Организация и деятельность таможенных органов основывается на Конституции Республики Казахстан и Таможенном кодексе от 5 апреля 2003 года № 401 -II, а также на международных договорах, ратифицированных Республикой Казахстан и ином законодательстве, регулирующем осуществление таможенного дела.
Деятельность таможенных органов строится на принципах:
1. законности;
2. обеспечения права на защиту и равенства перед законом, уважения и соблюдения прав участников внешнеэкономической и иной деятельности в сфере таможенного дела;
3. гласности.
4. Таможенные органы в соответствии со ст. 17 Таможенного кодекса составляют единую централизованную систему, в которую входят:
5. уполномоченный орган по вопросам таможенного дела;
6. территориальные подразделения уполномоченного органа по вопросам таможенного дела по областям (городам республиканского значения, столице) (далее — территориальные подразделения уполномоченного органа по вопросам таможенного дела);
7. таможни;
8. таможенные посты;
9. контрольно-пропускные пункты на таможенной границе Республики Казахстан;
10. специализированные таможенные учреждения.
В систему таможенных органов входят также таможенные лаборатории, кинологические, учебные, вычислительные центры и другие специализированные таможенные учреждения, созданные для решения задач в сфере таможенного дела.
Таможенная система — это собирательное понятие, которое подразумевает не только государственные и иные структуры, обеспечиваюшие реализацию таможенной политики, но и практические формы их деятельности.
Указом Президента Республики Казахстан от 28 августа 2002 года № 931 было образовано Агентство таможенного контроля Республики Казахстан. Впоследствии в соответствии с Указом Президента Республики Казахстан от 29 сентября 2004 года № 1449 «О мерах по дальнейшему совершенствованию системы государственного управления Республики Казахстан» Постановлением Правительства Республики Казахстан от 29 октября 2004 года № 1133 на основе Агентства образован Комитет таможенного контроля Министерства финансов Республики Казахстан
Комитет таможенного контроля является ведомством Министерства финансов Республики Казахстан, осуществляющим в пределах своей компетенции реализационные и контрольно- надзорные функции в сфере таможенного дела в Республике Казахстан.
Основные задачи Комитета:
1. обеспечение в пределах своей компетенции суверенитета, национальной и экономической безопасности Республики Казахстан, а также мер по защите жизни и здоровья человека, охране окружающей среды;
2. обеспечение соблюдения таможенного и иного законодательства Республики Казахстан, контроль за исполнением которого возложен на таможенные органы Республики Казахстан;
3. обеспечение реализации таможенной политики;
4. осуществление таможенного оформления и таможенного контроля товаров и транспортных средств, перемещаемых через таможенную границу Республики Казахстан;
5. обеспечение выполнения международных обязательств Республики Казахстан, а также осуществление в пределах своей компетенции сотрудничества с таможенными и иными компетентными органами иностранных государств, международными организациями по вопросам таможенного дела;
6. осуществление международного сотрудничества;
7. защита прав и интересов участников внешнеэкономической и иной деятельности в сфере таможенного дела.
Комитет таможенного контроля возглавляет председатель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Правительством Республики Казахстан. Председатель Комитета имеет заместителя (заместителей), назначаемых на должности и освобождаемых от должностей Правительством Республики Казахстан по представлению председателя. Председатель организует и руководит работой Комитета, несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Комитет задач и осуществление им своих функций. В этих целях он издает приказы и дает указания, обязательные к исполнению таможенными органами и осуществляет иные полномочия в соответствии с законодательством Республики Казахстан.
В деятельности Комитета существенное место занимает международное сотрудничество. Казахстан первым из стран постсоветского пространства был избран в Политическую комиссию Всемирной таможенной организации, являющуюся ключевым органом этой организации, в которую входят руководители таможенных служб 23 государств из 170 ее членов.
Комитет имеет территориальные органы, являющиеся юридическими лицами, к которым относятся: Департаменты таможенного контроля по областям, городам Астане и Алматы, таможни, Кинологический центр и Центральная таможенная лаборатория.
