Налоговый кодекс РФ не содержит разъяснений до данному вопросу.
Порядок внесения исправлений в книгу покупок до 30.05.2006, то есть до вступления в силу дополнений в Постановление Правительства РФ N 914, не был установлен.
По данному вопросу есть две противоположные точки зрения.
Согласно официальной позиции запись о неверно оформленном счете-фактуре сторнируется в книге покупок покупателя в том налоговом периоде, в котором счет-фактура был зарегистрирован. Исправленный счет-фактура регистрируется в книге покупок в периоде его получения. Есть судебное решение и работа автора, подтверждающие данный подход.
Противоположная позиция, выраженная в некоторых судебных решениях, заключается в следующем: исправленный счет-фактура может быть зарегистрирован в книге покупок в том налоговом периоде, что и первоначально выставленный.
Подробнее см. документы
Позиция 1. Изменения вносятся в периоде получения исправленного счета-фактуры
Письмо Минфина России от 21.09.2005 N 07-05-06/252 "О регистрации счетов-фактур с внесенными изменениями"
Финансовое ведомство разъясняет, что исправленные счета-фактуры регистрируются в книге покупок не ранее даты внесения исправления, указанной на счете-фактуре.
Письмо МНС России от 13.05.2004 N 03-1-08/1191/15@ "Свод писем по применению действующего законодательства по НДС за II полугодие 2003 года - I квартал 2004 года" (вопрос "В целях применения пункта 2 статьи 169 НК РФ")
В Письме разъяснено, что счета-фактуры, не соответствующие установленным нормам их заполнения, в книге покупок не регистрируются. Запись о неверно оформленном счете-фактуре сторнируется в книге покупок покупателя в том налоговом периоде, в котором он был зарегистрирован. Исправленный счет-фактура регистрируется в книге покупок в периоде его получения.
Аналогичные выводы содержит:
Статья: О внесении изменений в счета-фактуры ("Налоговый вестник", 2006, N 11)
Постановление ФАС Уральского округа от 09.08.2005 N Ф09-3235/05-С2
Суд указал, что в книге покупок может быть зарегистрирован только правильно оформленный счет-фактура. Поэтому при исправлении счета-фактуры зарегистрировать в книге покупок его можно только в том периоде, в котором получен исправленный вариант.
Позиция 2. Исправления вносятся в периоде получения первоначального счета-фактуры
Постановление ФАС Центрального округа от 13.11.2006 по делу N А35-14062/05-С15
Суд указал, что действующее налоговое законодательство не содержит требований о регистрации исправленных счетов-фактур в книге покупок в том периоде, в котором получены документы, подтверждающие данные изменения.
Постановление ФАС Центрального округа от 12.01.2007 по делу N А35-9003/05-С15
Суд отверг довод налогового органа о том, что исправленные счета-фактуры учитываются только в том налоговом периоде, в котором в них внесены исправления. Пунктом 8 Правил, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 N 914, определено, что счета-фактуры, полученные от продавцов, регистрируются в книге покупок по мере возникновения права на налоговые вычеты.
Постановление ФАС Восточно-Сибирского округа от 06.02.2007 N А74-2606/06-Ф02-82/07 по делу N А74-2606/06
Суд разъяснил, что Постановлением Правительства РФ N 914 установлен исчерпывающий перечень обстоятельств, которые являются основанием для регистрации налогоплательщиком полученных счетов-фактур в книге покупок для определения суммы НДС к вычету (возмещению). Внесение изменений в счет-фактуру не отнесено к указанным обстоятельствам, поэтому дата исправления счета-фактуры не имеет значения для определения налогового периода, за который налогоплательщик вправе предъявить к вычету уплаченный поставщикам товаров (работ, услуг) НДС.
