Никон, став патриархом, повел дело исправления более систематично, занялся исправлением не только ошибок, руководясь древними греческими списками, но и обрядов. По поводу последних он постоянно советовался с Востоком. Исправление обрядов было уже, по понятиям того времени, вторжением в область веры, т. е. непростительным посягательством. В деле исправления киявляне и Восток стали играть активную, даже первенствующую роль. Исправление стало окончательно делом междуцерковным. Появился и резкий протест.
Еще в 1649 г., до вступления Никона на патриарший престол, приехавший в Москву патриарх Паисий Иерусалимский указал, о чем сказано выше, на некоторые новшества в Русской церкви. Когда он отправился домой, то с ним был отправлен на Восток Арсений Суханов для изучения восточных обрядов и для сбора старинных церковных книг. В 1651 г. был в Москве митрополит Назаретский Гавриил и тоже указал на отступление обрядов Русской церкви от Восточной. То же в 1652 г. сделал и патриарх Константинопольский Афанасий. Тогда же (1652 г.) пришло известие с Афона, что там старцы объявили еретическими и сожгли московские печатные книги с двоеперстием. В 1653 г. возвратился Суханов с Востока и в своем отчете, который носит название "Проскинитарий", констатировал разницу обрядов в Москве и на Востоке, хотя сам относился скептически ко всему Востоку. Такая многочисленность указаний о различиях Московской церкви от Восточной показала московской иерархии необходимость проверки церковных обрядов и их исправления, если бы они оказались неправильными.
Ко времени вступления на патриарший престол у Никона созрела мысль о необходимости такой проверки и исправления. Став патриархом и разбирая патриаршую библиотеку, он нашел в ней грамоту об утверждении патриаршества, в коей говорилось о необходимости полного согласия православных церквей и о строжайшем соблюдении догматов. Это побудило его к исследованию, не отступила ли русская церковь от православного греческого закона.
После принятых реформ люди поняли, что толки об исправлениях начинают переходить в дело и, не сочувствуя этому, составили и подали царю челобитную на Никона. В челобитной говорилось не только о новой мере Никона, но и о двоеперстии, о котором тогда еще не было решено; Никон обвинялся в ереси. Очевидно, что московские попы знали о намерениях Никона, о готовящейся реформе и уже заранее протестовали против нее. Челобитная их была безуспешна. Из-за нее, однако, между Никоном и этим кружком начались неудовольствия и произошел окончательный разрыв, который привел к ссылке некоторых членов кружка.
На духовном соборе в 1653 г. разбиралось дело Логгина, судившегося по доносу воеводы Муромского за оскорбление святыни; на соборе протопоп Неронов, вступившийся за Логгина, высказал много горького и дерзкого Никону и за это собором был послан в монастырь на смирение. Аввакум, поссорясь после ссылки Неронова с другими священниками Казанского собора, устроил всенощную в сарае на том основании, как он говорил, что в "некоторое время и конюшня де иные церкви лучше". Он был арестован и осужден вместе с Логгином как за это бесчинство, так и за то, что они подали царю на патриарха жалобу по поводу осуждения Неронова. Аввакум был сослан в Тобольск. Это столкновение Никона с влиятельным кружком московских попов при самом первом шаге задуманных им исправлений показало ему всю невозможность действовать при церковных исправлениях одному. Его личные распоряжения и в будущем могли вызвать такое же противоречие. Необходимо было поэтому созвать собор, который своим авторитетом поддержал бы и узаконил дело исправления. И вот весной 1654 г. патриарх с государем созывают церковный собор; на нем было: 5 митрополитов, 5 архиепископов и епископов, 11 архимандритов и игуменов и 13 протопопов. Собор начался речью Никона, в которой он указал на неисправность наших книг и обрядов и доказывал необходимость их исправления. Собор признал, что исправление необходимо, и постановил, что книги все надо исправить, сверяясь с древними и греческими книгами. Только епископ Павел Коломенский подал особое мнение; против реформ он ничего не имел, но, в частности, был против вновь положенного количества поклонов за молитвой "Господи и Владыко живота моего". Это противоречие собору не прошло Павлу Коломенскому даром: он был скоро Никоном сослан.
