В 1645 г. после смерти Михаила царем стал его сын Алексей Михайлович (1645-1676). Правление Алексея Михайловича наполнено внутренними смутами и тяжелыми войнами с внешними врагами. Во второй половине XVII в. в Восточной Европе сложилась ситуация, благоприятствовавшая активизации российской внешней политики: польско-литовское государство, раздираемое сословными, конфессиональными и этническими противоречиями, быстро теряло силы, тогда как Россия постепенно оправлялась от последствий Смуты. Пределов могущества достигла и Турция, у огромной империи больше не было сил для дальнейшего расширения границ. России выпал шанс для решения ряда важных внешнеполитических задач - овладения Смоленском, частью Украины, выхода к Черному и Балтийскому морям. Но для этого пришлось вести многолетние войны, тяжелейшим бременем падавших на население, содержащее и армию и государственный аппарат. Рост налогов, укрепление крепостного права, недостатки суда и управления вызывали недовольство и, нередко, мощные восстания.
Царь Алексей Михайлович обладал мягким податливым характером, легко подпадал под чужое влияние. Царь ценил дружеские чувства, часто не замечал недостатков своих друзей и лиц из своего ближайшего окружения. В начале правления Алексей Михайлович не имел и большого опыта управления страной. Доверяясь советам, иногда не бескорыстным, своих любимцев, царь допускал грубейшие политические просчеты.
Уже первые годы царствования Алексея Михайловича обнажили и неустроенность государства и глубокие противоречия в обществе. Весной 1647 г. в Москве вспыхнуло мощное восстание, получившее название Соляного бунта. Поводом к восстанию было возмущение горожан произволом властей и повышением налогов. Государство, остро нуждаясь в деньгах, стремилось увеличить поборы с населения. В феврале 1646 г. вместо прямых налогов был введен налог на соль. Соляные варницы находились во владении государства, самовольное выпаривание соли было возведено в разряд тяжелого преступления. Государство имело монополию на добычу соли и возможность назначить на нее произвольно высокую цену. В результате введения нового налога резко повысились цены на продовольствие, огромные убытки понесли купцы, занимавшиеся заготовкой и продажей рыбы. Власти, испугавшись всеобщего ропота, отменили налог уже в декабре того же 1646 г. Но недовольство царской политикой осталось.
Масла в огонь подлили лица принадлежавшие к высшей государственной администрации. Глава земского приказа Леонтий Степанович Плещеев, имевший судебные функции, обирал судившихся, потворствовал доносчикам. Дело дошло до того, что людей хватали по ложным обвинениям, сажали по тюрьмам и требовали крупных сумм за освобождение. Глава пушкарского приказа Петр Тихонович Траханиотов задерживал жалование подчиненным. Особенно ненавистен народу был любимец царя боярин Борис Иванович Морозов, его считали изобретателем новых налогов и ответственным за произвол приказных людей. Восстание вспыхнуло, когда толпа москвичей окружила кортеж царя, возвращавшегося с богомолья. Охрана попыталась разогнать людей, дошло до рукоприкладства, толпа озверела и бросилась в город громить дворы ненавистных чиновников. Кремль был окружен массой людей, требовавших расправы с Морозовым, Плещеевым и Траханиотовым. Алексей Михайлович был растерян и испуган восстанием. Было решено выдать народу Плещеева, его заколотили палками. Траханиотова, пытавшегося бежать из столицы, схватили и казнили. С трудом царю удалось спасти боярина Морозова, который на время был выслан из города.
Соборное Уложение 1649 г.
Восстание показало властям недовольство населения, недостатки в государственном управлении и законодательстве. Алексей Михайлович осознал необходимость проведения реформ, удовлетворения ряда требований дворянства и посадских людей. В 1649 г. на Земском соборе был принят новый сборник законов - его обычно называют Соборным уложением 1649 г. Новое Уложение завершило формирование крепостнической системы в России. Было удовлетворено главное требование дворянства - введен бессрочный сыск беглых крестьян. Теперь помещичий крестьянин ни при каких условиях не мог покинуть землю господина. Если он бежал или его вывозили насильно во владения более могущественного землевладельца, дворянин мог подать челобитную в Москву, и крестьянина возвращали на прежнее место жительства. Крепостное право гарантировало дворянским поместьям рабочие руки, но было тяжело для крестьян, которые лишались личной свободы, несли тяжелые повинности как в пользу помещика, так и государства.
Крепостная система распространилась и на города. Посадские люди негодовали на существование в городах "белых слобод" - территорий принадлежавших боярским вотчинам и монастырям. Жители "белых слобод" пользовались налоговыми льготами, дарованными их господам - боярам и монастырям, но государство понуждало посадских людей выплачивать налоги со всего города. Повинности, падавшие на население "белых слобод", распределялись, таким образом, на население посада. Соборное уложение отменило "белые слободы". Теперь все жители городов присоединялись к посадской общине и совместно несли государственное тягло. Посадские были прикреплены к своему городу, так же, как помещичьи крестьяне к своей земле.
Соборное уложение 1649 г. стало первым законодательным сборником в России, распространявшимся в печатном виде. Оно сохраняло значение вплоть до второй четверти XIX в., а некоторые нормы Уложения сохраняли силу до отмены крепостного права в 1861 г.