Различают первичные (врожденные) иимунодефициты, как правило, имеющие наследственную природу и вторичные (приобретенные), вызванные различными воздействиями (вирусные и бактериальные инфекции, опухоли, иммуносупрессивная терапия, нарушение питания, действие ионизирующих излучений и пр.). Четкую границу между ними провести трудно, поскольку восприимчивость к действию иммунодепрессивных факторов и, следовательно, к развитию вторичных иммунодефицитов, может быть также обусловлена генетически.
Основой первичных (наследственных) иммунодефицитов являются хромосомные перестройки, либо мутации генов, детерминирующих иммунологически значимые факторы или ответственных за формирование органов иммунной системы в онтогенезе. Теоретически иммунодефицит должен считаться первичным, если установлены локализация генетического дефекта и тип его наследования, причем дефектный ген характеризуется высокой пенетрантностью (т.е. проявляемостью) в форме иммунодефицитного состояния, дополнительным, хотя и не обязательным, условием является ранняя экспрессия генетического дефекта. В реальности эти условия выполняются не всегда. Во-первых, локализация генетических поломок пока установлена далеко не для всех случаев иммунодефицитов, наследственная природа которых не вызывает сомнений. Во-вторых, известны отдельные примеры, когда при таких заболеваниях не удается установить характер наследования (синдром ди Джорджи - недоразвитие тимуса). Следствием неполной изученности генетических основ этих заболеваний является недостаточно четкое разделение их на конкретные синдромы; часть известных нозологических форм фактически представляет собой группы заболеваний (например, общий вариабельный иммунодефицит).
Безусловно, вторичные иммунодефициты составляют подавляющее число иммунодефицитных состояний, в то время как первичные иммунодефициты это редкие заболевания: их суммарная частота составляет 1:1 000 000, или 3 случая на 1000 клинически больных. Эти заболевания встречаются почти исключительно в детском возрасте, поскольку значительное число больных не доживает до 20 лет, а у остальных дефекты в определенной степени компенсируются или трактуются в контексте обычной инфекционной или соматической патологии. В последнее десятилетие благодаря успехам лечения (в первую очередь антибиотикотерапии) этот верхний возрастной порог оказался размытым, и есть надежда, что благодаря генотерапии продолжительность жизни больных существенно увеличится.