В целях повышения эффективности партийно-государственной структуры СССР Сталин продолжал широко использовать репрессивные методы. В 1945-1953 годах число заключенных в лагерях и колониях выросло с 1,5 до 2,5 миллионов человек. И это, не считая заключенных тюрем и ссыльных. По некоторым частным оценкам, общая численность репрессированных в послевоенный период достигала 5,5 миллионов человек. Заключенные создавали объекты атомной промышленности, металлургические предприятия, энергетические объекты, добывали уголь, уран, нефть, золото, платину, валили и обрабатывали лес. После войны появились новые категории приговоренных к лагерям:
-около 2 миллионов бывших военнопленных, освобожденных из фашистских концлагерей
-так называемые "чуждые элементы" из вошедших в состав СССР перед войной регионов (Прибалтийских республик, западной части Украины и Белоруссии);
-представители из подвергшихся массовой депортации народностей (чеченцы, ингуши, карачаевцы, крымские татары, балкарцы, калмыки);
-арестованные члены националистических бандформирований, действовавших до самого начала 50-х годов в Западной Украине и Прибалтике.
Летом 1946 года по указанию Сталина секретарь ЦК ВКП (б) Жданов начал выступления против любых проявлений духовной автономии, против интеллектуального творчества, где обнаруживалось "западное влияние", а также "мелкобуржуазный индивидуализм" и "упадничество". Ждановская кампания затронула все стороны культурной жизни: науку, литературу, изобразительное искусство, музыку, театр, кинематограф. Его жертвами стали многие известные деятели культуры и искусства, которые подверглись грубой критике, были исключены из творческих союзов, морально осуждены, были вынуждены прекратить свою творческую деятельность. Среди них оказались поэты и писатели Ахматова, Герман, Зощенко, Пастернак и др. Их творчество, в котором показывалось положение народа, высказывались смелые политические суждения, было объявлено глубоко чуждым советскому народу, направленным на оживление пережитков капитализма в сознании и быту советских людей.
В 1947 году объектом разгромной критики стало творчество композиторов Прокофьева, Хачатуряна, Мурадели, Шостаковича и др. Их обвинили в создании антинародного, формалистического направления в музыке. Были подвергнуты жестокой критике философия, генетика, кибернетика, политическая экономия (кибернетика была объявлена "преступной девкой империализма"),
В январе 1948 года агентами госбезопасности в Минске был убит (под видом случайной автомобильного наезда) председатель Еврейского, антифашистского комитета выдающийся артист Михоэлс. Этот комитет был создан в годы воины в целях мобилизации еврейского населения СССР на борьбу с врагом. В его состав входили видные ученые, писатели, артисты, политические деятели, инженеры, врачи. Работа членов комитета в годы войны высоко оценивалась властями. Однако в начале 1949 года все активные члены комитета были арестованы.
Во второй половине 40-х годов была арестована большая группа генералов и офицеров, многие из которых в разное время были сослуживцами маршала Жукова. Сам Жуков после войны был снят с должности заместителя министра обороны и назначен командующим Одесского, а затем малозначительного Уральского военного округа.
Конец 1948 года ознаменовался открытием нового "вредного уклона" - космополитизма. Постепенно борьба против космополитизма приобрела открытый антисемитский характер. Интеллигенты-евреи обвинялись в "антинародном космополитизме", "сионистской деятельности" в интересах империализма. Несколько сот интеллигентов-евреев были арестованы, некоторые из них были отправлены в Сибирь.
Репрессии затронули и часть партийных функционеров. Сталина пугало их стремление к большей автономности от центральной власти. Стремясь пресечь эти настроения в корне, Сталин избрал для показательной расправы ленинградскую парторганизацию. В 1948-1949 годах по обвинению в попытках создать отдельную Российскую компартию и противопоставить ее ВКП(б), а также перенести столицу Российской Федерации в Ленинград, были арестованы почти все ленинградские руководители и выходцы из ленинградской парторганизации, работавшие в Центральном Комитете ВКП(б). Всем им было предъявлено обвинение в создании антисоветской партийной группировки, в подрывной деятельности, направленной против руководства Центрального комитета партии. Репрессиям подверглись все руководители Ленинградского обкома и горкома партии, всех районных парторганизаций Ленинграда и Ленинградской области. Всего было арестовано более 2000 человек. Все они были реабилитированы лишь после смерти Сталина.
В сентябре 1952 года начались аресты руководящих работников Кремлевской больницы и врачей, которые обслуживали членов Политбюро и их семьи. В январе 1953 года в печати было объявлено о разоблачении шпионско-террористической группы врачей Кремлевской больницы. Хотя среди арестованных были не только евреи, но и русские и украинцы, дело сразу приняло антисемитский характер. В опубликованном извещении прямо указывалось, что свою террористическую и шпионскую деятельность арестованные врачи осуществляли по указаниям иностранных разведок и под руководством еврейских националистических организаций. По всей стране были проведены митинги, участники которых требовали смертного приговора для "врачей-убийц". Дело врачей должно было послужить сигналом к началу массового террора, который затронул бы все слои общества и способствовал бы массовой депортации значительной части еврейского населения из крупных промышленных центров в Среднюю Азию и Сибирь.
Организуя "большой террор", Сталин имел целью не только подавление любой потенциальной оппозиции, но и психологическую подготовку к новой войне. Нагнетание антисемитских настроений, массовые репрессии среди населения, обострение отношений между Советским Союзом и США позволяли держать общество в напряжении, в состоянии мобилизационной готовности. Однако скоропостижная кончина Сталина 5 марта 1953 года изменила всю обстановку в стране.
