В период 1755-1759 гг. Китай сумел преодолеть сопротивление уйгуров, борьбу которых поддержали Кашгар, Яркенд и другие города региона и полностью подчинить своей власти Восточный Туркестан. Затем Цины попытались продолжить свое наступление на Среднюю Азию, но встретив там ожесточенное сопротивление узбеков, киргизов, таджиков и казахов, вынуждены были отступить на ранее завоеванные позиции.
В 1760 г. Цины объединили пустовавшие земли Джунгарии и Восточного Туркестана в единое Синьцзянское наместничество, ставшее затем их важным стратегическим плацдармом в Центральной Азии. Оно подчинялось императорскому наместнику Северо-Западного Китая и имело свое административное деление. Территория Джунгарии была разделена на пять округов, а Восточный Туркестан — на шесть и в каждом из них Цины стали создавать свои укрепленные пункты и караулы. Только в одной Джунгарии ими был размещен сорокатысячный военный гарнизон.
Во главе завоеванных областей были поставлены маньчжурские чиновники, одновременно исполнявшие как военные, так и гражданские функции. В отличие от Монголии и Тибета, здесь Цины установили более жесткую систему управления. Армия содержалась за счет средств местного населения. На опустошенных землях Джунгарии стали создаваться китайские, монгольские и маньчжурские поселения. Туда же переселялись оказывавшие сопротивление Цинам уйгуры, где их прикрепляли к земле на положении государственных крепостных крестьян. Уйгуры облагались налогами в несколько раз превышавшими налоги с других переселенцев и несли более тяжелые личные повинности.
В Восточном Туркестане была введена двойная система управления и основные властные полномочия сосредотачивались там в руках начальников округов. В городах сохранилась гражданская администрация, возглавлявшаяся местной уйгурской элитой (беками). Беки получали от Цинов земли вместе с крестьянами, которые ранее были в собственности ходжей.
В начале XIX в. в регионе сложилась тревожная для Цинов обстановка, вызванная, прежде всего, усилением эксплуатации местного населения как в сельской местности, так и в городах. Большими поборами облагались торговцы, уйгурская светская и духовная элита, несмотря на предоставленные Цинами льготы, полностью зависела от маньчжур, заставлявших с ними разговаривать не иначе, как стоя на коленях. Повсеместно попирались обычаи и религиозные чувства уйгуров и других национальностей, проживавших на территории Синьцзяна.
В результате в 1814 и 1816 гг. вспыхивали восстания уйгурского населения, во главе которых стояли потомки местных ходжей. Наиболее сильным оказалось восстание 1826—1827 гг. под руководством Джангир-ходжи в Восточном Туркестане. Повстанцы сумели захватить Кашгар, затем распространить свое влияние на Яркенд и ряд других населенных пунктов.
В феврале 1827 г. Цины начали подготовку к военной операции по захвату Кашгара и в марте того же года смогли овладеть этим городом. Джангир вынужден был отступить, и к лету восстание было полностью подавлено. Сам вождь восставших вскоре попал в плен и затем был казнен в Пекине.
На территории Синьцзяна в период тайпинского восстания и после его окончания на борьбу с Цинами поднялись уйгуры, выступавшие за создание собственного независимого государства. Они были поддержаны дунганами, также в тот период поднявшимися против Цинов. Власть Цинов здесь оказалась свергнутой и вначале образовалось пять ханств — Урумчинское (Дунганское) и Кульджийское на территории Джунгарии и Кашгарское, Хотанское и Кучарское в Восточном Туркестане. Спустя три года в Восточном Туркестане они объединились в одно мусульманское теократическое ханство — Йэтттишар (Семиградье) под руководством Бузук-хана, а затем одного из его военачальников — Якуб-бека.
В 1872 г. Якуб-беку удалось подчинить своей власти Дунганское ханство. Но отчетливо понимая свою слабость, он попытался обратиться за помощью к иностранным державам, в частности, к Великобритании.
Великобритания, в свою очередь, пыталась создать здесь буферное государство, которое противостояло бы расширению русского влияния в Средней Азии. В свою очередь, Россия, также имевшая здесь интересы, оккупировала в 1871 г. Кульджийский край.
В 1875 г. из Пекина сюда была направлена большая военная группировка, сумевшая к 1878 г., после гибели Якуб-бека, вновь восстановить свой контроль над Синьцзяном.
Кульджийскую область Россия вернула под юрисдикцию Китая лишь в 1881 г. (кроме небольших территорий на западе этой области, заселенных киргизами и казахами).
Таким образом, к концу XIX в. цинское правительство сумело восстановить свой контроль над Восточным Туркестаном и Джунгарией, однако разрешить противоречия, приведшие к волнениям национальных меньшинств, так и не смогло. И в XX столетии еще неоднократно будут возникать очаги напряженности в этом районе Азии.
