstan: la hausse des prix énergétiques russes et l’introduction par la Russie d’une taxe à l'exportation de son brut vers la Biélorussie sont à l’origine de tensions entre Minsk et Moscou. Fin juin 2011, c’est le non acquittement par Minsk d’une dette d’un montant de près de 15 millions d’euros pour des livraisons d’électricité en provenance de la Russie qui provoque une nouvelle détérioration des relations entre les deux pays: Moscou suspend ses livraisons pendant quelques jours.