У XVI ст. Німеччину, Англію, Францію, Нідерланди, скандинавські країни, країни центральної Європи охопив широкий суспільний рух проти католицької церкви — Реформація (від лат. reformatio — перетворення, виправлення). Його представники заперечували верховну владу папи римського, чернецтво, більшу частину таїнств, догмат католицької церкви про "спасіння" віруючих "добрими ділами" (тобто пожертвуваннями і молитвами, що не відповідало новому буржуазному розумінню справді гідних людини діянь), культ святих, ікони, обов'язкову безшлюбність духівництва, більшу частину католицької символіки тощо. На противагу цьому висувалася вимога до національних церков, не підпорядкованих римській курії, богослужіння проводити рідною мовою; джерелом віровчення почали вважати "священне писання" (Біблію) і відкидати "священну спадщину" (рішення церковних соборів, вердикти римських пап). Релігійним наслідком Реформації у тих країнах, де вона перемогла, були поява нового відгалуження у християнстві, нового світобачення, зміна аксіологічних орієнтирів, утворення нових, протестантських церков (в Англії, Шотландії, Нідерландах, Швейцарії, частині Німеччини, скандинавських країнах). Але цей рух в його бюргерсько-буржуазному напрямі (ідеологи М. Лютер, Ж. Кальвін, У. Цвінглі) мав і антифеодальний характер, тому вже саме через це відповідав новим прогресивним тенденціям розвитку.
Католицька реакція (контрреформація), очолена папством, зуміла організувати могутній опір. Головним її знаряддям стали орден єзуїтів та реорганізована інквізиція. Перехід від Середніх віків до Нового часу, розклад феодальних і зародження буржуазних відносин — надзвичайно складний і неоднозначний історичний період, який в різних країнах мав свої особливості. Якщо Італія в XIII століття стала батьківщиною Відродження, то пізніше, на початку XVI століття, в Німеччині складається інший тип світогляду і, відповідно, всієї культури, що увійшов в історію як епоха Реформації.
У 1517 р. в місті Віттенберзі священик Мартін Лютер виступив з 95 тезами, безпосереднім мотивом для яких був протест проти торгівлі індульгенціями. В основі вчення Лютера лежали дві основні ідеї. По-перше, принцип «виправдання вірою» полягає в тому, що порятунок душі досягається не виконанням церковних обрядів, а щирою особистою вірою в Бога. Для того, щоб вірувати в Бога, людині не потрібен посередник в особі церкви. Звідси витікала друга думка: кожен повинен сам осягати християнське вчення через Біблію, а не через папські декрети і постанови церковних соборів. Нове ставлення до праці відбилося в невдоволенні великою кількістю церковних свят, коли заборонялося працювати. Лютер перекладає Біблію німецькою мовою (католицька церква забороняла переклади на національні мови, що робило читання Біблії доступним лише дуже вузькому колу людей, її зміст переказували і тлумачили священики). Характерно, що гуманізм залишався світоглядом дуже вузького кола найбільш освічених людей, ідеї ж Лютера стали ідеологічним знаменом селянської війни, яка почалася в Німеччині.
Схожі думки висловлювали й інші ідеологи (наприклад, Кальвін — в Швейцарії). Ідеї Реформації швидко підхопили широкі верстви населення в різних країнах (гугеноти у Франції, пуритани в Англії). На основі цього вчення стався новий великий розкол у християнстві — від католицької відділяються протестантські церкви. Протестантськими узагальнено називають церкви, генетично пов'язані з Реформацією, вони сповідують близькі погляди, але організаційно не об'єднані. Раніше за всіх виникли лютеранство і кальвінізм. В Англії королівська влада використала ідеї Реформації для звільнення з-під папського впливу, протестантська англіканська церква стала там державною. Пізніше виникнуть протестантські секти: баптисти, адвентисти, п'ятидесятники й інші. Для протестантизму характерні простота оформлення церковних будівель і богослужіння, використання світської музики, скасування поклоніння святим, іконам. Все це дістало відповідне відображення у мистецтві.
Співвідношення Реформації і Відродження — складне теоретичне питання. Ці епохи тісно переплітаються, однак не співпадають. Вони перетинаються у часі, але якщо Ренесанс на початку XVI століття досягає вершини, то Реформація тільки починається. Обидва явища підготовлені початком розвитку буржуазних відносин, але сам цей процес в Італії і Німеччині проходив по-різному. Італія — батьківщина папства, але в Німеччині внаслідок роздробленості країни втручання Риму у внутрішні справи відчувалося особливо боляче. І Ренесанс, і Реформація виробляють новий світогляд, але інтелектуальна, естетична творчість охоплювала вузьке коло вибраних, а релігійна форма легко сприйнялася народом. Особисті взаємовідносини гуманістів і протестантів також вельми неоднозначні. У Німеччині Лютер і гуманісти ведуть діалог, симпатизують один одному, а в Швейцарії Кальвін, який прийшов до влади, переслідує будь-яке інакомислення (за його наказом був спалений найвідоміший вчений Мігель Сервет — релігійний теоретик і лікар, який відкрив мале коло кровообігу).
Гуманізм ніс звільнення від всевладдя релігії у «сфері духу», не торкаючись церковної організації. Реформація ж, зміцнюючи віру як таку, позбавляла церкву її політичної влади. І якщо з першим римський двір довго мирився, то проти другого негайно починається найжорстокіша, організована боротьба — Контрреформація. Почавшись, ця боротьба поширюється і на прихильників гуманістичних поглядів. Була розгорнена діяльність духовних орденів (1540 р. — заснування ордену єзуїтів Ігнатієм Лойолою), інквізиції — масове переслідування людей за обвинуваченням у чаклунстві («полювання на відьом»). З 1559 р. складалися індекси заборонених книг, куди потрапляло багато наукових і художніх творів. Протиріччя з католицькою церквою посилювалися також у зв'язку з успіхами природничих наук, які ставили під сумнів канонічні уявлення про світобудову.