Цілі, завдання і функції управління природокористуванням і охорони довкілля здійснюються системою державних та інших органів.
Система державних органів, які здійснюють керівництво природокористуванням, базується на загальновизнаному в теорії управління їх поділі на органи спеціальної та загальної компетенції. В основу такої класифікації покладено обсяг і характер правомочностей щодо природних об'єктів та функцій управління ними. Державні органи, до компетенції яких входить здійснення в тому чи іншому обсязі усіх функцій управління природокористуванням, незалежно від виду природного об'єкта та суб'єктів користування ним, є органами загальнодержавного управління. Вони, поряд з екологічними, вирішують й інші питання соціально-економічного розвитку держави.
До державних органів загальної компетенції належать Верховна Рада України, Президент України, Кабінет Міністрів України, Верховна Рада і Рада міністрів Автономної Республіки Крим, державні адміністрації регіонів, органи місцевого самоврядування та їх виконавчі органи.
Єдиний законодавчий орган України — Верховна Рада — правоздатний розглядати і вирішувати будь-які питання, що не є компетенцією державної виконавчої чи судової влади. Виключно зако-нами України визначаються засади власності, використання природних ресурсів, екологічної безпеки та правового режиму зон надзвичайних екологічних ситуацій. Поряд зі своєю основною функцією — законодавчою — парламент затверджує загальнодержавні програми охорони довкілля, оголошує окремі місцевості зонами надзвичайної екологічної ситуації, здійснює парламентський контроль тощо (ст. 85 Конституції України). Так, постановою від 5 березня 1998 року затверджено «Основні напрями державної політики України в галузі охорони довкілля, використання природних ресурсів та забезпечення екологічної безпеки»'. Значний обсяг роботи в парламенті виконують комітети Верховної Ради — з питань екологічної політики, природокористування та ліквідації наслідків Чорнобильської катастрофи, аграрної політики та земельних відносин, охорони здоров'я, материнства і дитинства та ін.
Президент України є главою держави. Як вища посадова особа він виступає гарантом сталості суспільних, у тому числі і екологічних, правовідносин. Зокрема, Президент утворює, реорганізовує та ліквідовує за поданням Прем'єр-міністра міністерства та інші центральні органи виконавчої влади, призначає їх керівників; укладає міжнародні договори, включаючи угоди і конвенції екологічної спрямованості. Президент очолює Раду національної безпеки і оборони України (РНБОУ), яка координує і контролює діяльність державних органів у сфері оборони і національної безпеки, а обов'язковою складовою частиною останньої є екологічна безпека суспільства. Так, 31 грудня 1998 року Рада національної безпеки і оборони України прийняла рішення «Про нейтралізацію загроз, обумовлених погіршенням екологічної і техногенної обстановки в країні», 11 листопада 2002 року вона розглянула питання про стан безпеки водних ресурсів держави та якість питної води, а 6 червня '003 року — стан ефективності надрокористування в Україні, які були затверджені відповідними указами Президента.
Консультативно-дорадчим органом Ради національної безпеки і оборони України є Комісія з питань ядерної політики та екологічної безпеки, основними завданнями якої є підготовка пропозицій з питань забезпечення ядерної та екологічної безпеки, аналіз екологічних проблем та визначення механізмів здійснення заходів щодо поліпшення екологічної ситуації в Україні. Раді також підпорядкований Інститут проблем національної безпеки
Згідно з Конституцією Автономної Республіки Крим Верховна Рада АРК здійснює представницькі, нормотворчі, контрольні функції та повноваження в межах, передбачених законодавством України. Зокрема, вона затверджує екологічні програми, вирішує питання земельних відносин та використання інших природних ресурсів, організує території і об'єкти природно-заповідного фонду Автономної Республіки Крим.
Кабінет Міністрів України є вищим органом у системі органів виконавчої влади. Він вправі вирішувати всі питання державного, зокрема екологічного, управління. Це, наприклад, забезпечення проведення політики у сфері охорони природи, екологічної безпеки і природокористування; здійснення заходів щодо забезпечення національної безпеки України; координація роботи міністерств та інших органів виконавчої влади. Для підвищення ефективності такої діяльності і попередньої підготовки урядових рішень в структурі Кабінету Міністрів створено урядовий комітет з реформування аграрного сектора та з питань екології.
Для забезпечення безпеки і захисту населення і територій, запобігання надзвичайним природним і техногенним ситуаціям та реагування на них, координації контролю на державному рівні комплексу робіт і заходів у цій сфері створено Державну комісію з питань техногенно-екологічної безпеки та надзвичайних ситуацій. Основними її завданнями є профілактичні заходи щодо запобігання виникненню та ліквідації надзвичайних ситуацій природно-техногенного походження — аварій, катастроф, стихійного лиха; експертиза найважливіших проектів заходів щодо техногенно-екологічної безпеки, їх впливу на навколишнє природне середовище, життя та здоров'я людини; безпосереднє керівництво ліквідацією надзвичайних ситуацій національного і регіонального масштабів.
Рада міністрів Автономної Республіки Крим здійснює виконавчі функції та повноваження в галузі екології згідно з Конституцією та законами України, а також нормативно-правовими актами Верховної Ради Криму з питань, віднесених до самостійного відання Автономної Республіки Крим, а також делегованих Конституцією України. Це питання сільського і лісового господарства, землеустрою, водогосподарського будівництва і зрошуваного землеробства, охорони довкілля, організації курортно-рекреаційної сфери і туризму тощо.
Виконавчу владу в областях і районах, містах Києві і Севастополі здійснюють місцеві державні адміністрації, компетенція яких визначена відповідним Законом України від 9 квітня 1999 року1. Адміністрації на певній території забезпечують виконання програм охорони довкілля, взаємодію з органами місцевого самоврядування, реалізацію делегованих відповідними радами повноважень. Зокрема, наведеним Законом передбачається, що районні і обласні ради делегують місцевим державним адміністраціям підготовку питань про надання землі для містобудівних потреб, організацію охорони природно-заповідних об'єктів місцевого значення, ліквідацію наслідків екологічних катастроф, стихійного лиха тощо.
Повноваження територіальних громад сіл, селищ і міст та їх органів — рад і виконавчих органів у галузі екології визначені Законом «Про місцеве самоврядування в Україні»1. Земля, природні ресурси, що є в комунальній власності територіальних громад, становлять матеріальну і фінансову основу місцевого самоврядування. Виключно на пленарних засіданнях ради вирішують відповідно до Закону питання регулювання земельних відносин; надання дозволу на спеціальне використання природних ресурсів місцевого значення; надання згоди на розміщення на території села, селища, міста нових об'єктів, сфера екологічного впливу діяльності яких включає відповідну територію.
Виконавчі органи рад мають як власні (самоврядні) повноваження у сфері регулювання земельних відносин та охорони навколишнього природного середовища, так і делеговані державою. До перших належить попередній розгляд планів використання місцевих природних ресурсів, визначення розміру відшкодувань підприємствами за забруднення довкілля та інші екологічні збитки, підготовка місцевих програм охорони довкілля тощо. З делегованих повноважень слід виокремити здійснення контролю за дотриманням екологічного законодавства, погодження питань про надання дозволів на спеціальне використання природних ресурсів тощо.