У наслідок соціальних та національних утисків з боку панської Польщі, в 1648 р. вибухнула грандіозна національно-визвольна війна українського народу під проводом дрібного шляхтича Богдана Хмельницького. Розбивши протягом 1648-1649 рр. головні польські сили, повстанці підписали з урядом так званий Зборівський мир (1649 р.) згідно з яким Україна (у складі Київського, Чернігівського та Брацлавського воєводств), під назвою «Гетьманщина» ставала автономною частиною Речі Посполитої. 1654 р. Б. Хмельницький уклав Переяславський договір з Московським царством, по якому Україна визнавала зверхність Московії на правах васалітету та широкої автономії. Головним результатом повстання стало знищення шляхетського феодального гноблення українського селянства, яке отримало землі та свободу. Козацтво перетворилося у привілейований стан населення, до якого перейшло керівництво державою.
Але у другій половині XVII ст. у ході так званої «Руїни» ‑ боротьбі між промосковською та пропольською козацькими старшинами, автономія Гетьманщини була сильно обмежена, та й сама Україна поділилася на Правобережну – під керівництвом Польщі та Лівобережну – під керівництвом Москви. До цього, до речі, спричинила агресивна антиукраїнська політика як московського царату, так і польської корони.
Змінюється й соціальна структура українського населення. Замість знищеного польського шляхетського стану, з’являється новий панівний стан – козацька старшина. У другій половині XVII ст. її влада збільшується і вона все частіше зазіхає на незалежність селянства, фактично відтворюючи панщину. Водночас падає значення рядового козацтва.
Схожою ситуація була й на Слобідщині. Через землі Слобідської України проходили татарські шляхи набігів на Московію. Тому до XVI ст. вони були майже зовсім незаселеними. Проте Московський уряд, починаючи з Івана Грозного, усіляко сприяє переселенню сюди селян та козаків з України. Козаки отримували землі за свою службу цареві. Протягом XVII ст. на Слобідщині формується полковий устрій. Полковники, які водночас стояли на чолі адміністративної одиниці – полку, підпорядковувалися безпосередньо Москві та її представнику ‑ Белгородському воєводі. З часом, полковники та старшини починають збільшувати свої наділи землі за рахунок наділів рядового козацтва. Селяни, які працювали на їх землях у якості орендарів почали поступово закріпощатися. Найбільше повстання проти спроб обмежити традиційні права та свободи, вибухнуло на Слобожанщині у 1670 р. Великий вплив на повстанців (яких очолив острогозький полковник І. Дзиковський) мала селянська війна у Росії під проводом Степана Разіна.
Соціальні утиски населення Гетьманщини посилилися під час гетьманування І. Мазепи (1687-1708(9) рр.) І. Мазепа виступав як захисник інтересів козацької старшини, що виявилося у його намаганнях розширити її вплив та багатство. Все це робилося, звичайно, за рахунок українського селянства та козацтва. Збагачуючи козацьку старшину, Мазепа намагався укріпити свою особисту владу, яка трималася в першу чергу на підтримці козацьких старшин. За І. Мазепи розширилася й московська присутність на Україні. Московські бояри, та нове московське дворянство, яке виникло за царювання Петра І, отримали право земельної власності в України. Більше всіх отримав фаворит царя Петра О. Меншиков. Щоправда не забував Мазепа і про себе – він був власником близько 20 тисяч маєтків на Україні, які пожалував йому Петро І. У відповідь на соціальні утиски, наприкінці XVII ст. відбулося кілька повстань. Найбільшим було повстання на Січі у 1692 р. яке очолив кошовий отаман Іваненко Петрик. Протягом 1692-1694 рр. разом з татарами він зорганізував кілька походів у Гетьманщину, маючи на меті повалити владу Мазепи і відділити Гетьманщини від Москви. Але ці рейди були безуспішні й після 1696 р. про долю Петрика майже нічого не відомо.
У 1702 р. на Правобережній України, яка входила до складу Польщі, розпочалося повстання під проводом фастівського полковника С. Палія. Воно вибухнуло у відповідь на намагання Польщі знищити полковий устрій Правобережжя. Польща, яка була союзником Росії у війні проти Швеції, попросили допомоги. У 1703 р. війська Мазепи перейшли кордон Правобережжя, розбивши повстанців та повернувши ці землі знов під панування польської шляхти.
Після початку Північної війни між Росією та Швецією, у якій Росія боролася за вихід до Балтійського моря, становище трудівників в Україні погіршилося. Селяни були обкладені великими податками на користь війні, козаки були повинні воювати проти добре озброєної та підготовленої шведської армії. Масовий набір населення для будування Петербургу, яке розпочалося у 1703 р., лягло тягарем на народні маси. За цих умов І. Мазепа, зважаючи на невдоволення населення й своєї старшини, вирішив перейти на бік Швеції, якщо її війська вдеруться до України. Коли восени 1708 р. шведи увірвалися на Україну, Мазепа перейшов на їхній бік. За ним пішли близько 2 тисяч чоловік гетьманської гвардії, частина старшини та деякі козаки Запорозької Січі на чолі з кошовим К. Гордієнком. Але основна маса населення не пішла за Мазепою, боючись репресій уряду та не довіряючи шведам. 27 червня 1709 р. в ході Полтавської битви шведсько-українське військо було розбито. Мазепа подався до Молдови, де у містечку Бендери невдовзі й помер.
Незабаром Гетьманщина, була остаточно позбавлена свого автономного статусу. Крім того швидко закріпачується українське селянство: 1727 р. було видано закон, згідно з яким селяни, що покидали свого пана, лишалися прав на майно, яким вони володіли на старому місці. 1760 р. селянин зобов’язувався отримати у пана офіційний дозвіл на перехід. А 1783 р. імператриця Катерина ІІ зовсім заборонила селянам переходити з місця на місце, таким чином остаточно відроджуючи кріпацтво. Українські селяни вже втретє за свою історію (після часів Київської Русі та литовсько-польського панування) становляться кріпаками. Це є унікальне явище у соціально-економічній історії світу.
Одночасно знищуються й козацькі свободи. Козаків все частіше використовували на будівельних роботах. Крім того відбувалася швидка майнова диференціація козацтва. Уряд поділив усіх козаків на виборних, які могли забезпечити себе зброєю та підпомічників – бідняків, які мали працювати у маєтках виборних, перетворюючись фактично на їхніх слуг.
Майнова диференціація торкнулася і січових козаків. Січова старшина захоплювала найкращі землі та швидко багатіла, у той час як козацька маса бідніла. На кінець XVIIІ ст., коли Кримське ханство перестало існувати, всяка потреба у січових козаках зникла. 4 червня 1775 р. за наказом Катерини ІІ Січ було зруйновано. Частина козаків заснувала на турецькій території так звану Задунайську Січ, але більшість була переведена або до постійного війська, або до селянського стану.
Реєстрове козацтво також було небезпечним для імператорського уряду. Тому 1783 р. реєстрові полки були реорганізовані в уланські частини, виборні козаки перейшли до солдатського стану, підпомічники, як правило, до селянського. 1784 р. між Бугом та Дністром царат сформував Бузьке козацьке військо для протидії Задунайській Січі. Українську державність було знищено остаточно. Головною рушійною силою соціальної боротьби, крім невеликого прошарку ліберального дворянства та інтелігенції, знову стало селянство. Швидке посилення кріпосницького гноблення активізувало наприкінці XVIII ст. селянські рухи. Великим було повстання в с. Кліщенцях 1761-1770 рр. та у с. Турбаї на Полтавщині у 1788-1793 рр.