С 1926 по 1935 г.г. Александрийской Церковью управлял Патриарх Мелетий II (Метаксакис), бывший до этого Архиепископом Афинским и Патриархом Константинопольским. С его именем связано возрождение Александрийского Патриархата. К моменту его прибытия в Египет там было 8 храмов, 40 священников и два монастыря без монахов. Патриарх Мелетий развил активную деятельность по распространению Православия в Африке. Он учредил кафедры в Йоханнесбурге, Бенгази, Триполи, Тунисе, Судане и Эфиопии. Им было основано Свято-Афанасьевское духовное училище, ставшее позже семинарией. В 1926 г. состоялся переход богослужения на новый стиль.
15 мая 1930 г. Патриарх Мелетий подписал Положение о священническом служении, которое упорядочивало жизнь духовенства. 13 ноября 1931 г. он выработал специальное положение о Синоде, который не может собираться без Патриарха. Согласно этому закону, Патриарх избирается духовенством и православной паствой независимо от национального признака. Если избранный Патриарх не имеет египетского подданства, он его принимает и получает признание со стороны властей страны.
При его преемнике Патриархе Николае V (1935–1939) в Александрийском Патриархата утвердился новый способ избрания главы этой Церкви. После кончины Патриарха Мелетия в 1935 г. открыл свою работу Поместный собор Александрийской Церкви, созванный для избрания нового предстоятеля. Процедура избрания должна была проходить в соответствии с действовавшими в то время законами египетского государства. Однако православные сирийцы стали протестовать по поводу способа избрания Патриарха и добились отсрочки выборов нового главы Церкви. Вследствие этого министерство иностранных дел Египта представило Патриархии письменный документ, который содержал новые положения о выборах Патриарха с учетом пожеланий сирийских христиан. Несогласие патриаршего местоблюстителя с этими требованиями привело к непризнанию египетским правительством результатов выборов Патриарха.
Новый глава Церкви был избран с соблюдением этих условий. Это произошло 11 февраля 1935 г. Новым Патриархом стал митрополит Ермупольский Николай V. После выборов Патриарх поручил смешанной комиссии, которая состояла из греков и сирийцев, подробно изучить вопрос о порядке избрания главы Церкви. Комиссия работала долгое время, что привело к запоздалому признанию египетскими властями результатов выборов нового Патриарха, что произошло лишь в марте 1937 г., когда было принято новое правило о выборах главы Александрийской Церкви. В этом правиле говорилось, что православные сирийской диаспоры принимают участие в выборах нового Патриарха на равных правах.
Патриарх Николай был ревностным последователем принципа соборности в управлении Церковью. Он с неутолимой энергией трудился над переустройством Патриархии согласно этому принципу. Также большое внимание он уделял церковным учебным заведениям. Ему удалось перевести отношения с египетским правительством в русло сотрудничества и взаимопонимания.
Митрополит Леондопольский Христофор II был избран на патриарший престол 21 июля 1939 г. Поместным собором Александрийской Церкви. Перед избранием он давал обещание заполнить все вдовствующие кафедры Александрийской Церкви, улучшить материальное положение священников и многое другое. Однако новые политические условия, в которых оказался Александрийский Патриархат после окончания Второй мировой войны, когда увеличился поток эмиграции греков в другие страны, особенно в Австралию, привели к сильному сокращению греческой паствы в Египте. Перемены, которые произошли в этом регионе, повергли страну в хаос и привели к утесненному положению греческой диаспоры и Александрийского Патриархата. Таким образом, процветавшая некогда греческая община Египта, которая представляла собой опору Патриархата на африканском континенте, к концу 60-х г.г. XX в. стала насчитывать всего несколько тысяч человек.
Несмотря на это, Патриарх Христофор продолжал энергично трудиться на благо Церкви, преодолевая возникшие трудности. Он смог добиться устранения распрей и раздоров внутри христианских общин, которые на протяжении целых десятилетий будоражили жизнь Церкви.
В вопросе признания Болгарского Патриархата, Патриарх Христофор не поддержал мнение многих других Поместных Церквей, но занял позицию Московского Патриархата. Он принял предложение советского правительства получить компенсацию за конфискованное имущество Александрийской Церкви в советской России.
Египетские власти пытались навязывать школам Патриархата свои учебные программы, но Патриарх смог добиться значительных уступок в пользу Церкви. Его отношение к экуменическому движению было отрицательным, как и к многочисленным протестантским проповедникам, которых он резко осуждал за прозелитизм. Он принимал деятельное участие в возобновлении многих церковных изданий, создании библиотек и составлении учебных программ.
