В 1533 г. после смерти великого князя Василия III на престол взошел его 3-летний сын Иван IV Грозный (1533-1584). Для управления страной при малолетнем сыне еще при жизни Василия III, был создан опекунский совет из наиболее доверенных и преданных бояр. Его мать Елена Глинская стала регентом. После ее смерти в 1538 г. началась борьба за власть боярских группировок Шуйских и Бельских.
Достигнув совершеннолетия в январе 1547 г., Иван IV принял титул царя. Его венчание на царство способствовало выделению из ряда князей и бояр и подняло авторитет.
К концу 1540-х гг. при Иване IV сложился кружок из доверенных лиц, который князь Андрей Курбский назвал «Избранной радой». Во главе ее стоял Алексей Адашев. В нее также входили священник Сильвестр, митрополит Макарий, А. Курбский, И. Висковатый, Д. Курлятев, М. Воротынский.
Избранная рада разработала ряд реформ, вошедших в историю под названием реформ Ивана IV. Началом реформ стал созыв в 1549 г. первого в истории страны Земского собора, состоявшего из царя, Избранной рады, Боярской думы, представителей духовенства, дворянства и верхушки посада. В 1550 г. был принят новый Судебник, увеличивший размер пожилого для крестьян при переходе в Юрьев день. Важные реформы были проведены в центральном и местном управлении. В 1550-х гг. завершается складывание приказной системы. В середине 1550-х гг. провели губную реформу: наместников и волостелей лишили права суда по важнейшим уголовным преступлениям и передали его губным старостам из числа местных выборных дворян. Затем власть наместников и волостелей (кормленщиков) вообще ликвидировали, а их функции перешли к органам земского самоуправления. Провели также военную реформу - создание стрелецкого войска и поместного дворянского ополчения. В 1551 г. состоялся Собор Русской Православной церкви, получивший название «Стоглавого», по количеству глав принятых решений. На нем был также одобрен Судебник 1550 г., принят общерусский список святых, унифицирована обрядность, утверждены каноны в иконописи и церковном зодчестве.
Налоговая реформа 1551 г. установила единицу взимания налогов – «большую соху».
Реформы укрепили государственное управление и военную систему государства. Произошла относительная консолидация служилого сословия, улучшилось внутреннее положение в стране. Вместе с тем, резко возросли налоги с населения, вводились новые повинности, что неизбежно вело к обострению социальной напряженности.
С 1565 г. Иван IV начал проводить новую политику внутри государства, направленную на подавление самовластья боярства и усиление своей власти – опричнину.
В декабре 1564 г. царь неожиданно покинул столицу, забрав казну, символы власти и наиболее ценные иконы. В сопровождении лично преданного ему окружения он поехал в Александровскую слободу, откуда в январе 1565 г. послал в Москву две грамоты. В одной он обвинил бояр, детей боярских, приказных людей в измене, казнокрадстве, насилии над народом и заявил о своем решении оставить царствование. В другой грамоте, обращенной к посадским людям, он объявлял, что зла на них не держит. Бояре вынуждены были послать к царю делегацию и принять все его требования. Главными условиями стали: разделение страны на Земщину с прежней Боярской думой и приказами, и опричнину со своей Думой, приказами-избами, войском; получение царем права полностью и бесконтрольно распоряжаться жизнью и имуществом людей; предоставление 100 тыс. руб. на «обустройство» опричнины. Самодержавная власть царя распространялась как на Земщину, так и на опричнину. Развернутый царем и опричным войском террор против феодальной знати и церковных иерархов стал главным содержанием опричнины. Территории, где были сильны позиции боярства, подверглись настоящему разгрому. Кульминацией опричнины стал 1570 г., когда царь возглавил карательную экспедицию против Новгорода, жители которого обвинялись в измене.
В 1571 г. опричники не сумел организовать оборону Москвы от набега крымского хана Девлет-Гирея. В 1572 г. перед угрозой нового нашествия татар Иван IV отказался от политики опричнины. Запрещено было произносить даже слово «опричнина», нарушителю грозило наказание кнутом.
Опричнина выполнила свои цели, сумев подавить сепаратизм бояр. Однако методы опричнины не способствовала развитию страны. Опричная политика стала одной из причин поражения России в Ливонской войне. Внутренняя политика Ивана IV и затяжная Ливонская война привели к тяжелому экономическому кризису, разорению населения, его бегству из центра на окраины. Государство теряло налогоплательщиков, служилые люди - крестьян, а это подрывало боеспособность армии. Для преодоления кризисного положения власть пошла на запрет крестьянского «выхода», вводились «урочные лета».