После смерти Акбара в царствование его сына Джахангира (1605—1627), а позднее внука — Шах-Джахана (1628—1657) центробежные процессы усилились. Территория Могольской империи несколько расширилась путём завоевания Декана. Армия становилась всё менее гибкой, военная техника не совершенствовалась, отдельные военачальники начинали действовать по своему усмотрению, меньше считаясь с планами своего правителя. Сила армии падала.
Дворец крепостного типа в Гвалиоре. Около 1500 г.
Лишённые возможности расширять свои владения за счет завоевания новых земель, могольские феодалы ещё более усилили эксплуатацию крестьянства. В результате в некоторых местах налоги стали достигать таких размеров, что делали невозможным даже простое воспроизводство крестьянского хозяйства. Усилению эксплуатации крестьян способствовало и введение при Джахангире системы откупов земельного налога, ещё более распространившейся при Шах-Джахане. Непрекращавшиеся военные действия в Декане приводили к подрыву сельского хозяйства. Войны в Декане и на севере, равно как и подавление часто вспыхивавших феодальных бунтов, истощали казну и вели к ещё большему усилению налогового гнёта.
Нуждаясь в средствах, Джахангир стал требовать от джагирдаров, чтобы они часть доходов отдавали в казну, а в обеспечение взноса этих сумм от джагирдаров стали взимать при новых пожалованиях крупные денежные залоги. Таким образом, сбор земельного налога фактически стал отдаваться на откуп. Однако в отличие от времён Акбара в роли откупщиков стали выступать джагирдары. Характер джагира стал меняться. Джагирдары постепенно начали превращаться в феодальных землевладельцев-откупщиков.
Несколько изменился и характер заминдарства. Поскольку многие заминдары поступали на службу к Моголам и в дополнение к своим заминдарствам получали джагиры, разница между заминдарами и джагирдарами стала стираться. На имения заминдаров начинали уже смотреть, как на условные владения.
Феодальные мятежи при Джахангире приняли серьезный характер и ослабляли центральную власть. При самом восшествии на престол Джахангира произошло восстание под руководством его сына Хусру, подавленное Джахангиром с большой жестокостью. Более 8 лет продолжалось восстание Усман-хана в Бенгалии. В 1622 г. восстал другой сын Джахангира, правивший впоследствии Могольской империей под именем Шах-Джахана. Наконец, в 1626 г. взбунтовавшийся полководец Джахангира Махабат-хан захватил в плен самого государя, которому лишь с трудом удалось бежать.
При Шах-Джахане Могольская держава достигла своего наибольшего территориального расширения. Многолетними кампаниями в Декане Шах-Джахану удалось расширить пределы империи. В 1633 г. он захватил Ахмеднагар, в 1636 г. Голконда и Биджапур стали вассалами Могольской империи, а в 1656—1657 гг. они вынуждены были уступить Могольской империи часть своих территорий. На части этих новых земель (например, в стране маратхов, Махараштре) наряду с крупным землевладением мусульманских джагирдаров сохранялось землевладение мелких и средних феодалов-индусов. Моголы вынуждены были опираться на эту прослойку местных феодалов в недавно завоеванной и враждебной стране.
Стремясь покорить целиком Южную Индию, Шах-Джахан всю свою жизнь продолжал вести войны в Декане. Джагирдары, посылаемые на долгие годы сражаться на окраинах, стремились и там окружать себя привычной роскошью. Они брали с собой в поход огромную свиту, гаремы, массу слуг. Армии Моголов становились все менее боеспособными и малоподвижными. В 1645 г. могольские войска захватили Балх и Бадахшан, но не смогли там удержаться и через два года вынуждены были уйти оттуда. В 1638 г. могольским войскам удалось отобрать у иранцев Кандагар, но в 1649 г. Иран снова овладел им, и три осады Кандагара Шах-Джаханом в 1649—1653 гг. не принесли Моголам военного успеха. При этом обнаружилось также плохое качество и недостаточное количество осадных орудий и пушек, отлитых в Могольской империи.
Налоговое бремя крестьян при Шах-Джахане ещё более увеличилось. Пышность двора Шах-Джахана поражала путешественников. Контраст между роскошью двора и нищетой народных масс бросался в глаза даже придворным хронистам. В 1630—1632 гг. голод поразил плодороднейшие прежде местности Декана и Гуджарата. Несмотря на внешние успехи, в правление Шах-Джахана продолжался процесс внутреннего ослабления империи, который привёл во второй половине XVII в. к упадку Могольского государства.
В XVI в. в Могольскую империю проникают европейские торговые компании, которые во второй половине XVII в. прочно укрепились в Индии и начали приобретать не только торговое, но и значительное политическое влияние, положив тем самым начало её колониальному порабощению.
Русские купцы не могли попасть в Индию прямым морским путём. Им приходилось проезжать туда через много владений чужих, часто враждебных правителей. Торговлю с Россией вели главным образом индийские купцы, в начале XVII в. основавшие торговое поселение в Астрахани. Русское правительство всячески поддерживало эту торговлю, предоставив индийцам (в своём большинстве — выходцам из Пенджаба) различные льготы. Два русских посольства в Могольскую империю в 1646 и в 1651 гг. не были пропущены через Иран и потому не достигли места назначения. Однако, несмотря на неудачу в установлении прямых дипломатических сношений в первой половине XVII в., торговые связи между Россией и Индией были относительно широки.