Патриарх Христофор положил основание современной миссионерской деятельности Православной Церкви на африканском континенте. Его первым шагом на этом поприще стала хиротония архиереев в новооснованные епархии Аккры и Иринополя. Ядром нового миссионерского движения стала Уганда, где был создан постоянно действующий миссионерский центр. Последовали хиротонии в иереи из коренных жителей. Было совершено освящение многих новопостроенных храмов. Большой резонанс получило рукоположение трех иереев, до этого бывших активными англиканскими проповедниками. Патриарх Христофор прилагал большие усилия для того, чтобы дети из семей местных жителей воспитывались в греческих школах Александрии, а затем отправлялись на обучение не только на богословском, но и на других факультетах. Целью этого было подготовить молодых людей для последующей миссионерской работы среди местного населения.
Александрийская Церковь принимала участие во Всеправославной конференции, которая состоялась на о. Родос (Греция) в 1961 г.
В последние пятнадцать лет Патриарх Христофор, из-за возникших проблем со здоровьем, не созывал Синод, что в результате привело его к конфликту с епархиальными архиереями. Вместо Синода Патриарх поручил специально им назначенным митрополитам Ермупольскому Евангелию и Иринопольскому Николаю, который впоследствии стал Патриархом, вести часть дел Патриархии. Это вызвало нестроения в управлении Церковью, что привело к появлению оппозиции и вынудило Патриарха в 1968 г. уйти на покой. Некоторое время спустя он скончался.
Патриарх Николай VI столкнулся с проблемой резкого сокращения греко-говорящей паствы в Александрии. Но более серьезной проблемой стали нестроения, возникшие при его предшественнике.
Он основал митрополии Зимбабве и мыса Доброй Надежды. Продолжая миссионерскую деятельность своего предшественника, новый Патриарх занялся главным образом реорганизацией управления Патриархии и улучшением инфраструктуры учебных заведений и благотворительных учреждений. Он организовал центры духовного просвещения местной молодежи, из среды которой, после необходимой литургической подготовки, он выбирал достойнейших и рукополагал их в священники. При нем три африканца были рукоположены в епископский сан.
Первое десятилетие патриаршества Николая можно назвать золотой эпохой Александрийской Церкви. Он заложил и построил новое здание монастыря св. Саввы и освятил его соборный храм, он отремонтировал здание богословской школы, расширил фонды библиотеки и музея школы. На территории школы он отстроил новое здание Патриархии. Скончался Патриарх в 1986 г., находясь с официальным визитом в России.
Патриарх Парфений III известен своим деятельным участием в экуменическом движении. Его личность была известной во многих международных, религиозных кругах и организациях. Он, как и его предшественник, непрерывно трудился на миссионерском поприще, главным образом в таких странах, как Кения, Заир, Камерун и особенно Уганда. Он много сделал для оказания гуманитарной помощи народам Африки. Патриарх Парфений основал митрополию Кампалы. Он постоянно проявлял живое и деятельное участие в изданиях Патриархии.
За последнее десятилетие при Александрийских Патриархах Христофоре II (1939–1967), Николае VI (1968–1986) и Парфении III (1987–1996) Церковь расширила свою юрисдикцию на весь африканский континент. В 1946 г. православные Уганды и Кении были приняты в полное каноническое общение с Патриаршим престолом, а в 1963 г. присоединены к Александрийской Церкви. В 1958 г. были учреждены три новые епархии в Тропической Африке: Восточноафриканская, Центральноафриканская и Западноафриканская. В 1968 г. были образованы еще епархии Родезийская и Мыса Доброй Надежды. В сентябре 1997 г. были учреждены 4 новые епископии: Мадагаскарская (Антананариву), Нигерийская (Лагос), Ганская (Аккра) и Букобская (Танзания). В 1968 г. прибывшая в Александрию по случаю интронизации Патриарха Николая VI делегация Ватикана от имени папы Павла VI передала престолу ап. Марка частицу его мощей, некогда похищенных венецианцами. В 1971 г. состоялось торжественное открытие новой Патриаршей резиденции в Александрии.
В своей церковной политике Александрийская Церковь ориентируется традиционно на Константинопольскую Церковь, которую целиком поддерживает во всех межправославных и межхристианских проблемах. Что же касается православного населения Египта, то в конце 50-х и начале 60-х г.г. оно значительно сократилось в связи с выездом части греческого населения в Грецию и другие страны. Это объясняют усилением фундаменталистских настроений в Египте. Благодаря миссионерской деятельности первосвятителей и святителей Александрийской Церкви в таких странах, как Уганда, Кения, Камерун, ЮАР, Тунис, Ливия, Эфиопия, Зимбабве и др. удается сохранить Православие на африканском континенте. Именно негритянская часть Православной Церкви является наиболее активной. В Найроби (Кения) действует духовная семинария.
