Начиная с конца VII в. Северный Кавказ начинает испытывать на себе волну арабских завоеваний. Византийская империя выступила естественным союзником христианских кавказских народов в борьбе против завоевателей-мусульман.
Тем не менее, в 736 г. арабский полководец Марван ибн Мухаммад (в грузинских источниках – Мурван Глухой) со 120-тысячной армией решил покорить весь Кавказ. В 736 – 738 гг. его войска опустошили Южную и Восточную Грузию (Картлию), где в 740 г. встретили ожесточенное сопротивление со стороны Арагветских князей Давида и Константина. Эти князья были взяты в плен, подверглись жестоким пыткам и были сброшены арабами со скалы в р. Риони. Вслед за этим арабское войско двинулось дальше в Западную Грузию (Абазгию), где под стенами крепости Анакопия они потерпели поражение и были вынуждены покинуть пределы Западной Грузии. По свидетельству историка Джуаншера, победа христианского абхазского войска над арабами объясняется заступничеством Анакопийской иконы Божией Матери – «Никопеи». Однако на территории Западной Грузии был создан Тбилисский эмират, подчиненный арабскому халифу.
В результате этих войн усилилась династия правителей Абазгии – Западной Грузии. Это способствовало объединению области Лазики (Южная Грузия) с Абазгией в единое Западногрузинское (Абхазское) царство. Параллельно с этим процессом в Абазгии складывается и самостоятельная Абхазская Церковь. Скорее всего, это произошло при абхазском царе Георгии II (916 – 960), когда независимо от интересов Византии здесь была образована самостоятельная епископская Чкондидская кафедра [47]. К концу IX в. греческий язык в богослужении постепенно уступает место грузинскому.
В 1010 – 1029 гг. в Мцхете – древней столице Грузии - зодчим Константином Арсукисдзе был построен величественный Собор «Свети Цховели» («Живоносный Столп») во имя Двенадцати Апостолов, считающийся матерью грузинских церквей. Интронизация Грузинских Католикос-Патриархов совершается с тех пор только в этом Соборе.
При царе Давиде IV Строителе (1089 – 1125) происходит окончательное объединение Грузии – Западной (Абхазии) и Восточной (Картлии). При нем был ликвидирован Тбилисский эмират, а столица государства перенесена из Кутаиси в Тифлис (Тбилиси), Параллельно происходило и церковное объединение: Мцхетский Католикос-Патриарх распространил свою духовную власть на всю Грузию, в том числе и на Абхазскую Церковь, в результате чего получил титул Католикос-Патриарха всей Грузии, а территория Западной Грузии (Абхазия) вошла в состав единого Мцхетского Патриархата.
Таким образом, на рубеже XI – XII вв. положение Иверской Церкви изменилось. Она стала единой – исчезло деление на Западногрузинскую и Восточногрузинскую Церкви. Царь Давид активно занимался строительством новых храмов и монастырей. В 1103 г. он созвал Церковный Собор, на котором было утверждено православное исповедание веры и приняты каноны, касавшиеся поведения христиан.
Золотым веком для Грузии было время правнучки Давида – св. царицы Тамары (1184 – 1213). Она расширила территорию Грузии от Черного до Каспийского моря. Были переведены на грузинский язык сочинения духовного, философского и литературного содержания.
Особую опасность для Грузии с XIII в. стали представлять монголо-татары, особенно после того, как они приняли ислам. Одним из самых жестоких для грузин был поход Тимура Тамерлана в 1387 г., который беспощадно разрушал города и села, люди гибли сотнями.
Под влиянием непрекращающихся завоеваний и политических нестроений на рубеже XIII – XIV вв. происходит нарушение порядка и в церковной жизни. В 1290 г. из состава единой Грузинской Церкви выделяется Абхазский Католикосат – он распространял свою юрисдикцию на Западную Грузию (центр – с 1290 г. в Пицунде, а с 1657 г. – в Кутаиси). Титул предстоятеля – «Католикос-Патриарх Абхазский и Имеретинский».
На территории Восточной Грузии одновременно появился Восточногрузинский Католикосат (центр – Мцхета). Титул предстоятеля – «Католикос-Патриарх Карталинский, Кахетинский и Тифлисский».
Длительный ряд бедствий Грузинской Церкви продолжили турки-османы и персы. На протяжении XVII – XVIII в. они периодически совершали разбойнические и опустошительные набеги на территорию Закавказья.
Неудивительным является то, что вплоть до второй половины XVIII в. в Грузии не было духовных школ. Только в середине XVIII в. в Тифлисе и Телави были открыты духовные семинарии, но не успев окрепнуть они были уничтожены завоевателями.
По словам грузинского историка Платона Иосселиана, на протяжении пятнадцати веков в Грузинском Царстве не было ни одного правления, которое не сопровождалось бы нападением, или разорением, или жестоким притеснением со стороны врагов Христовых.
В 1783 г. царь Карталинский и Кахетинский Ираклий II (Восточная Грузия) формально признал покровительство России над Грузией. В результате переговоров с Россией, в 1801 г. император Александр I издал манифест, по которому Грузия (сначала Восточная, а затем и Западная) была окончательно присоединена к России.
До присоединения Грузии к Российской империи Грузинская Церковь насчитывала 13 епархий, 7 архиереев, 799 храмов.