Центральная таможенная лаборатория является основным экспертным и исследовательским учреждением, занимающимся проведением таможенных экспертиз разного профиля, в частности, определяет страну происхождения товаров, таможенную стоимость, классификацию товаров по номенклатуре внешней экономической деятельности.
Таможенные органы обязаны:
1. соблюдать законные права участников внешнеэкономической и иной деятельности в сфере таможенного дела и защищать интересы государства;
2. рассматривать жалобы на решения, действия (бездействие) нижестоящего таможенного органа и должностных лиц таможенного органа;
3. содействовать в пределах своих полномочий развитию внешней торговли и экономики Республики Казахстан, способствовать ускорению товарооборота через таможенную границу Республики Казахстан;
4. осуществлять таможенный контроль за перемещением через таможенную границу Республики Казахстан товаров и транспортных средств;
5. производить дознание по делам о преступлениях в сфере таможенного дела в порядке, предусмотренном уголовно- процессуальным уголовно-процессуальным законодательством Республики Казахстан;
6. рассматривать дела об административных правонарушениях в сфере таможенного дела и налагать административные взыскания в порядке, предусмотренном законодательством Республики Казахстан об административных правонарушениях;
7. оказывать в пределах своих полномочий участникам внешнеэкономической и иной деятельности содействие в реализации их прав;
8. обеспечивать полноту взимания и своевременность перечисления в бюджет таможенных платежей и налогов;
9. взыскивать суммы таможенных платежей и налогов, не уплаченных в установленные сроки в бюджет, а также пеню по ним;
10. принимать решения о выдаче лицензий, решений, разрешений, квалификационных аттестатов на осуществление деятельности в сфере таможенного дела в сроки, установленные законодательством Республики Казахстан;
11. осуществлять ведение таможенной статистики внешней торговли и специальной таможенной статистики Республики Казахстан;
12. обеспечивать сохранность товаров и транспортных средств, обращенных в собственность государства;
13. обеспечивать в пределах своей компетенции охрану таможенной границы Республики Казахстан и контроль за соблюдением режима зоны таможенного контроля;
14. обеспечивать безопасность деятельности таможенных органов, защиту должностных лиц таможенных органов и членов их семей от противоправных действий в соответствии с законодательством Республики Казахстан;
15. проводить работу по предупреждению, выявлению и пресечению правонарушений со стороны должностных лиц таможенных органов в пределах своей компетенции;
16. осуществлять сбор и анализ информации о совершении правонарушений в сфере таможенного дела;
17. исполнять в пределах своей компетенции судебные акты, письменные поручения прокуроров, а также других лиц правоохранительных органов, оказывать им содействие в производстве отдельных процессуальных действий;
18. осуществлять во взаимодействии с органами национальной безопасности и другими соответствующими государственными органами меры по обеспечению защиты Государственной границы Республики Казахстан;
19. оказывать содействие органам налоговой службы и другим государственным органам в выявлении, предупреждении и пресечении правонарушений в области налогового, валютного и иного законодательства Республики Казахстан и т.д.
Таможенные органы осуществляют свои функции самостоятельно и во взаимодействии с другими государственными органами в порядке, определяемом законодательными актами Республики Казахстан, а также на основании совместимых актов соответствующих государственных органов или по согласованию с указанными органами. Наиболее активное систематическое взаимодействие таможенные органы осуществляют с пограничными органами КНБ и МВД. Таможенные органы обеспечивают координацию действий, связанных с перемещением товаров и транспортных средств через таможенную границу Республики Казахстан.
В целях совершенствования таможенного дела в Республике Казахстан и внедрения эффективных методов таможенного администрирования таможенные органы взаимодействуют с участниками внешнеэкономической и иной деятельности, общественными объединениями и иными заинтересованными лицами в сфере таможенного дела.
Таможенные органы при осуществлении своих функций сотрудничают с таможенными и иными органами иностранных государств и международными организациями в соответствии с международными договорами Республики Казахстан.