В 2000 г. начала проводиться налоговая реформа, нацеленная на стимулирование развития российской экономики. Основные задачи реформы заключались в снижении налоговой нагрузки на предприятия, усилении значения добывающих отраслей как источника налоговых поступлений, а также в упрощении налогообложения малого бизнеса. В отношении населения была введена «плоская» шкала по налогу на доходы физических лиц - ставка налога для граждан с любыми доходами была установлена в размере 13%.
Бюджет в результате реформы существенно пополнился налогами с доходов, «вышедших из тени». Единый социальный налог (ЕСН) заменил страховые взносы во внебюджетные фонды. В 2002 г. была снижена ставка налога на прибыль предприятий до 24% (в 2001 г. она могла доходить до 35%). Налог на добычу полезных ископаемых стал зависеть от цен на сырье на мировом рынке, что также значительно пополнило бюджет России. В сфере мало го бизнеса наметились изменения, в частности снизились ставки налогов для предпринимателей, применяющих упрощенную систему налогообложения. На федеральном уровне был утвержден список предпринимателей, имеющих право платить единый налог на вмененный доход.
В 2001-2004 гг. осуществлялась судебная реформа. В России был введен институт мировых судей, реально заработал (хотя и не во всех регионах) суд присяжных, был введен институт судебных приставов, изменился сам статус судей, существенно сокративший возможности для злоупотреблений, а также усиливший независимость судебного корпуса. Одновременно была проведена реформа процессуального законодательства. Государственной Думой в течение 2001-2002 гг. были приняты Гражданско-процессуальный кодекс (ГПК), Уголовно процессуальный кодекс (УПК) и Арбитражно-процессуальный кодекс (АПК). Подсудимые, обвиняемые, пострадавшие и свидетели получили дополнительные права в уголовном процессе.
Были также приняты Кодекс об административных правонарушениях, Трудовой, Земельный, Таможенный и Жилищный кодексы, третья часть Гражданского кодекса.
Первые же действия В. В. Путина на посту премьер-министра, а затем исполняющего обязанности Президента вызвали недовольство ряда олигархов. 28 февраля 2000 г. на встрече с доверенными лицами Путин объявил, что не потерпит вмешательства бизнеса в принятие государственных решений и тем более не потерпит попыток приватизации бизнесом властных полномочий. Несмотря на то что на этой же встрече будущий Президент заверил, что пересмотра итогов приватизации не будет, именно слова о равноудаленности крупных бизнесменов от власти стали основой для последовавшего вскоре конфликта между государством и олигархами.
Значительная часть олигархов смирилась с этим положением дел. Однако медиамагнаты В. А. Гусинский и Б. А. Березовский были не готовы отказаться от рычагов давления на власть.
«Дело ЮКОСа» окончательно похоронило надежды олигархов на восстановление своего контроля над Российским государством.
После завершения в 2000 г. активной фазы боевых действий и назначения в июне 2000 г. муфтия Чечни А. Кадырова главой временной администрации сопротивление боевиков перешло в фазу террористической войны.
В конце 2004 г. ситуация в Чеченской Республике существенно изменилась. Утратившие лидеров и лишившиеся финансовой поддержки боевики перестали представлять организованную силу. Началось восстановление экономики Чечни, обустройство мирной жизни.
На фоне непростых процессов стабилизации в Российской Федерации в декабре 2003 г. прошли парламентские выборы. Больше всего голосов получила партия «Единая Россия». Либеральные партии «Яблоко» и СПС не преодолели 5 процентный барьер, и их представители не попали в Государственную Думу. Большинство депутатов одномандатников вошли во фракцию «Единая Россия», получившую в результате этого конституционное парламентское большинство.
24 декабря 2003 г. съезд партии «Единая Россия» принял решение о поддержке кандидатуры В. В. Путина на выборах Президента Российской Федерации. 14 марта 2004 г. состоялись президентские выборы, в результате которых В. В. Путин был избран на второй срок.
