Залежно від призначення мікробіологічна лабораторія (навчальна, виробнича, науково-дослідна) складається з кількох приміщень: кімнати для мікроскопічних робіт, біохімічної лабораторії, стерилізаційної, мийної та термостатної кімнат. Усі приміщення мають бути сухі, добре освітлені, оснащені вентиляцією, мати підведення газу, гарячої та холодної води.
Приміщення мікробіологічної лабораторії має виходити вікнами на північ або північний захід, оскільки для мікроскопії потрібне рівне розсіяне світло. Природна освітленість робочого приміщення має відповідати коефіцієнту 1:5. Стіну фарбують олійною фарбою світлих кольорів, підлогу покривають лінолеумом або кахельною плиткою, які легко миються. Стіл для мікроскопа розміщують так, щоб світло падало зліва чи спереду. Поверхню стола покривають пластиком або лінолеумом, що полегшує його миття та дезінфекцію.
У мікробіологічній лабораторії двічі на день проводять вологе прибирання. Підлогу, стіни й меблі періодично пилососять і протирають дезінфікувальними розчинами: 2 – 3 %-м розчином соди (двовуглекислого натрію), 0,5 – 3 %-м розчином дегміну, 3 – 6 %-м розчином пероксиду водню з додаванням 0,5 %-го мийного засобу та ін. Двічі на місяць рекомендується приміщення опромінювати бактерицидними переносними лампами (ОБПс-415) – від 30 хв до кількох годин.
Деякі роботи з мікроорганізмами (пересіви чистих культур, виділення мікроорганізмів та ін.) виконують у спеціальному ізольованому приміщенні – боксі площею 3 – 5 м2. його поділяють на дві частини: робоче приміщення й передбоксник, що виключає різку циркуляцію повітря та занесення мікроорганізмів ззовні. У боксі встановлюють стіл, стільці, газові пальники, підвішують або прикріплюють на висувному кронштейні бактерицидні лампи. Приміщення боксу періодично миють і дезінфікують, перед початком роботи протягом 30 – 60 хв опромінюють бактерицидними лампами. Бокси доцільно обладнувати системою припливної вентиляції повітря. Перш ніж потрапити у бокс повітря проходить через систему фільтрів для вилучення мікроорганізмів. У приміщеннях С і Д класів чистоти кратність обміну повітря становить 5 – 15 об’ємів повітря за годину, а максимальна концентрація життєздатних мікроорганізмів – 100 – 500 КУО у 1 м3. За відсутності ізольованого боксу можливе використання ламінарних боксів, обладнаних системами постачання стерильного повітря.
Біохімічну лабораторію обладнують хімічними столами, витяжними шафами, технічними та аналітичними вагами, фотоелектроколориметрами, рН-метрами та іншими необхідними приладами, холодильниками, шафами для посуду та хімічних реактивів.
У препараторській кімнаті встановлюють робочі столи, шафи для інструментарію, стерильного посуду, центрифуги, холодильники для зберігання чистих культур, термостати.
В окремій стерилізаційній кімнаті розміщують автоклави для стерилізації поживних середовищ і посуду, сушильні шафи, стерилізатори інструментів.
Мийну кімнату обладнують зручними раковинами з підведенням гарячої та холодної води, стелажами та шафами для сушіння посуду, плитами для приготування поживних середовищ, вагами, дистиляторами води.
У термостатній кімнаті розміщують стелажі для встановлення засіяних колб і пробірок, на спеціальних фундаментах – ротаційні качалки.
У мікробіологічній лабораторії мають бути такі прилади, посуд, матеріали та інвентар:
термостати сухоповітряні або водяні для вирощування мікроорганізмів при постійній заданій температурі;
автоклави для стерилізації посуду, поживних середовищ та інших матеріалів насиченою парою під тиском;
сушильні шафи з терморегулятором для сушіння і стерилізації лабораторного посуду, для висушування різних матеріалів до постійної маси;
холодильники для зберігання музейних і робочих культур мікроорганізмів, поживних середовищ, реактивів і розчинів.
Центрифуги, рН-метри, рефрактометри, фотоелектроколориметри, спектрофотометри, фільтри Зейтца та інші бактеріальні фільтри, скляний посуд (пробірки біологічні, чашки Петрі, колби Ерленмейера, плоскодонні, конічні, мірні; піпетки градуйовані, піпетки Мора, пастерівські піпетки з відтягнутим капіляром, крапельниці, бюретки, лійки, циліндри, бюкси, склянки та ін.), інвентар (бактеріологічні петлі та голки, пінцети, ножиці, свердла для пробок, металічні циліндри для піпеток, штативи, вата, марля для виконання різних мікробіологічних робіт).
