Единую систему органов прокуратуры Республики Казахстан образуют Генеральная прокуратура, прокуратуры областей, прокуратуры городов республиканского значения и столицы республики, межрайонные, районные, городские и приравненные к ним военные и другие специализированные прокуратуры.
Генеральную прокуратуру Республики Казахстан возглавляет Генеральный прокурор республики, который назначается на должность Президентом республики с согласия Сената Парламента сроком на пять лет.
Существенной новеллой в деятельности органов прокуратуры является образование Комитета по правовой статистике и специальным учетам Генеральной прокуратуры Республики Казахстан. Ранее сведения о преступности, об административных правонарушениях в обобщенном виде имелись только в Информационном центре МВД Республики, в Центре криминальной информации Государственного следственного комитета Республики, в Министерстве юстиции в объеме рассмотрения дел судами. Показатели эффективности работы ранее формировались этими же органами, что приводило к тотальной распространенности нарушений учетно-регистрационной дисциплины, фактической трансформации их в повседневную практику правоохранной деятельности, препятствующую адекватной оценке криминогенной ситуации.
В связи с этим Указом Президента Республики от 22 апреля 1997 г. «О мерах по дальнейшему реформированию системы правоохранительных органов Республики Казахстан» на базе статистических служб Министерства внутренних дел и бывшего Государственного следственного комитета был учрежден Центр правовой статистики и информации. А впоследствии Указом Президента Республики Казахстан от 28 марта 2003 г. за № 1050 на базе Центра правовой статистики и информации при Генеральной прокуратуре с передачей его функций и полномочий образовано государственное учреждение — Комитет по правовой статистике и специальным учетам Генеральной прокуратуры Республики Казахстан.
Комитет является ведомством, осуществляющим в пределах компетенции Генеральной прокуратуры Республики Казахстан функции и полномочия государственного органа по формированию правовой статистики и ведению специальных учетов, а также надзор в этой сфере. Структура информационных фондов Комитета включает в себя такие виды специальных учетов, объединенных в единый информационный комплекс, как пофамильный и дактилоскопический учеты лиц, совершивших преступления, розыскные учеты субъектов коррупционных правонарушений, лиц, совершивших умышленные административные правонарушения. Кроме того, Комитетом ведется работа по идентификации личности преступников, неопознанных трупов, без вести пропавших лиц, что значительно повышает эффективность оперативно-розыскной и следственной работы правоохранительных органов.
Военная прокуратура в период советского режима входила в единую и централизованную систему органов прокуратуры и была основным правоохранительным органом в Вооруженных Силах СССР. Военная прокуратура, будучи основным правоохранительным органом в системе органов военной юстиции Казахстана, с 1992 года осуществляет высший надзор за законностью в Вооруженных Силах, других войсках и воинских формированиях Республики Казахстан и действует от имени государства, в интересах обеспечения верховенства закона, укрепления законности и правопорядка.
В настоящее время систему органов военной прокуратуры составляют Главная военная прокуратура, военные прокуратуры округов, гарнизонов и войск. Главную военную прокуратуру возглавляет Главный военный прокурор, который назначается Президентом Республики Казахстан по представлению Генерального Прокурора и по должности является заместителем Генерального Прокурора Республики Казахстан.
Транспортные прокуратуры на правах областных были созданы 9 1980 году по количеству в то время железных дорог: Алматинская, Целинная, Западно-Казахстанская, которые впоследствии переименованы соответственно в Юго-Восточную, Центральную и Западную региональные транспортные прокуратуры, которые также осуществляют надзор на водном, воздушном и трубопроводном транспорте.
Основными задачами надзора на транспорте считаются:
1. защита интересов государства и национальной безопасности, в т. ч. исключение фактов терроризма, провоза наркотических средств, незаконной миграции и т.д.;
2. безопасность на железнодорожном, водном, воздушном, трубопроводном транспорте и объектах транспортной инфраструктуры;
3. экологическая защищенность природной среды от деятельности всех видов транспорта, в особенности при перевозке опасных, разрядных и других видов груза;
4. сохранность перевозимых стратегически важных грузов (зерно, нефть, нефтепродукты, военное оборудование и т.д.);
5. защита прав пассажиров и других потребителей транспортных услуг.
К иным специализированным прокуратурам относятся:
1. природоохранные (Атырауская, Акмолинская, Алматинская, Восточно-Казахстанская, Карагандинская, Кызылординская, Мангыстауская, Уральская);
2. прокуратуры по надзору за законностью в исправительных учреждениях (Алматинская, Акмолинская, Восточно- Казахстанская, Карагандинская);
3. прокуратуры, осуществляющие надзор на объектах особой важности и особо режимных объектах (г. Байконур Кы- зылординской области, г. Курчатов Восточно-Казахстанской области, г. Приозерск Карагандинской области, п. Таукент Южно- Казахстанской области). Все эти прокуратуры обладают статусом районной прокуратуры и действуют в пределах своей компетенции.
Специализированные прокуратуры не подменяют территориальные, а дополняют их деятельность, обеспечивают законность по основным направлениям прокурорского надзора во взаимодействии с ними.
Успешное выполнение органами прокуратуры возложенных на них задач, дальнейшее совершенствование их деятельности невозможно без улучшения работы с кадрами, без воспитания у сотрудников прокуратуры чувства высокой государственной ответственности за порученное дело. Прокурор, в какой бы отрасли не осуществлял свою деятельность, общается с большим числом самых разных людей и принимает ответственные решения. В связи с этим сотрудники прокуратуры должны обладать определенными нравственными достоинствами: верность слову, честность, неподкупность, скромность и нетерпимость к любым отклонениям от общепринятой морали. Они должны быть способными противостоять воздействиям на них заинтересованных лиц и уметь оперативно принимать законные решения в неблагоприятной обстановке. Ответственное положение прокуроров в обществе обусловливает повышенные требования к нему не только при исполнении им служебных обязанностей. На должности прокуроров областей и приравненных прокуроров районных, городских и приравненных к ним прокуроров назначаются лица не моложе 25 лет, имеющие стаж работы в органах прокуратуры не менее трех лет.
Сотрудникам органов прокуратуры в соответствии с занимаемой должностью, квалификацией и стажем специальной службы присваиваются классные чины или воинские звания.