О Софье, напротив, нельзя сказать, что у нее отсутствовало властолюбие. Освоившись с положением правительницы и привыкнув к власти, Софья исподволь готовила дворцовый переворот с целью лишить Петра прав на престол. Своему второму фавориту, Федору Шакловитому, руководившему Стрелецким приказом, правительница поручила разведать, как отнесутся стрельцы к ее воцарению. Шакловитый пригласил в скрытую от посторонних глаз загородную резиденцию верных стрелецких командиров и без дальних разговоров предложил им написать челобитную с просьбой, чтобы Софья венчалась на царство.
Большинству стрелецких начальников предложение Шакловитого повторить события весны и лета 1682 года показалось рискованным. Они отклонили предложение, сославшись на неумение писать челобитные. "За челобитной не станет, мочно челобитную написать", - уговаривал Шакловитый и тут же вынул готовую челобитную, составленную якобы от имени всего населения столицы, не одних только стрельцов. А если Петр не согласится принять такую челобитную? "Если не послушает, - отвечал Шакловитый, - схватите боярина Льва Кирилловича Нарышкина и Бориса Алексеевича Голицына, тогда примет челобитье". Горячей голове Шакловитого представлялось, что осуществление плана отстранения Петра от власти не встретят сопротивления. "А патриарх и бояре?" - спрашивали дотошные начальники. "Мочно патриарха переменить, а бояре - отпадшее, зяблое дерево", - успокаивал Шакловитый.
Привлечь стрелецких начальников к заговору Шакловитому не удалось: поговорив, они на том и разошлись. Осуществление переворота пришлось отложить, хотя некоторые стрельцы были готовы к решительным действиям. Одному из стрельцов смена патриарха представлялась так: "Как я к патриарху войду в палату и закричу, и он у меня от страху и места не найдет". - "Надобно нам уходить медведицу царицу Наталью". - "А за нее вступится сын!" - возразил собеседник. "Чего и ему спускать? За чем стало?" - последовал ответ. Самые решительные из стрельцов предлагали убить Петра, бросив в него гранату или подложив ее в сани. Другие собирались зарезать во время пожара - царь любил участвовать в тушении пожаров.
Среди стрельцов распространялись слухи о намерении Нарышкиных "извести" царя Ивана и правительницу Софью. Использовались и кое-какие новые приемы борьбы: ночью по улицам Москвы в сопровождении вооруженных людей ездил подьячий Матвей Шошин, нарядившийся точно в такой же белый атласный кафтан, какой носил Лев Кириллович Нарышкин. Он хватал стоявших на карауле стрельцов и зверски избивал их, приговаривая: "Убили вы братей моих, и я вам кровь братей своих отомщу". Один из спутников Шошина вопил: "Лев Кириллович! За что бить до смерти! Душа христианская!" Потерпевших доставляли в Стрелецкий приказ, и они там на допросах, введенные в заблуждение маскарадом, показывали, что стали жертвами Льва Кирилловича Нарышкина. Подобным способом Софья и ее сторонники пытались вызвать озлобление стрельцов против Нарышкиных.
Последнее по времени публичное столкновение Петра с Софьей произошло в июле 1689 года и было связано с торжеством но случаю возвращения Голицына из Крымского похода. Этот поход, как отмечалось выше, не принес славы ни ратным людям, ни их начальнику. Тем не менее Софья не скупилась на награды за сомнительные боевые подвиги, стремясь тем самым заручиться поддержкой стрельцов в надвигавшемся столкновении с Петром.
Петр демонстративно отказался от участия в пышных торжествах. Руководитель похода и другие военачальники, прибыв в Преображенское, даже не были приняты Петром. Эти действия Софья сочла прямым себе вызовом. Она апеллирует к стрельцам: "Годны ли мы вам? Буде годны, вы за нас стойте, а буде не годны - мы оставим государство". Последней частью фразы Софья подчеркивала скромность своих намерений. В действительности в Кремле, как и в Преображенском, велась лихорадочная подготовка к развязке. Она, как это часто бывает в напряженной обстановке, полной тревог и ожиданий, произошла совершенно неожиданно.
В ночь с 7 на 8 августа в Кремле поднялась тревога, стрельцы взялись за ружья: кто-то пустил слух, что потешные из Преображенского идут в Москву. Сторонники Петра среди московских стрельцов, не разобравшись в происходившем, сочли, что стрельцы готовятся не к обороне Кремля, а к походу в Преображенское. Мигом они помчались в резиденцию Петра, чтобы предупредить его о грозящей опасности. Тревога оказалась ложной, тем не менее слух вызвал цепную реакцию.
Петра разбудили, чтобы сообщить новость. Можно представить, какие мысли пронеслись в голове Петра и что он пережил в те недолгие секунды. Промелькнули события семилетней давности - разъяренная толпа вооруженных людей, бердыши, алебарды, пики, на острие которых сбрасывали с крыльца сторонников Нарышкиных. Решение, вызванное страхом за жизнь, было неожиданным - бежать. Бросился в одной рубашке в ближайшую рощу и в ночной тишине пытался уловить гул топота двигавшихся стрельцов. Но было тихо. Лихорадочно соображал, куда бежать. Ему принесли одежду и седло, привели коня, и он всю ночь в сопровождении трех человек скакал в Троице-Сергиев монастырь, за толстыми стенами которого семь лет назад укрывалась Софья.
В зрелые годы Петр был человеком большой отваги, много раз попадал в смертельно опасные переделки. Но в семнадцать лет он оставил жену и мать, кинул на произвол судьбы близких людей и потешных солдат, не подумав о том, что стены Троице-Сергиевой лавры, никем не защищаемые, не могли бы его спасти. Изнуренный долгой скачкой, Петр прибыл в монастырь утром 8 августа, бросился на постель и, обливаясь слезами, рассказал архимандриту о случившемся, прося защиты.
На следующий день из Преображенского к Петру прибыли потешные солдаты и стрельцы Сухарева полка, приехала и мать.
В Кремле узнали о бегстве Петра только 9 августа - весь день накануне Софья в сопровождении стрельцов была на богомолье. Новость вызвала тревогу, которую пытались скрыть наигранным спокойствием: "Вольно ему, взбесяся, бегать", - сказал Шакловитый.
