В настоящее время действует следующая система платежей за недра: платежи за право пользования недрами; отчисления на воспроизводство минерально-сырьевой базы (на геологоразведочные работы); акцизный сбор по отдельным видам добываемого сырья; отчисления в фонд ценового регулирования Минфина России при поставках нефти и природного газа; сбор за выдачу лицензий за право пользования недрами; платежи за право пользования акваторией и участками морского дна.
Платежи за право пользования недрами осуществляются в целях: создания у местных органов управления экономической заинтересованности в разработке минеральных ресурсов на соответствующей территории и выдаче разрешения на их разработку — стимулирования рационального и комплексного использования различных видов полезных ископаемых; приведения общей системы условий пользования недрами в России в соответствие с общемировыми тенденциями рыночных отношений; создания устойчивого финансирования мероприятий по развитию минерально-сырьевой базы регионов и охране минеральных ресурсов.
Плата за право пользования недрами может взиматься в форме денежных платежей, а также части объема добытого минерального сырья или иной производимой недропользователем продукции в форме выполнения работ или предоставления услуг либо путем зачета сумм предстоящих платежей в федеральный, региональный или местный бюджеты в качестве долевого вклада в уставный фонд создаваемого горного предприятия. Форма внесения платы, размеры и условия платежей по каждому объекту недропользования устанавливаются в лицензии, которая выдается совместно региональным органом власти и Комитетом РФ по геологии и использованию недр или его территориальными подразделениями.
Платежи за право пользования недрами взимаются в форме разовых взносов и (или) регулярных платежей в течение срока реализации предоставленного права. Разовые взносы выплачиваются в размерах и сроки, указанные в лицензии, а регулярные платежи — в течение всего периода эксплуатации месторождения. Платежи за право пользования недрами, в свою очередь, включают три группы платежей: 1) платежи за право добычи полезных ископаемых; 2) платежи за право использовать отходы горно-добывающих и перерабатывающих производств; 3) платежи за право строительства и эксплуатации подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых.
Регулярные платежи за право добычи полезных ископаемых устанавливаются в размере процентов от стоимости добытой продукции, рассчитанной на основе оптовых цен предприятий (обычно от 1 до 8%), в зависимости от вида добываемого сырья.
Платежи за право добычи полезных ископаемых не взимаются:.с попутно извлеченных при добыче полезных ископаемых, запасы которых не учтены Государственным балансом полезных ископаемых; с продукции, полученной при переработке вскрышных пород, отходов обогатительного и химико-металлургических циклов; при добыче нефти путем применения термических, физико-химических и микробиологических методов воздействия на продуктивные пласты. За сверхнормативные потери при добыче полезных ископаемых ставки платежей увеличиваются в два раза.
Платежи за право на использование отходов в горнодобывающих и перерабатывающих производствах устанавливаются в размере 25—50% платежей за право на добычу соответствующих полезных ископаемых. И в том и в другом случаях платежи включаются в затраты на добычу (производство) сырья.
Размер платежей за право строительства и эксплуатации подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых, определяется в пределах 1—3% от сменой стоимости объекта и стоимости предоставляемых услуг его эксплуатации. Платежи включаются в стоимость сооружений.
Платежи за право пользования недрами поступают в федеральный, региональные (республик, краев, областей, автономных образований) и. местные (районов, городов) бюджеты в соответствии с территорией, на которой осуществляется пользование недрами. Платежи за право на добьиу углеводородного сырья (нефть, газовый конденсат и природный газ) распределяются в следующем порядке: местный бюджет — 30%, региональный — 30%, федеральный — 40%. Платежи за право на добычу других полезных ископаемых, кроме общераспространенных, распределяются таким образом: местный бюджет — 50%, региональный — 25%, федеральный — 25%. Все платежи за право на добычу общераспространенных полезных ископаемых поступают в местные бюджеты, так же как и платежи за право на поиск и разведку всех видов полезных ископаемых.
Отчисления на воспроизводство минерально-сырьевой базы производятся от стоимости товарной продукции из добытых предприятиями полезных ископаемых, в то время как объектом обложения платежами за право пользования недрами является стоимость всего добытого минерального сырья. Эти отчисления взымаются только в денежной форме. Ставки отчислений по полезным ископаемым и их компонентам утверждаются Правительством Российской Федерации на соответствующий период в виде процентов от стоимости товарной продукции (от 2 до 17%), в зависимости от вида полезных ископаемых.
Отчисления не производятся: с реализованных компонентов, попутно извлеченных при добыче полезных ископаемых; с продукции, получаемой при переработке вскрышных пород, отходов обогатительного и химико-металлургических циклов; при добыче нефти путем применения термических, физико-химических и микробиологических методов воздействия на продуктивные пласты; за потери полезных ископаемых, в том числе и сверхнормативные.
Отчисления на воспроизводство минерально-сырьевой базы включаются в себестоимость добычи и перечисляются в соответствующие бюджеты раз в месяц (квартал, год) в зависимости от объема отчислений. Распределение этих отчислений по бюджетам разного уровня осуществляется в таком же порядке, как и платежей за право пользования недрами.
Введение акцизного сбора по отдельным видам добываемого минерального сырья осуществляется специальным законодательным актом Российской Федерации по тем видам сырья, которое добывается из месторождений с относительно лучшими горногеологическими и экономико-географическими характеристиками, при получении пользователями недр сверхнормативной прибыли, содержащейся в цене продукции. Акцизный сбор уплачивается в федеральный бюджет по мере реализации нефти и газового конденсата, в том числе и на экспорт.
Размеры отчислений в фонд ценового регулирования Минфина России при поставке нефти и природного газа регулярно пересматриваются. Отчисления производят все предприятия и организации, реализующие нефть и газ непосредственно потребителям или передающие их без оплаты стоимости в обмен на другую продукцию. Нефтедобывающие предприятия производят отчисления с конечной цены реализации нефти (без НДС и акцизного сбора). Отчисления предприятиями газовой отрасли также осуществляются с конечной цены реализации (без НДС), газосбытовым организациям (перепродающим газ) — скидка с конечной цены реализации газа за вычетом отчислений в фонд ценового регулирования. При закачке газа в подземные хранилища взносы в фонд ценового регулирования не производятся.
Размер сборов за выдачу лицензий на право пользования недрами и порядок их взимания определяются Комитетом России по геологии и использованию недр по согласованию с Минфином, исходя из расходов на экспертизу заявок на получение лицензий, организацию конкурсов и аукционов, оплату пакетов геологической информации и иных расходов, связанных с предоставлением лицензий.
Платежи за право пользования акваторией и участками морского дна устанавливаются в зависимости от арендуемой площади, ее конфигурации, мощности водной толщи, целей пользования недрами, продуктивности акватории, а также с учетом наличия навигационных путей, коммуникаций и технических сооружений в районе работ. Размер платежей устанавливается органами, предоставляющими лицензию на право пользования конкретной акваторией и участками морского дна, по согласованию с Министерством природных ресурсов РФ и другими компетентными органами. Платежи за право пользования акваторией и участками морского дна в границах территориального моря (12-мильной зоны) поступают как в региональный бюджет (60%), так и в федеральный (40%).
Платежи за право пользования акваторией и участками морского дна в пределах морской экономической зоны (200-мильной зоны) поступают полностью в федеральный бюджет.