Протягом другої половини XVI ст. внаслідок посилення тяжкого феодального і національно-релігійного гніту на західних і північних землях України значно зростає кількість втікачів — селян та міщан у Подніпров'я та Побужжя. Сюди стікається бідний, знедолений люд, так звані «гультяї», а також частина дрібної шляхти, яка зазнавала утисків великих магнатів і шляхтичів. Всі вони вливалися до лав козацтва, збільшуючи і зміцнюючи їх. Козацтво швидко зростало і територіально. Багато козаків жило в селах, хуторах, містечках Чернігівщини, Київщини та Інших землях — на «волості» — і називалися «волосними», городовими. А тих, хто втікав далі на південь, у степи, задніпровські пороги, називали «низовими», «запорозькими».Вже в середині XVI ст. відбувається об'єднання козаків під керівництвом найбільш енергійних І талановитих із них у військову організацію. Певну роль у цьому процесі відіграли магнати, шляхтичі та старости і воєводи прикордонних міст. Важливе місце в процесі формування військово-політичної козацької організації належить князю Дмитру Вишневецькому — 50-60-ті роки XVI ст. (у народі мав ім'я козак Байда). Він був яскравою історичною фігурою, видатним дипломатом І полководцем, діяльність якого залишила помітний слід в історії боротьби з турками і татарами. Хоча він був магнатом і великим землевласником, але допомагав козакам у спільній боротьбі проти турецько-татарської небезпеки. Як пишуть сучасні дослідники козацтво і до Вишневецького, ще в 30-40-х роках XVI ст., формувало свою військову організацію. Вишневецький продовжив і прискорив цей процес. Він збудував на Дніпрі, за порогами, на острові Мала Хортиця у 1556 р. замок (Запорозька Січ) як опорний пункт козацтва у боротьбі з кочівниками. Однак у козаків були й Інші укріплення. І вони продовжували боротьбу. У 1557 р. татари зруйнували замок на Малій Хортиці. Вишневецький розширював боротьбу, шукав союзників для воєн проти «бусурманів». Слідом за Байдою-Вишневецьким пішов другий ватажок козаків — князь Богдан Ружинський. Основним родом козацьких військ була піхота (пластуни). Часто в похід запорожці вирушали верхи на конях, але до бою ставали як піхотинці: від ворогів відбивалися переважно в окопах і наступали, прикриваючись, по можливості, шанцями. Разом з військом рухався табір, що складався з легких возів. На відкритих місцях при обороні він прикривав військо, і під його заслоном велися воєнні дії. Під час походів у війську дотримувалися суворої дисципліни. Кошовий отаман, який на Січі в усьому підкорявся Раді, на полі бою був необмеженим диктатором — міг карати козаків прямо на місці. Перші козацько-селянські повстання проти польського феодального і національного гноблення хоч і зазнали поразки, все ж мали велике значення. В них народні маси набували досвід, поглиблювали свою національну свідомість та політичну зрілість. Одночасно вони показали і недостатню організованість козацтва, його внутрішні протиріччя, пов'язані з поділом на заможних, схильних до угодовства з поляками, і бідноту, налаштовану опозиційно до багатих, непримиримо ворожу до польських феодалів. Польська шляхта взяла курс на повне винищення і викорінення козацтва. Весною 1597 р. сейм проголосив українських козаків «ворогами держави», а коронному гетьману Польщі було доручено використати всі сили і методи, необхідні для їх повного знищення. Однак рішення сейму залишилося на папері, і Запорозька Січ продовжувала бути опорою і притулком для всіх, хто втікав від феодального гноблення, їхня кількість безперервно зростала. Військо Жолкевського було знесилене важкою війною проти повстанців і не могло наступати на Січ. Після невдалих повстань у середовищі козаків посилюється розкол на багатих, в основному реєстрових, І незаможних, які не мали землі чи якоїсь власності. Заможні козаки прагнули розширювати свої права мирним шляхом, випрошуючи привілеї у польського уряду, намагаючись співпрацювати з ним. Боротьба між цими групами — радикальними (голота) І угодовсько-поміркованими (заможні) вщухала лише підчас підготовки та проведення чергових походів на Туреччину, Крим чи інші землі. Незабаром така війна почалася — польське втручання у молдавські справи у 1600 р. та конфлікт Польщі з Швецією у Лівонії. У 1601 р. сейм формально скасовує накази про знищення козацтва. І козаки беруть активну участь у численних війнах, які вела Польща в перші три десятиліття XVІІ ст.
