Согласно разъяснениям Минфина России до 1 апреля 2012 г. наравне с новой формой можно применять и прежнюю форму счета-фактуры (Письмо от 31.01.2012 N 03-07-15/11 (направлено для сведения и использования в работе Письмом ФНС России от 01.02.2012 N ЕД-4-3/1547@)).
Налоговый кодекс РФ не содержит разъяснений по данному вопросу.
По данному вопросу есть две точки зрения.
Согласно официальной позиции, выраженной Минфином России, в счете-фактуре, выставленном обособленному подразделению организации по форме, утвержденной Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137, указывается наименование покупателя - головной организации. Ранее аналогичные разъяснения были даны Минфином России, УФНС России по г. Москве в отношении счетов-фактур, выставленных по правилам Постановления Правительства РФ от 02.12.2000 N 914. Есть судебное решение и работы авторов, в которых выражена аналогичная точка зрения.
Вместе с тем есть судебное решение, согласно которому указание в счете-фактуре филиала в качестве покупателя нарушением не является.
Подробнее см. документы
Позиция 1. В качестве покупателя указывается головная организация
Письмо Минфина России от 15.05.2012 N 03-07-09/55
Разъяснено, что, если организация приобретает товары (работы, услуги) через свои обособленные подразделения, счета-фактуры нужно выписывать на имя организации.
Письмо Минфина России от 09.08.2004 N 03-04-11/127
Финансовое ведомство разъясняет, что при выставлении счета-фактуры в адрес обособленного подразделения в строке 6 "Покупатель" указываются реквизиты организации-покупателя.
Аналогичные выводы содержит...
Письмо УФНС России по г. Москве от 24.03.2009 N 16-15/028080
Письмо УФНС России по г. Москве от 24.04.2007 N 19-11/37426
Постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 01.04.2009 по делу N А63-675/2008-С4-17
Суд отметил, что счет-фактура, в котором в качестве покупателя указано наименование юридического лица, а не филиала, является оформленным надлежащим образом.
Консультация эксперта, 2006
Сотрудник налогового органа утверждает, что при заполнении строки 6 "Покупатель" нужно указывать наименование головной организации в соответствии с учредительными документами.
Консультация эксперта, 2006
Автор разъясняет, что плательщиками НДС являются организации (ст. 143 НК РФ). Поэтому в графе 6 "Покупатель" счета-фактуры следует указать наименование головной организации - покупателя.
Аналогичные выводы содержит...
Консультация эксперта, 2006
Консультация эксперта, 2006
Позиция 2. В качестве покупателя может быть указано подразделение
Постановление ФАС Уральского округа от 07.02.2008 N Ф09-141/08-С2 по делу N А07-23174/06
Суд отметил, что указание в счете-фактуре в качестве покупателя филиала предприятия не является нарушением и основанием для отказа в возмещении НДС.
