Ситуация актуальна для правоотношений, возникших до 01.01.2011.
Налоговый кодекс РФ не содержит разъяснений по данному вопросу.
По этому вопросу существует две точки зрения.
Официальная позиция заключается в том, что услуги по транспортировке экспортируемого товара, оказанные дочерними предприятиями налогоплательщика, облагаются по ставке 18 процентов. Есть судебные решения, подтверждающие данный подход.
Есть примеры судебных решений, в том числе Постановление Президиума ВАС РФ, согласно которым услуги по транспортировке экспортируемого товара, предоставленные дочерними предприятиями, представляют собой единый процесс и должны облагаться по ставке 0 процентов.
Подробнее см. документы
Позиция 1. Услуги по транспортировке экспортного товара, оказываемые дочерними предприятиями, облагаются по ставке 18 процентов
Письмо Минфина России от 04.07.2008 N 03-07-08/170
Финансовое ведомство разъяснило, что, поскольку дочерние предприятия не являются соисполнителями услуг, которые оказывают материнские компании при транспортировке нефти и нефтепродуктов, экспортируемых за пределы территории РФ, а только предоставляют услуги по перекачке, применение ставки 0 процентов неправомерно.
Постановление ФАС Московского округа от 24.10.2008 N КА-А40/9697-08 по делу N А40-13767/08-140-42 (Определением ВАС РФ от 06.05.2009 N ВАС-408/09 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Суд указал на то, что применять ставку 0 процентов при транспортировке нефтепродуктов, вывозимых с территории РФ по системе магистральных нефтепродуктопроводов, может только налогоплательщик, который непосредственно заключил контракт на оказание данной услуги, при условии представления в налоговые органы документов, предусмотренных п. 4 ст. 165 НК РФ.
Аналогичные выводы содержит...
Постановление ФАС Московского округа от 14.10.2008 N КА-А40/6493-08 по делу N А40-58728/07-111-306 (Определением ВАС РФ от 12.05.2009 N 1331/09 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Московского округа от 16.09.2008 N КА-А40/8634-08 по делу N А40-58726/07-108-356
Постановление ФАС Московского округа от 12.09.2008 N КА-А40/8634-08 по делу N А40-58726/07-108-356
Постановление ФАС Московского округа от 27.08.2008 N КА-А40/6972-08 по делу N А40-1006/08-117-5 (Определением ВАС РФ от 10.11.2008 N ВАС-13877/08 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Московского округа от 15.08.2008 N КА-А40/7529-08 по делу N А40-58755/07-127-384
Постановление ФАС Московского округа от 13.08.2008 N КА-А40/6680-08 по делу N А40-47090/07-139-308 (Определением ВАС РФ от 26.02.2009 N 15896/08 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Московского округа от 07.08.2008 N КА-А40/5257-08 по делу N А40-47089/07-129-297 (Определением ВАС РФ от 06.05.2009 N ВАС-15591/08 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Московского округа от 06.08.2008 N КА-А40/1498-08 по делу N А40-39105/07-141-222
Постановление ФАС Московского округа от 04.08.2008 N КА-А40/4209-08 по делу N А40-50870/07-141-275 (Определением ВАС РФ от 12.05.2009 N 13325/08 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Московского округа от 30.07.2008 N КА-А40/4917-08 по делу N А40-58624/07-141-332
Позиция 2. Услуги по транспортировке экспортного товара, оказываемые дочерними предприятиями, облагаются по ставке 0 процентов
Постановление Президиума ВАС РФ от 25.02.2009 N 13893/08 по делу N А40-67561/07-107-390
Суд указал следующее: поскольку услуги, оказываемые дочерними предприятиями налогоплательщика, представляют собой единый процесс транспортировки, они облагаются по ставке 0 процентов.
Аналогичные выводы содержит...
Постановление ФАС Московского округа от 10.08.2009 N КА-А40/7250-09 по делу N А40-46356/08-142-151 (Определением ВАС РФ от 30.09.2009 N ВАС-12455/09 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Московского округа от 27.07.2009 N КА-А40/6533-09 по делу N А40-46377/08-14-148 (Определением ВАС РФ от 30.09.2009 N ВАС-12456/09 отказано в передаче данного дела в Президиум ВАС РФ)
Постановление ФАС Московского округа от 27.12.2011 по делу N А40-28893/11-116-82
Суд указал, что услуги дочерних обществ непосредственно связаны с реализацией экспортируемой нефти. Следовательно, при реализации услуг по транспортировке нефти дочерние общества дополнительно к цене обязаны предъявить к уплате покупателю сумму НДС, выставив счет-фактуру с указанием нулевой ставки.
Постановление ФАС Московского округа от 26.09.2011 по делу N А40-46357/08-143-177
Суд указал, что при транспортировке газа на экспорт дочерние организации обязаны выставлять счета-фактуры с нулевой ставкой НДС.