Этот момент показался чрезвычайно благоприятным для авантюристов, которые не оставили замыслов изменить ситуацию на Северном Кавказе. Окопавшийся в Чечне террористический интернационал приступил к реализации планов захвата новых территорий. В 1998 г. в Чечне был создан «Конгресс народов Ичкерии и Дагестана», провозгласивший своей целью создание «Исламского халифата на Кавказе». Резко активизировались нападения на граничащие с территорией Чечни республики и края России.
2 марта 1999 г. в районе хутора Дыдукин Ставропольского края с чеченской стороны был обстрелян милицейский пост. Один человек был ранен. В тот же день чеченские боевики совершили два теракта в поселках Виноградное и Бурунный. Два милиционера получили тяжелые ранения.
5 марта в аэропорту Грозного из самолета Ту-154 был похищен специальный представитель МВД России, генерал-майор милиции Г. Шпигун, который позднее был убит.
19 марта произошел крупный теракт во Владикавказе — взрыв на городском рынке. Погибли 64 человека, более 100 получили ранения.
6 апреля в Курском районе Ставропольского края с территории Чечни был обстрелян мобильный отряд милиции. В результате теракта погибли два сотрудника милиции, один был ранен.
25 апреля в районе административной границы Ингушетии и Чечни была обстреляна мобильная группа МВД Ингушетии. В результате теракта погибли три человека.
17 мая в городе Каспийске в Дагестане был предотвращен крупный теракт. Патруль обнаружил рядом с базой пограничников, у газопровода, два радиоуправляемых взрывных устройства.
19 мая 1999 г. в ходе встречи с директором ФСБ, секретарем Совета безопасности РФ В.В. Путиным Президент Б.Н. Ельцин подписал указ «О дополнительных мерах по борьбе с терроризмом в Северокавказском регионе РФ». Согласно указу, создавалась временная оперативная группировка численностью более 17 тыс. человек, из них на границе с Чечней — около 10 тыс. человек внутренних войск, а на случай резкого осложнения обстановки предусмотрено наращивание группировки воинскими частями Министерства обороны и подразделениями Федеральной пограничной службы численностью более 7 тыс. человек.
3 июля 1999 г. Совет Федерации обсудил вопрос о положении в прилегающих к Чечне регионах. Основной докладчик — министр внутренних дел В. Рушайло сообщил о готовности наносить превентивные удары по боевикам. Пресс-секретарь А. Масхадова заявил, что на каждый удар чеченцы ответят десятью взрывами в России.
3—5 июля 1999 г. чеченские боевики пытались атаковать заставы внутренних войск, расположенные у Копаевского гидроузла в пригороде Кизляра в Дагестане. В ответ применялось не только стрелковое оружие, но и минометы. Боевики ушли на территорию Чечни. В районе границы по скоплению боевиков численностью 150—200 человек был нанесен удар с помощью вертолетов.
2 августа 1999 г. произошел бой между сотрудниками МВД Дагестана и боевиками на Гигатлинском перевале (близ селения Гигатль Цумадинского района). 3 августа 1999 г. произошло боевое столкновение на перевале недалеко от селения Агвали Цумадинского района.
7 августа 1999 г. началось вторжение на территорию Дагестана (Ботлихского и Цумадинского районов) отрядов под командованием Ш. Басаева и Э. аль-Хаттаба. Командиры и идеологи террористов объявили о создании независимого государства Дагестан (в составе Ботлихского и Цумадинского районов). Целью агрессии было объявлено создание «шариатского государства от моря до моря».
Премьер-министр С.В. Степашин заявил: «Пожалуй, мы действительно можем потерять Дагестан».
9 августа Ельцин отправил в отставку правительство Степашина. Исполняющим обязанности премьера был назначен В.В. Путин. В обращении по телевидению Ельцин назвал его своим преемником на посту Президента.
10 августа 1999 г. Путин после встречи с Президентом сообщил, что федеральным правительством «подготовлен комплекс мер по поддержанию порядка и дисциплины в Дагестане». По его словам, период нормализации обстановки должен продлиться 1,5—2 недели.
С 10 по 26 августа на территории Дагестана велись боевые действия против террористов, которых удалось разбить и вытеснить обратно в Чечню.
Народ Дагестана выступил против вторжения — срочно сформировалось 20-тысячное народное ополчение, которое вместе с частями федеральных сил участвовало в отражении нападения на свою республику.
Вот что говорил тогда народный поэт Дагестана Р. Гамзатов: «Лидеры вторгшихся к нам захватчиков заявили, что они хотят освободить нас от русских, но, по-моему, они пришли освободить Дагестан от дагестанцев. И как можно говорить о ценностях ислама, придя в чужой дом с оружием в руках, да еще с бандой интернациональных террористов?...Те, кто пришел на нашу землю якобы установить ислам, не имеют с верой ничего общего. Иначе как объяснить то, что происходит сегодня в Чечне, неужели все сегодня там живут по законам шариата? Повсеместный захват людей в заложники, зверские убийства представителей международных благотворительных миссий, террористические школы, где учат только убивать, — это разве достижения ислама?»
Не смирившись с поражением, террористы перешли к войне против мирного населения. 4 сентября 1999 г. был взорван жилой дом в дагестанском городе Буйнакске. 9 сентября в Москве произошел взрыв жилого дома на улице Гурьянова, а 13 сентября взорван дом на Каширском шоссе. 16 сентября
1999 г. террористы взорвали жилой дом в Волгодонске Ростовской области. 17 сентября премьер-министр В.В. Путин назвал заключенные в Хасавюрте мирные соглашения ошибкой. 23 сентября Ельцин подписал указ о начале боевых действий в Чечне.
К 18 октября 1999 г. федеральные войска окружили Грозный. Мирным жителям был предоставлен коридор для того, чтобы покинуть город.
7 февраля 2000 г. Грозный был взят, но боевые действия на территории Чечни еще продолжались. 20 марта 2000 г. В.В. Путин прилетел в Грозный на истребителе. Это было знаковое событие для жителей республики, означающее, что фактически бандитское сопротивление в Чечне было подавлено. Начался длительный процесс восстановления нормальной жизни в республике. 12 июня 2000 г. главой временной администрации Чечни был назначен А. Кадыров. Это был первый шаг по передаче власти в республике местным жителям и возвращению населения к мирной жизни.