В начале января 49 г. до н. э. Цезарь перешел р. Рубикон(По преданию, переходя через Рубикон, Цезарь сказал: «Жребий брошен». Название Рубикона вошло в поговорку для обозначения важного бесповоротного решения.) и стремительным броском овладел Северной Италией. Помпеи и его сторонники бежали из Рима, даже не успев захватить государственную казну. Значительная часть войск Помпея капитулировала под Корфинием, сам Помпеи с пятью легионами отступил в Брундизий, откуда затем эвакуировался в Грецию. В июле — августе 49 г. Цезарь двинулся в Испанию, где стояли семь легионов Помпея, и заставил их сдаться. В следующем, 48 г. Цезарь переправился в Грецию. После длительных военных действий и неудачного боя под Диррахием он разгромил Помпея в решающей битве при Фарсале (в Фессалии). Помпеи бежал в Египет, но власти Египта даже не дали ему высадиться; он был убит в лодке, когда плыл к берегу.
Преследуя Помпея, Цезарь с небольшим отрядом прибыл в Александрию, где вмешался в династическую борьбу между молодым царем Птолемеем XII и его сестрой Клеопатрой. После опасной и затяжной войны Цезарь одержал победу над Птолемеем и посадил на престол Клеопатру.
За время отсутствия Цезаря положение изменилось не в его пользу. Помпеянцы собрали большие силы в Африке, где их поддержал царь Нумидии Юба. Сын Митридата Фарнак, воспользовавшись гражданской войной в Риме, стал захватывать утраченные ранее области. Против него двинулся Цезарь. В августе 47 г. до н. э. Фарнак был разбит. Вскоре после этого Цезарю удалось прекратить волнения в Риме. В конце 47 г. он переправился в Африку, а 6 августа 46 г. армия помпеянпев была уничтожена в битве при Тапсе. В Африке погибли все лидеры антицезарианской партии, в том числе Катон Младший и Юба. В 45 г. состоялось последнее сражение этой войны: при Мунде, в Испании, были разгромлены сыновья Помпея; старший из них, Гней, пал в бою, младшему, Сексту, удалось бежать.
Еще в ноябре 49 г. Цезарь получил диктатуру, которую вскоре с себя снял; в 48 г., после битвы при Фарсале, он снова стал диктатором. После битвы при Тапсе он был назначен диктатором на десять лет, а с 45 г.— пожизненно. Кроме этого, Цезарь имел некоторые трибунские полномочия и жреческое звание великого понтифика, что делало его религиозным главой Рима. Как и в случае с Суллой, власть Цезаря была оформлена в рамках республиканской конституции. Наряду с диктатором продолжали существовать комиции, магистраты и сенат. Состав сената был увеличено до 900 человек, число квесторов достигло 40. Но Цезарь получил право рекомендации кандидатов при выборах должностных лиц что существенно ограничило политическую роль комиции. В отличие от Суллы Цезарь не проводил репрессий. Его лозунгом был бескровный гражданский мир, многие помпеянцы были амнистированы. Свыше 80 тыс. ветеранов получили землю. С этой целью проводился вывод колоний за пределы Италии, в частности заново был основан Карфаген как римский город.
Цезарь изменил политику в отношении провинций. Была почти ликвидирована откупная система; в провинциях происходит разделение гражданской и военной власти. Цезарь был первым, кто начал широко распространять права гражданства на провинциалов. Полные права гражданства получили северная часть Цизальпинской — Транспаданская Галлия и некоторые испанские города. Велось грандиозное строительство. Чрезвычайно важной была проведенная Цезарем реформа календаря. В своей внешней и внутренней политике Цезарь наметил те тенденции, которые получили свое развитие в период империи. Незадолго до смерти он начал подготовку к грандиозному походу на Парфию, который должен был стать реваншем за Карры.
Монархический курс Цезаря вызвал недовольство среди некоторой части его окружения. В 44 г. был организован заговор, во главе которого встали бывшие помпеянцы Марк Юний Брут и Гай Кассий Лонгин. 15 марта 44 г. до н. э. Цезарь был убит в сенате.
