Упадок самого города Александрии начался со времени его завоевания арабами. Во второй трети VII в. восточные провинции Византии подверглись нашествию арабов-мусульман. В сентябре 642 г. византийцы, окруженные в Александрии, сдались.
Христиане в покоренном Египте сохранили свободу вероисповедания. Патриарх Кир умер еще до сдачи Александрии (весной 642 г.), а избранный его преемником Петр, также монофелит, покинул Египет вместе с византийской армией и скончался в Константинополе около 654 г. После него преемство православных Александрийских Патриархов прервалось более чем на 70 лет.
В 731 г. при халифе Хишаме, достаточно благосклонно относившемся к немусульманам, православным Египта было позволено восстановить пост Александрийского Патриарха. Новоизбранный Патриарх Косма, хотя и был неграмотным ремесленником, не искушенным в политике, сумел добиться у халифа возвращения православным многих церквей, захваченных коптами после ухода византийцев.
При халифе аль-Мутаваккиле (847–861) христианам пришлось пережить тяжелое гонение. Мусульмане подвергали разрушению церкви, запрещали совершать богослужения и таинства.
В конце IX – первой половине Х в. халифат пришел в упадок. В числе прочих провинций Египет вышел из повиновения халифу и превратился в самостоятельное государство. В 969 г. Египет, а также Палестина и Южная Сирия были завоеваны шиитской династией Фатимидов, создавшей свое государство. Первые Фатимиды проявляли редкую веротерпимость.
Но с 1003 г. халиф аль-Хаким развернул жесточайшие гонения на христиан. Каждый год его правления был отмечен массовыми погромами церквей и христианских кварталов, осквернением кладбищ. В 1008 г. халиф запретил христианам праздновать Вербное воскресенье, а позже – и Крещение Господне. В 1014 г. начался массовый исход христиан в византийские владения. Из оставшихся в Египте немусульман значительная часть приняла ислам, хотя многие делали это неискренне.
Следующий халиф – аз-Захир (1021–1035) отменил все ограничения, наложенные на немусульман. Православные получили возможность избрать нового патриарха и епископов, которых лишились во время гонения. Христиане, ранее бежавшие из Египта, возвращались обратно, восстанавливали разрушенные храмы, со всей пышностью отмечали церковные праздники, и даже те, кто был насильственно обращен в ислам, безнаказанно возвращались в христианство.
С появлением на Ближнем Востоке крестоносцев, вытеснивших из Палестины ослабевших фатимидов и образовавших там христианские государства, Египет на два столетия стал передним краем борьбы мусульманской и католической цивилизаций. Несколько раз крестоносцы предпринимали попытки овладеть Египтом.
В XII в. Египет стал главной целью крестоносцев. Во время пятого крестового похода (1218–1221) католики после долгой осады овладели Дамиеттой, однако во время похода на Каир были отрезаны от своей базы и под угрозой голода уступили все свои завоевания. В 1248–1250 г.г. вторгшаяся в Египет армия французского короля Людовика XI после первоначальных успехов была окружена и разгромлена мусульманами; сам король попал в плен, и за него пришлось платить огромный выкуп. Даже после того как основная волна крестоносного движения спала, а все христианские владения на Востоке оказались в руках мусульман, папа Римский и европейские рыцари не оставляли попыток завоевать Египет.
Объективно крестовые походы только ухудшили положение египетских христиан, вызвав всплеск ярости у мусульман, который привел к гонениям против «неверных». Сами же крестоносцы относились к православным христианам как к еретикам. Во время вторжений в Египет они грабили и истребляли население, не делая различий между мусульманами и христианами. После взятия в 1219 г. Дамиетты, где находилась кафедра православного митрополита, папский легат учредил в городе католическую кафедру, причислив ее к владениям Иерусалимского латинского патриарха. То же повторилось при захвате этого города крестоносцами в 1249 г.
Мусульмане со своей стороны не вникали в противоречия между христианскими конфессиями и подозревали православных в пособничестве крестоносцам. Помимо бедствий и разрушений непосредственно в районах военных действий христиане подвергались разнообразным преследованиям на всей мусульманской территории.
Бедствия постигли христиан и во время пятого крестового похода: христиане Каира были обложены тяжелым сбором на военные расходы; исламская армия, шедшая к осажденной Дамиетте, разрушала по дороге все церкви. В ответ на взятие этого города крестоносцами по всему Египту было уничтожено 115 храмов.
В 1250 г. власть в Египте захватили мамлюки. Они сумели остановить натиск монголов и сокрушили остатки владений кресноносцев. Мамлюкский султанат стал политическим и религиозным центром исламского мира. Во время правления мамлюков их внутренняя политика отличалась религиозной нетерпимостью.
