Відповідно до Закону «Про природно-заповідний фонд України» за використання ПЗФ відповідає Міністерство охорони навколишнього природного середовища, а урядовим органом державного управління, що діє в складі міністерства і підпорядковується йому, визначено Державну службу заповідної справи.
Експерти переконують, що природна спадщина України потребує окремого державного органу управління – Державного комітету заповідної справи. На жаль, поки що в Україні він відсутній. Заповідні території перебувають під керівництвом цілої низки відомств. Через це важко знайти крайнього, коли йдеться про те, хто ж несе відповідальність за збереження природно-заповідного фонду. Спроба підпорядкування всіх біосферних та природних заповідників, національних природних парків одному урядовому органу була в перші роки незалежності. Так, постановою Верховної Ради України «Про впорядкування управління заповідниками та національними природними парками» (1993 р.) визначалося вважати за необхідне заповідники та національні природні парки, що створюються, підпорядковувати Міністерству охорони навколишнього природного середовища України. Та, як кажуть, віз і далі там. Бо після цієї постанови створені Державною службою заповідної справи Рівненський та Черемський природні заповідники, НПП «Сколівські Бескиди», Галицький і «Гомільшанські ліси» залишаються у підпорядкуванні Державного комітету лісового господарства України.
Із 40 існуючих нині заповідних територій вищого рангу 19 підпорядковані Міністерству охорони навколишнього природного середовища України, решта 21 – органам виконавчої влади, вищим навчальним закладам, державним науковим організаціям. При цьому розпорядники коштів, у віданні яких знаходяться установи ПЗФ, планують їм видатки по залишковому принципу, оскільки діяльність цих установ не є їх пріоритетом.
Так, при створенні природних заповідників, національних природних парків, ботанічних садів, дендрологічних парків і зоологічних парків ділянки землі та водного простору з усіма природними ресурсами повністю вилучаються з господарського використання і надаються, як правило, в постійне користування заповідним об’єктам.
Регіональні ландшафтні парки організовуються, як правило, без вилучення земельних ділянок у їх власників або користувачів, але законодавство не виключає можливості такого вилучення.
Оголошення заказників, пам’яток природи та заповідних урочищ провадиться без вилучення земельних ділянок у їх власників або користувачів. Одночасно власники або користувачі земельних ділянок, водних та інших природних об’єктів, оголошених відповідними територіями чи об’єктами ПЗФ, беруть на себе зобов’язання щодо забезпечення режиму їх охорони та збереження. Якщо територія, на якій створюється об’єкт ПЗФ, що потребує надання йому відповідної ділянки, перебуває у власності або в користуванні громадян або юридичних осіб, земельне законодавство дозволяє вилучення чи викуп таких земель. Але при цьому необхідно здійснити цілу низку узгоджень.
Також заповідники, національні природні парки, заказники (крім мисливських), регіональні ландшафтні парки, ботанічні сади, дендрологічні і зоологічні парки, пам’ятки природи, заповідні урочища та парки-пам’ятки садово-паркового мистецтва звільняються від земельного податку. При цьому власникам та користувачам природних ресурсів можуть відшкодовуватись збитки, пов’язані із встановленими обмеженнями у природокористуванні, а також в зв’язку з неодержанням доходів за час тимчасового невикористання земельної ділянки.
Землі ПЗФ можуть перебувати у державній, комунальній та приватній власності. При цьому право власності на земельну ділянку поширюється в її межах на поверхневий (ґрунтовий) шар, а також на водні об’єкти, ліси і багаторічні насадження, які на ній знаходяться. Що стосується права власності на простір, що знаходиться над та під поверхнею такої ділянки, то воно розповсюджується на висоту та глибину, необхідні для зведення житлових, виробничих та інших будівель і споруд. Територія природних заповідників, національних природних парків, заповідні зони біосферних заповідників є власністю Українського народу, тобто не підлягають приватизації або передачі у комунальну власність.
Відповідно до вимог земельного законодавства, землі державної власності, зайняті під об’єктами ПЗФ загальнодержавного значення, не підлягають передачі ні в приватну, ні в комунальну власність.