Но это самое противоречие показывало, что определение Русского собора может быть некоторыми не признано, что в таком важном деле, как исправление, нужен высший авторитет. Никону стало ясно, что для более успешного действия ему необходимо заручиться авторитетом всей Восточной церкви. Поэтому, начиная приводить в исполнение постановления собора 1654 г., патриарх и царь посылают (1654) в Константинополь свои грамоты, заключающие 26 вопросов по делу исправления, и просят Константинопольского патриарха Паисия ответить на эти вопросы. Паисий созвал собор константинопольского духовенства и "деяния" этого собора, вполне одобряющие планы Никона и постановления Московского собора 1654 г., послал в Москву. Таким образом Греческая церковь официально была привлечена к делу исправления русских книг.
Еще раньше, собирая в Москву древние славянские книги, Никон теперь (1654 г.) вторично посылает Арсения Суханова на Восток собирать древние греческие книги. Благодаря сочувствию и содействию афонских монахов, Суханову удается вывезти с Афона до 500 книг. С таким же сочувствием к Никону отнеслись и патриархи Антиохийский и Александрийский; они со своей стороны присылали древние книги в Москву.
Одновременно с собиранием новых материалов для работ по исправлению книг, во главе исправлений были поставлены новые лица — киевский иеромонах Епифаний Славинецкий, Арсений Сатановский и греки: Дионисий, "святогорец" с Афона, и Арсений-Грек, учившийся в Риме и Венеции. Последнего, когда он был в Малороссии и Греции, греки и южане считали за еретика-католика, а потому, по прибытии в Москву, он был послан на три года в Соловки на испытание. Когда соловецкие монахи признали ею православным, Никон взял его к себе в справщики. Но молва о его еретичестве продолжала ходить по Москве, и его присутствие соблазняло многих приверженцев старины (например, Неронова).
Первая исправленная книга, "Служебник", труд новых справщиков, была наконец выпущена в 1655 г. Эта книга предварительно была прочтена на духовном соборе, нарочно для того созванном, и одобрена присутствовавшими на нем греческими иерархами: патриархом Антиохийским Макарием и автокефальным митрополитом Сербским Гавриилом.
Одновременно с исправлением книг совещались и об исправлении обрядов, для чего созывались соборы, и на соборе 1656 г. впервые занялись вопросом о двоеперстии. Между тем в народе проявлялся ропот на новшества: новых книг местами не хотели принимать, считая их испорченными. Но людей, могущих стать во главе протестующих, пока не было. Только Иван Неронов, который был в ссылке в Спасо-Каменском монастыре, стал как бы центром движения против Никона на севере, где он восстановлял народ на патриарха. Затем ему удалось бежать из ссылки в самую Москву, здесь он долго скрывался от Никона и энергично пропагандировал против него. На соборе 1656 г. Неронов (хотя и не был сыскан) был осужден и предан анафеме вместе с своими единомышленниками. Хотя потом Неронов сам явился к Никону и был Никоном прощен, хотя эта распря окончилась примирением, тем не менее некоторые исследователи (митрополит Макарий) это анафематствование считают за начальный момент раскола.
Так дело шло до оставления Никоном патриаршего престола в 1658 г. Соображая все обстоятельства исправления книг и обрядов и протесты против этих исправлений за время 1653—1658 гг. (с начала их до удаления Никона), мы можем сказать, что, с одной стороны, Никон вполне сознательно приступил к делу исправления и был в нем активным деятелем, но он не решался своей властью делать много и почти на все свои меры требовал санкции соборов, и не только русских, но и восточных. Эта санкция всей католической церкви касательно частных дел Русской церкви придавала делу особую торжественность и сообщала ему характер общецерковного искоренения ересей в Русской церкви. Взгляд на старые русские обрядности как на ереси несомненно существовал в то время и сказался на соборе 1656 г. (против Неронова).
