Посилення феодального, національного, релігійного гніту на Україні призвело до цілої низки козацько-селянських повстань починаючи з кінця XVI ст. Першим таким повстанням було повстання під керівництвом Криштофа Косинського (1591—1593 pp.). Загони повсталих захопили Білу Церкву та Переяслав. Полякам не вдалося в бою розбити Косинського, і вони спочатку підписали з ним перемир'я. Після цього Косинський пішов на Запоріжжя і у травні 1593 р. організував новий похід на Черкаси. Магнат Вишневецький зумів заманити Косинського нібито для переговорів і по-зрадницьки вбив його (замурував у стіну монастиря).
У 1594-1596 pp. спалахнуло нове повстання під керівництвом Северина Наливайка, який був сотником надвірних козаків у князя Острозького. Він ходив у похід на Молдавію та Угорщину, де набув військового досвіду. Наливайко взяв Вінницю, Луцьк, Бар, Кременець, захопив білоруські міста Пінськ, Бобруйськ, Могилів. Але у травні 1596 р. через неузгодженість між військами Наливайка і запорожцями повстанці були розбиті, а їх керівники разом з Наливайком були захоплені в полон і страчені.
До цього ж часу належить і діяльність одного з найвизначніших політичних та військових діячів в історії України Петра Кононовича Сагайдачного (Конашевича-Сагайдачного). Він був родом з Галичини, з м. Самбора, навчався в найкращій тоді на Україні православній школі в м. Острозі. На початку XVII ст. він діяв на Запорізькій Січі, де його обрали обозним, кошовим отаманом, а у 1615-1622 pp. (з невеликими перервами) він — гетьман Війська Запорізького. Швидко Сагайдачний проявив себе як талановитий полководець, прославився походами на турків і татар. У 1615 р. він узяв турецьку фортецю Варну, у 1616 р. — Кафу (Феодосію), де звільнив більше 15 тис. невільників, що зробило його ім'я знаменитим. Йому вдалося також успішно здійснити напади на турецькі порти Сіноп і Трапезунд, підійти до самої столиці Туреччини — Стамбулу і підпалити під самими вікнами султанського палацу дві пристані.
У 1618 р. Сагайдачний на прохання польського королевича Владислава разом з 20 тис. козаків ходив походом на Москву. Ними було завойовано Путивль, Лівни, Єлець, розбито московсь ке військо князя Волконського і взято в облогу Москву. Але остаточно Москви їм узяти не вдалося через великі морози, до того ж Польща замирилась з московським царем.
Сагайдачний боровся за зміцнення православної церкви, до поміг відновити її керівництво на Україні (митрополита у Києві та 5 єпископів). Саме під час урядування Сагайдачного Речі Посполитій уперше довелося укладати з козацтвом як суб'єктом права і політичним інститутом договори (1617 р. — Вільшанський, 1619 р. — Роставицький). Це мало істотне значення для піднесення ролі козацтва в політичному житті, створювало передумови для становлення національної державності України.
П. Сагайдачний з козацьким військом у 40 тис. чол. брав участь у турецько-польській війні, зокрема козаки відіграли вирішальну роль у битві під Хотином у 1621 p., де турецька армія зазнала поразки. Тут Сагайдачний був поранений отруєною стрілою і помер 10 квітня 1622 р.
Польський уряд намагався обмежити зростаючий вплив козацтва, що призвело до нової хвилі повстань:
1625 р. — повстання під керівництвом М. Жмайла. Битва під Крюковим закінчилася внічию. Була підписана Куруківська угода, де реєстр встановлювався в 6 тис. чол., а їх платня — у 60 тис. злотих на рік. Козакам заборонялося нападати на турецькі володіння;
1630 р. — повстання під керівництвом Тараса Федоровича Трясила. 15 травня 1630 р. під Переяславом повсталі розгроми лидобірний загін поляків — Золоту роту («Тарасова ніч»). Нова угода з поляками передбачала реєстр у 8 тис. чол.;
1635 р. — повстання під керівництвом Івана Сулими. Козаки зруйнували фортецю Кодак, яка контролювала підходи до Запоріжжя. Повстання зазнало поразки, Сулиму стратили;
1637 р. — повстання під керівництвом Павлюка (Павла Бута), Повстанці зазнали двох поразок — під Кумейками і Боровицею. Павлюка схопили і стратили. У 1638 р. було проведено так звану Ординацію Війська Запорізького реєстрового, що дуже урізала права реєстровців, зменшила їх кількість до 6 тис. чол. Це викликало нове повстання;
1638 р. — повстання під проводом Я. Острянина. Повстанці зайняли Кременчук, Хорол. Але серед повсталих стався розкол, Острянин покинув військо і з частиною повстанців перейшов кордон Московської держави, оселившись у Чугуєві. Повстання очолив Д. Гуня, але після двомісячної оборони біля гирла річки Сули (оборона при Старці) зазнав поразки і з невеликою частиною козаків відступив на Дон. Таким чином, і це повстання зазнало невдачі, козаки змушені були визнати ординацію.
Селянсько-козацькі повстання мали антифеодальний і національно-визвольний характер, вони свідчили про наростання опору українського народу проти гніту з боку Польщі, підготували ґрунт для Визвольної війни.
Процес відродження українського державотворення в XVI-XVII ст. мав свої етапи та характерні риси. Почався він з утворення козацтва, яке почало виконувати військово-охоронну функцію. Самійло Кішка відновлює козацтво як організовану, офіційно визнану національну військову силу, а Петро Сагайдачний не тільки робить цю силу потужною, а й проголошує спілку козацтва, православної церкви та міщанства із зміцненням власної системи освіти. Михайло Дорошенко зробив легітимним не лише існування козацького війська, але і козацького землеволодіння, закріпивши за козаками певну територію. Йому ж на лежить заслуга в організації городових полків, що мало велике значення як передумова утворення в подальшому української автономії. Таких полків було утворено шість. На цій території було своє козацьке військо, своя адміністрація, хоча і залежна від польської, — управа полків і гетьманів; панувала єдина православна віра, була своя судова і освітня системи, тобто певні початки і підстави автономного краю, що входив у Річ Посполиту.
