Особую страницу отечественной истории XVII в. составляет раскол Русской Православной церкви. Пожалуй, можно считать раскол крупнейшей политической ошибкой Алексея Михайловича, в очередной раз необдуманно и безвольно пошедшего на поводу у любимца. В XVII в. русское общество остро чувствовало падение нравственного авторитета церкви - широко распространилось нарушение уставов общежитийных монастырей, нередко монахи, принадлежавшие к аристократии, жили отдельно от братии, на особом положении, не выполняли положенных монаху обязанностей. Монастыри занимались беззастенчивым стяжательством, иногда не гнушались даже ростовщичеством. Службы в церквях проводились неисправно, нередко для ускорения обрядов священник и дьяки читали текст литургии одновременно с разных мест - это называли многогласием. Прихожане не могли понять о чем речь, богослужение превращалось в возмутительную для верующих пародию. Среди церковных служителей распространялось пьянство и другие пороки. Было велико число малограмотных и вовсе неграмотных священников.
Передовые церковные деятели сходились во мнении, что церковь нуждается в реформировании, но значительно расходились в путях реформы. В 1652 г. по инициативе Алексея Михайловича патриархом был провозглашен Никон - близкий друг царя, деятельный администратор и сторонник решительных преобразованийй в церкви. Беда заключалась в том, что реформа Никона затронула не только и не столько организационную сторону церковной жизни, но саму обрядность, что и вызвало неприятие части верующих. Никон приказал исправить богослужебные книги по греческим образцам, новые переводы отличались от старых книг, часть верующих считала их неканоническими, а Никона, навязывавшего их верующим, - пособником дьявола. Слово "Иисус" до реформы писалось с одним "И", верующие сочли, что Никон исказил само имя бога. Если до реформы крестились двумя перстами, то Никон ввел троеперстие. И это лишь самые заметные нововведения.
Видным противником Никона был выдающийся церковный деятель, талантливый писатель протопоп Аввакум. Он категорически отказался принимать никонианство. Претерпев тяжелые испытания, много лет проведший в ссылке в Сибири, подвергавшийся истязаниям, годами сидевший в порубе - земляной тюрьме, Аввакум так и не отказался от своих убеждений. Другие, менее заметные, но не менее твердые в убеждениях старообрядцы (власти называли их раскольниками), уходили в труднодоступные местности - на Урал, на Север, в Сибирь, где создавали собственные общины. Были не единичные случаи, когда, преследуемые властями, старообрядцы предпочитали смерть никонианству и устраивали массовые самосожжения в церквях. С их точки зрения, погибнув таким образом, они сохраняли души, а приняв ненавистную реформу, сохраняли тело, но душа доставалась дьяволу, воплощением которого старообрядцы считали патриарха.
Алексей Михайлович скоро пожалел, что возвысил Никона. Властный, неуживчивый, считавший свое мнение единственно верным, патриарх активно вмешивался в политическую жизнь, ставил себя выше царской особы. Дошло до того, что в официальных документах патриарха стали писать перед царем, во время официальных церемоний свита патриарха шла впереди царской. Алексей Михайлович долго терпел такое положение, но Никон совершенно возгордился - пришел конец и царскому терпению. Между царем и патриархом началась ссора, в 1658 г. Никон отрекся от престола, но официально не сложил сана, лишь в 1666 г. он был низложен на Вселенском соборе и остаток жизни провел в ссылке. Но реформа уже была проведена, общество раскололось. Исправить ошибку было невозможно.
