Плата за природные ресурсы подразделяется на два основных вида — плату за пользование природными ресурсами и плату за воспроизводство и охрану окружающей природной среды.
Первый из названных видов платежей по своей юридической природе представляет собой ренту — через нее реализуется право собственника на получение определенной части прибыли, полученной хозяйствующими субъектами в ходе эксплуатации природного объекта, за предоставление этого объекта в пользование. Плата за пользование природными ресурсами может взиматься в виде налогов (например, земельный налог), арендной платы и в иных формах, предусмотренных законодательством. Полученные суммы поступают в бюджеты различных уровней.
Платежи за охрану и воспроизводство природных ресурсов призваны компенсировать обществу затраты на восстановление и сохранение земель, лесов, водных и биологических ресурсов, воспроизводство минерально-сырьевой базы. В основе размеров платежей за охрану воспроизводимых природных ресурсов лежат затраты на рекультивацию нарушенных земель, на посадку лесных культур и уход за ними, на искусственное разведение рыбной молоди, очистку и берегоукрепление водоемов. Под воспроизводством невозобновимых ресурсов (минерально-сырьевых) понимаются поиск и геологическая разведка новых месторождений полезных ископаемых. Эти платежи поступают в специальные целевые внебюджетные фонды, из которых направляются на проведение соответствующих мероприятий.
Ниже приводится действующая в настоящее время система платежей за пользование конкретными природными ресурсами.
Плата за пользование землей взимается в форме земельного налога и арендной платы. Земельный налог взимается с собственников, пользователей и владельцев земельных участков по ставкам, определенным в законе, и направляется в местные бюджеты с последующим распределением в бюджет субъектов Российской Федерации и федеральный бюджет. Арендная плата соответственно платится арендаторами, ее размер определяется соглашением сторон. Земельный налог и арендная плата учитываются в доходах и расходах соответствующих бюджетов отдельной строкой и используются на финансирование мероприятий по землеустройству, ведению земельного кадастра, мониторинга, охране земель и повышению их плодородия, освоение новых земель, а также на инженерное и социальное обустройство территории.
В соответствии с Лесным кодексом Российской Федерации система платежей за лесные ресурсы складывается из арендной платы и лесных податей. Арендная плата взимается при долгосрочном (на срок от 1 до 49 лет) пользовании лесным фондом на основании договоров аренды участков лесного фонда, а лесные подати при краткосрочном пользовании (на срок до 1 года). Ставки лесных податей утверждаются органами государственной власти субъектов Российской Федерации. Часть полученных сумм в размере минимальных ставок платы за древесину, отпускаемую на корню, распределяется между федеральным бюджетом и бюджетами субъектов Российской Федерации в следующих пропорциях: 40% поступает в федеральный бюджет, 60% - в бюджеты субъектов Российской Федерации. Оставшаяся часть направляется лесхозам, приравнивается к бюджетным средствам и используется для нужд лесного хозяйства.
Система платежей за пользование животным миром включает в себя плату за пользование животным миром и штрафы за сверхлимитное и нерациональное пользование животным миром. Плата за пользование животным миром поступает в федеральный бюджет — 40% и в бюджеты субъектов Российской Федерации — 60%; штрафы — полностью в бюджеты субъектов Российской Федерации. Полученные средства используются на реализацию соответствующих федеральных и территориальных программ, мероприятия по комплексному использованию, охране и воспроизводству объектов животного мира.
При пользовании недрами с недропользователей взимаются: платежи за пользование недрами, отчисления на воспроизводство минерально-сырьевой базы, акцизы. Платежи за пользование недрами взимаются за поиски, разведку месторождений полезных ископаемых, за их добычу и пользование недрами в иных целях. Размеры платежей за проведение поисковых и разведочных работ определяются в зависимости от экономико-географических условий, размера участка недр, вида полезного ископаемого, продолжительности работ, степени геологической изученности территории и степени риска. Эти платежи взимаются в форме регулярных взносов и определяются как доля от договорной (сметной) стоимости указанных работ. Размеры платежей за добычу полезных ископаемых определяются как доля от стоимости добытых полезных ископаемых. Окончательные размеры платежей за пользование недрами определяются в ходе конкурса или аукциона. Распределяются платежи за пользование недрами между бюджетами различных уровней.Пользователи недр, осуществляющие добычу всех видов полезных ископаемых, разведанных за счет государственных средств, производят отчисления на воспроизводство минерально-сырьевой базы.
Акцизы взимаются в настоящее время за нефть, газ и газовый конденсат и поступают в федеральный бюджет.
Взимание платежей за пользование водными объектами регулируется Водным кодексом РФ. В соответствии с этими регламентирующими документами водопользователи выплачивают два вида платежей: плату за пользование водными объектами (водный налог) и плату на восстановление и охрану водных объектов. Размеры ставок платежей зависят от цели водопользования, бассейнов рек, озер, морей, экономического района, категории плательщиков, состояния водных объектов и местных условий водообеспечения населения.
Базовые нормативные платы за загрязнение окружающей среды. Платежи за загрязнение окружающей природной среды были введены Федеральным законом «Об охране окружающей среды». Эти платежи призваны выполнять три функции: 1) компенсационную — посредством уплаты этих платежей хозяйствующие субъекты компенсируют как правомерный, так и неправомерный вред, причиняемый природной среде в процессе своей деятельности; 2) стимулирующую — платежи способствуют снижению объемов загрязнения; 3) экономическую — эти платежи являются основным и постоянным источником поступления денежных средств, необходимых для финансирования мероприятий по охране и восстановлению природных ресурсов. Платежи взимаются за следующие виды вредного воздействия: а) за сбросы загрязненных сточных вод в водные объекты; б) за выбросы загрязняющих веществ в атмосферный воздух; в) за размещение твердых отходов на соответствующих полигонах. Размер платы рассчитывается в зависимости от объема загрязнения. На основе этого можно выделить: а) плату за загрязнение в пределах, не превышающих нормативы предельно допустимых выбросов, сбросов, размещения отходов; б) плату за загрязнение в пределах установленных лимитов (временно согласованных нормативов); в) плату за сверхлимитное загрязнение. В последнем случае размеры платежей увеличиваются в пять раз. Если у природопользователя отсутствует оформленное в установленном порядке разрешение на выбросы (сбросы, размещение отходов), то вся масса загрязняющих веществ рассматривается как сверхлимитная.
Ставки платежей за загрязнение определяются исходя из базовых нормативов ставок платежей, установленных Правительством РФ по каждому виду загрязняющего вещества, и коэффициентов экологической ситуации и значимости, установленных по каждому экономическому региону. Базовые ставки платежей зависят от степени вредности (токсичности) вещества. На основе утвержденных дифференцированных ставок и данных о фактической массе и составе загрязняющих веществ природопользователь рассчитывает сумму платежей и перечисляет 10% — в федеральный бюджет, 90% — в экологические фонды.