После завершения в 2000 г. активной фазы боевых действий и назначения в июне 2000 г. муфтия Чечни А. Кадырова главой временной администрации сопротивление боевиков перешло в фазу террористической войны. В Чечне в 2000—2003гг. федеральный Центр предпринимал меры для нормализации политической и экономической ситуации. Но если в экономической сфере в этот период успехи были незначительны, то политические изменения отмечали все.
В августе 2000 г. был избран депутат Государственной Думы от Чеченской республики А. Аслаханов. В марте 2003 г. в ходе референдума ее жители проголосовали за новую Конституцию, в которой четко указано, что Чеченская республика является частью Российской Федерации. По этой же Конституции республике были предоставлены широкие полномочия в пределах российского законодательства. В октябре 2003 г. прошли выборы президента Чеченской республики, на которых победил А. Кадыров. В целом федеральный Центр сделал ставку на решение проблем этой республики силами чеченского народа и его лидеров.
Чтобы уменьшить напряженность на Северном Кавказе, власти России не отказывались от ведения переговоров с лидерами боевиков. Так, в ноябре 2001 г. прошла встреча полпреда в Южном федеральном округе В. Казанцева и представителя боевиков А. Закаева. Бессмысленность переговоров с представителями террористического интернационала вскоре стала очевидной.
23 октября 2002 г. в Москве произошел захват зрителей мюзикла «Норд-Ост». В результате этого погибли 130 человек, многие получили увечья.
С ноября 2002 г. боевики развернули активную террористическую войну. В конце декабря 2002 г. был взорван дом правительства Чечни в Грозном. В июле 2003 г. в Москве произошел взрыв на рок-фестивале в Тушино, в августе был взорван военный госпиталь в Моздоке, в декабре взрыв уничтожил электричку в Ставропольском крае. В феврале 2004 г. произошел взрыв поезда в Московском метро. Каждый из этих терактов унес жизни десятков людей.
В Грозном 9 мая 2004 г. во время празднования Дня Победы в результате теракта погиб глава Чечни — президент А. Кадыров. В конце августа 2004 г. террористы взорвали два гражданских самолета, совершили теракт около метро «Рижская» в Москве. 1 сентября 2004г. бандиты захватили школу в городе Беслане республики Северная Осетия — Алания. В результате этой трагедии погибли 330 человек, большинство из которых дети.
В конце 2004 г. ситуация в Чеченской Республике существенно изменилась. 29 августа 2004 г. 73% избирателей проголосовали за избрание нового президента Чеченской Республики — А. Алханова. Премьер-министром стал Р. Кадыров — сын погибшего первого президента республики (в марте 2007 г. он стал президентом Чеченской Республики). Прошедшие в ноябре 2005 г. выборы в парламент Чеченской Республики стали очередным свидетельством нормализации обстановки. В июле 2006 г. был уничтожен лидер всего террористического подполья на Северном Кавказе Ш. Басаев, еще раньше был ликвидирован А. Масхадов. Утратившие лидеров и лишившиеся финансовой поддержки боевики перестали представлять организованную силу. Началось восстановление экономики Чечни, обустройство мирной жизни.
Реформа управления
Захват террористами школы в Беслане в сентябре 2004 г. продемонстрировал неготовность исполнительной власти эффективно действовать в кризисных ситуациях. Президент России выступил 13 сентября 2004 г. с предложениями по новому порядку избрания губернаторов, по новой системе избрания депутатов Государственной Думы и по созданию Общественной палаты. В 2004 г. по новому закону региональные законодательные собрания по представлению Президента избирают нового главу региона. Президент получил право отзывать губернатора за ненадлежащее исполнение обязанностей. Свое недоверие губернатору вправе выразить и Законодательное собрание. Таким образом, Президент взял на себя ответственность за работу губернаторов.
Были отменены выборы депутатов Госдумы по одномандатным округам. Основная цель перехода к сугубо партийным выборам состояла в том, чтобы стимулировать развитие партийной системы в стране. На формирование крупных общенациональных партий были направлены и другие меры, например, отмена в избирательных бюллетенях графы «Против всех» и повышение минимального уровня для прохождения партии в Государственную Думу с 5 до 7%. Полноценные, крупные политические партии выступают как главные связующие звенья между гражданским обществом и государством.
Создание в апреле 2005 года Общественной палаты Российской Федерации активизировало становление гражданского общества и ускорило формирование его институтов. Общественная палата дополнила работу парламентариев.
Начался процесс укрупнения регионов за счет присоединения по итогам референдумов экономически несостоятельных автономных округов к областям и краям. В 2003—2005 гг. объединились Пермская область и Коми-Пермяцкий автономный округ в Пермский край; Таймырский (Долгано-Ненецкий) автономный округ, Эвенкийский автономный округ и Красноярский край; Корякский автономный округ и Камчатская область; Усть-Ордынский Бурятский округ и Иркутская область.
Федеральным законом от 4 июля 2004 г. был установлен закрытый перечень полномочий регионов. Тем самым снизились риски нецелевого использования средств регионального бюджета. Параллельно федеральный Центр стремился к снижению числа льгот населения с заменой их на деньги с целью приведения в соответствие с рыночными реалиями существующей социальной системы. С января 2005 г. вступил в силу закон о замене льгот денежными компенсациями. Из-за плохой проработки законопроекта и неготовности регионов к его введению он вызвал существенное недовольство, прежде всего пенсионеров. Правительству пришлось значительно увеличить выделяемые компенсации, что сняло градус напряжения в обществе.
Борьба с коррупцией — одно из ключевых направлений повышения эффективности государственной власти в современной России. Россия подписала и ратифицировала в 2006 г. Международную конвенцию по борьбе с коррупцией, принятую ООН в 2003 г. и предусматривающую полный комплекс мер по борьбе с коррупцией: меры по ее предупреждению, обязательства об установлении уголовной ответственности, в том числе за подкуп и взятки, направления межгосударственного взаимодействия и т.д.