Емпірія — досвід, спирання на експериментальне дослідження (а не на ізольоване чуттєве сприйняття) — є для нього вихідним пунктом нового наукового методу, який доповнюється систематичною логічною роботою. Саму логіку він розуміє як знаряддя пізнання — органон. Однак запропонована і детально опрацьована Беконом логіка кардинально відрізняється від арістотелівської, що спиралася на теорію силогізму. Критика Беконом силогістики базується на виявленні того факту, що дедуктивна логіка не здатна відійти від знаків, слів до понять. Жодна освічена людина не може сумніватися у тому, що два терміті, які збігаються у середньому терміні, збігаються взаємно. Однак, вважав при цьому Бекон, силогізми будуються з суджень, судження — зі слів, а слова є лише знаками понять. Для істинного пізнання важливо мати справу з самими поняттями та їх джерелом.нового методу в «Новому Органоні». Використання дедуктивного методу (дедуктивної форми побудови думки) часто призводить до випадків, коли незначна помилка в загальному судженні, під час створення визначення властивостей одиничного, стає вирішальною в уявленні людини. Тому мислення від загального до особливого та одиничного, згідно з висновком Ф.Бекона, не можна визнати чітким у науковому пізнанні. Знання різних перешкод, що виникають під час дослідження природи, запобігає виникненню деяких помилок. Однак це знання лише негативне, а не позитивне, таке, що спрямовує пізнання. Вивчаючи історію науки, Бекон дійшов висновку, що існує два шляхи дослідження: метод догматичний (дедуктивний) та метод емпіричний (індуктивний). Саме емпіризм уможливлює звільнити пізнання від суб'єктивізму догматики, робить пізнання позитивним, незалежним від уяви. Вчений, який керується індукцією, підкоряє свою суб'єктивність властивостям дійсності, тому має знання, які не залежать від особистих уподобань, авторитету та інших ідолів пізнання. Об'єктивне знання природи проголошується ідеалом науки. Однак і чистий емпіризм не дає змоги піти далі фактів, явища до пізнання суті. Тому потрібна інтелектуальна переробка емпіричного матеріалу. Істинний метод пізнання складається з інтелектуальних дій щодо переробки матеріалу, який отримано через досвід. Вчений, що керується таким методом, схожий на бджолу, що збирає нектар, та не залишає його у первинному вигляді, а переробляє нектар на мед. Створення нової науки та філософії, вважав Бекон, можливе тільки після усвідомлення причин, що ведуть до помилок. Головну ваду він вбачає у застосуванні традиційних форм мислення, які базуються на логічній науці Арістотеля, розповсюдженій серед європейців християнством. Така логіка створює своїх ідолів (розповсюджені помилки). Бекон вирізняє чотири види ідолів: ідоли роду, ідоли печери, ідоли ринку (площі), ідоли театру.
1. Ідолів роду та печери він визнає вродженими, такими, що випливають з природних властивостей душі, тоді як ідоли ринку та театру є набутими в інтелектуальному розвитку людини. Ідоли роду криються в самих чуттях людини. Усі чуттєві сприйняття, думки відносяться до властивостей людини, а не до дійсності. Людина як криве люстерко змішує свою природу та природу речей, не вирізняючи їх чітко. Подолання вад людської природи полягає у послідовному дотриманні правил нової індуктивної логіки, яку запропонував Ф.Бекон. Головне з цих правил полягає у постійній емпіричній перевірці уявлень людини: відповідають наші уявлення дійсності чи ні.
2. Ідоли печери — це особисті вади конкретної людини, причина яких може бути різною: погане виховання, психічна неврівноваженість, власні уподобання, власні упередження тощо. Якщо ідоли роду є обумовленими загальною для усіх людей природою — створювати судження за аналогією з власними здібностями, то ідоли печери обумовлені індивідуальною природою особи, властиві лише відповідним групам, індивідам.
3. Ідоли площі — перешкоди, що виникають внаслідок спілкування між людьми за допомогою слів.
У багатьох випадках значення слів були встановлені, не виходячи із сутності речей, а на основі випадкового враження від зустрічі з предметом. Ідоли театру — перешкоди, що народжуються серед вчених з причини некритичного засвоєння помилкової думки.
4. Ідоли театру не властиві людині від народження, вони виникають внаслідок підкорення розуму хибним уявленням.
