В ходе третьего этапа Гражданской войны эволюционировало Белое движение. Успехи РККА на Восточном фронте заставили Комуч и Временное сибирское правительство объединить усилия. В сентябре 1918 г. в Уфе Государственное совещание избрало Всероссийскую директорию в составе 5 человек. 9 октября 1918 г. Директория перебралась в Омск, где был сформирован Совет Министров, должность военного министра получил известный полярный исследователь, адмирал А.В. Колчак. В тот момент обострились политические разногласия между представителями социалистов в Директории и Совете министров, с одной стороны, и монархистами и вообще сторонниками возвращения старых порядков – с другой. Причиной разногласий стал, в частности, аграрный вопрос. Эсеры обещали крестьянам сохранить произошедшую социализацию земли, что давало Белому движению значительную поддержку сельского населения. Консервативные силы требовали возвращения земельной собственности законным владельцам. Да и по проблеме власти после победы над большевиками у белых не существовало единой позиции. Социалисты, в особенности эсеры, настаивали на проведении Учредительного собрания и сохранении республики. Либералы поддерживали идею Учредительного собрания, но не сомневались, что оно выскажется за введение конституционной монархии. Многие представители офицерства ратовали за восстановление монархии самодержавной. В ночь с 17 на 18 ноября 1918 г. офицеры-заговорщики арестовали Директорию и объявили о передаче всей власти адмиралу А.В. Колчаку. А.В. Колчак был провозглашен Верховным правителем Российского государства и наделен диктаторскими полномочиями. Многие (но не все) предводители антибольшевистских сил в других регионах признали его лидерство. На стороне А.В. Колчака был авторитет, опытность, сильная армия, он распоряжался золотым запасом, захваченным в Казани в августе 1918 г., его поддерживали страны Антанты, снабжая оружием и боеприпасами. Верховный правитель стал готовиться к решающему наступлению на Советскую Россию.
Основные военные действия третьего этапа Гражданской войны развернулись на Южном фронте. Фактором, осложнившим обстановку, стало начало открытой интервенции со стороны стран Антанты, и раньше оказывавших помощь Белому движению. В ноябре 1918 г. Германия капитулировала, что развязало руки Англии, Франции и их союзникам. В начале 1919 г. англо-французский фронт вошел в Черное море и высадил десант в Одессе, Николаеве, Севастополе, Феодосии и Новороссийске. В середине февраля 1919 г. войска Антанты (60 тыс. человек) занимали весь Крым, а также территорию на юге Украины.
1 января 1919 г. Донская армия атамана П.Н. Краснова предприняла третью попытку захватить Царицын. Казаки вышли на ближние подступы к городу, но ударившая им в тыл красная конница под командованием Б.М. Думенко заставила войска атамана Краснова отступить. 4 января силы Южного фронта РККА перешли в контрнаступление. В это время П.Н. Краснов, который на первых этапах Гражданской войны опирался на поддержку Германии и не признавал Белое дело, так как его лидеры призывали к восстановлению «единой и неделимой России», а он стремился создать независимое государство Всевеликого Войска Донского, признал главенство руководителя Добровольческой армии, генерала А.И. Деникина. Уже 8 января 1919 г. А.И. Деникин был провозглашен главнокомандующим вооруженными силами Юга России. В конце января часть Доброармии (группа генерала В.З. Май-Маевского) высадилась на Донбассе и, соединившись с донскими казаками, оказала отпор красным. Войскам Южного фронта не удалось овладеть этим важнейшим регионом.
Однако в феврале Донская армия распалась. Казаки, устав воевать, просто расходились по домам. 19 февраля 1919 г. ушел в отставку и уехал за границу атаман П.Н. Краснов. Таким образом, к концу февраля РККА заняла всю Область Войска Донского. Только 16 тыс. донцов решили присоединиться к А.И. Деникину и отступили за Дон. Вернувшиеся на Дон большевики снова приступили к «расказачиванию», но теперь это означало беспощадный массовый террор. Красные расстреливали не только тех, кто сражался против них, но и тех, кто был в этом заподозрен, кто не сдал оружие (а оружие в казачьих семьях было реликвией и передавалось от отца к сыну). Ответом на такую политику стало восстание, начавшееся в ночь с 11 на 12 марта 1919 г. в станице Вешенская и распространившееся по всему Дону. Несмотря на усиление массового террора большевиков, восставшие продержались до мая 1919 г.
