Изучение паразитов животного происхождения – возбудителей болезней, основа профилактики паразитарных и трансмиссивных заболеваний и мер борьбы с ними.
В Советском Союзе, благодаря развитой сети специальных научно-исследовательских и медицинских учереждений, некоторые паразитарные и трансмиссивные заболевания человека практически ликвидированы. В природных условиях сохраняется много возбудителей и переносчиков болезней, что создает возможности возникновения заболеваний или эпидемических вспышек. Развивающиеся связи со странами Азии, Африки и Латинской Америки не исключают возможность завоза из-за рубежа протозойных инвазий, гельминтозов и трансмиссивных инфекций.
Началом паразитологических исследований в Зоологическом музее считается 1924 г., когда по инициативе академика Е.Н. Павловского и профессора А.А. Штакельберга при музее была организована Постоянная комиссия по изучению малярийных комаров, объединявшая и направлявшая работу многих паразитологов. Был опубликован цикл пособий по определению комаров, а также методических инструкций по сбору и исследованию кровососущих членистоногих. В 1930 г. при реорганизации Зоологического музея в институт было создано отделение паразитологии под руководством Е.Н. Павловского; кроме него, в отделении был только один научно-технический сотрудник. В 1934-1935 гг. отделение было преобразовано в отдел, состоящий из двух лабораторий: арахно-энтомологии (Д.И. Благовещенский, А.С. Мончадский и Б.И. Померанцев) и паразитических червей. В 1937-1940 гг. сотрудники отдела принимали участие в экспедиции Наркомздрава на Дальний Восток по исследованию переносчиков клещевого и японского энцефалитов. Результаты этих привели Е.Н. Павловского к созданию учения о природной очаговости трансмиссивных (передающихся насекомыми и клещами) болезней.
Во время Второй мировой войны отдел паразитологии был эвакуирован в Таджикистан, где сотрудники использовали возможности круглогодичных полевых работ в условиях Средней Азии, давших большой задел для исследований. К составлению монографических сводок "Фауны СССР" были привлечены ведущие специалисты из других учреждений. Уже к 1940 г. в серии "Фауны СССР" были опубликованы монографии и определители по москитам (П.П. Перфильев), слепням (Н.Г. Олсуфьев), кровососущим комарам и их личинкам (А.А. Штакельберг, А.С. Мончадский), мошкам (И.А. Рубцов) и пухоедам домашних животных (Д.И. Благовещенский). В самый короткий срок практические работы в области здравоохранения и ветеринарии получили ряд необходимых пособий, отсутствующих в отечественной литературе и стоящих на современном уровне науки. На основе обобщения новых фактов в 1934-1937 гг. Е.Н. Павловский сформулировал экологическую концепцию об организме хозяина как среде обитания паразитов и учение о паразитоценозах.
После Великой отечественной войны были опубликованы тома "Фауны СССР" по иксодовым и аргасовым клещам (Н.А. Филиппова), перьевым клещам (В.Б. Дубинин), пухоедам (Д.И. Благовещенский), комарам (А.В. Гуцевич, А.С. Мончадский, А.А. Штакельберг), мокрецам (А.В. Гуцевич, В.М. Глухова), оводам (К.Я. Грунин), слепням (Н.Г. Олсуфьев), мошкам (И.А. Рубцов), москитам (П.П. Перфильев), синантропным мухам (А.А. Штакельберг). Изданы определители клещей грызунов (ред. Е.Н. Павловский), гамазовых клещей (Н.Г. Брегетова), иксодовых клещей (Б.И. Померанцев, Г.В. Сердюкова), вшей (Д.И. Благовещенский). В 60-х годах сложилась проблематика лаборатории, в основных чертах сохранившаяся до настоящего времени. В 1977 г. отдел паразитологии был преобразован в лабораторию паразитологии (паразитические черви были выделены в самостоятельную группу). Работа лаборатории ведется по трем направлениям – экологическая паразитология, фауна и систематика паразитических клещей и насекомых, а также морфология и физиология паразитических насекомых и клещей.
