Согласно разъяснениям Минфина России до 1 апреля 2012 г. наравне с новой формой можно применять и прежнюю форму счета-фактуры (Письмо от 31.01.2012 N 03-07-15/11 (направлено для сведения и использования в работе Письмом ФНС России от 01.02.2012 N ЕД-4-3/1547@)).
Согласно п. 3 ст. 168 НК РФ продавец при получении аванса должен выставить покупателю счет-фактуру не позднее пяти календарных дней.
Согласно пп. "д" п. 19 Постановления Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137 в книге покупок не регистрируются счета-фактуры (в том числе корректировочные, исправленные), полученные на сумму оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав при безденежных формах расчетов. Аналогичное положение предусматривалось п. 11 Постановления Правительства РФ от 02.12.2000 N 914.
Также в соответствии с пп. "з" п. 1 Правил заполнения счета-фактуры (утв. Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137) в счете-фактуре при получении предоплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав с применением безденежной формы расчетов в строке 5 (реквизиты платежно-расчетного документа, кассового чека) ставится прочерк. Аналогичное правило было предусмотрено и Постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 N 914.
Налоговый кодекс РФ, а также Постановление Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137 (а ранее Постановление Правительства РФ от 02.12.2000 N 914) не указывают, должен ли продавец выставлять покупателю счет-фактуру при получении предоплаты в безденежной форме.
По данному вопросу есть две точки зрения.
Официальная позиция заключается в том, что при получении аванса в безденежной форме продавец обязан выставить покупателю счет-фактуру.
Есть работа автора, в которой высказана иная точка зрения: налогоплательщик не должен выставлять счет-фактуру при получении векселя третьего лица в качестве предоплаты, поскольку в данном случае невозможно заполнить реквизит счета-фактуры "номер платежно-расчетного документа" (пп. 3 п. 5.1 ст. 169 НК РФ).
Судебной практики нет.
Подробнее см. документы
Позиция 1. При получении предоплаты в безденежной форме продавец обязан выставить покупателю счет-фактуру
Письмо Минфина России от 06.03.2009 N 03-07-15/39
Финансовое ведомство разъясняет, что продавец обязан выставить покупателю счет-фактуру, даже если предоплата поступает в безденежной форме.
Аналогичные выводы содержит...
Практическое пособие по НДС
Позиция 2. При получении предоплаты в безденежной форме продавец не обязан выставлять покупателю счет-фактуру
Консультация эксперта, 2009
По мнению автора, продавец не обязан выставлять покупателю счет-фактуру при получении векселя третьего лица в качестве предоплаты, поскольку в данном случае нельзя заполнить такой реквизит счета-фактуры, как "номер платежно-расчетного документа". Однако, поскольку Минфин придерживается иной позиции, налогоплательщику во избежание споров с налоговыми органами рекомендуется следовать его рекомендациям.