Державне казначейство України створено при Міністерстві фінансів України. Його слід розглядати як самостійну організаційну одиницю, яка формує власну кадрову, господарчу, інформаційно-технічну політику розвитку казначейської системи.
Організаційна структура Державного казначейства України (ДКУ) відтворює структуру адміністративно-територіального устрою України. Відповідно до цього казначейська система України має трирівневу структуру і складається з Державного казначейства України, яке знаходиться у столиці держави і представляє його центральний рівень; Управління Державного казначейства обласного значення (ОУДК) розміщені таким чином: 1 адміністративне управління - в Автономній Республіці Крим; 2 адміністративні управління - у містах Києві та Севастополі; 24 адміністративні управління функціонують в областях. Районні (міські, районні у містах) відділення Державного казначейства (РВДК) зосереджені у найважливіших місцевих адміністративних центрах.
Державне казначейство України та його територіальні органи є юридичними особами, мають самостійні баланси, рахунки в установах банків, печатку із зображенням Державного герба України і своїм найменуванням. Державне казначейство України очолює Голова, який має заступників. На цю посаду їх призначає та звільняє Президент України за поданням Прем'єр-міністра. Голова Державного казначейства здійснює загальне його керівництво, несе персональну відповідальність за стан справ у сфері діяльності Держказначейства, визначає повноваження та розподіляє обов'язки між своїми заступниками. Він також затверджує структуру Державного казначейства та управлінь Державного казначейства в Автономній Республіці Крим, областях, містах Києві та Севастополі, призначає на посади та звільняє з посад керівників територіальних органів Держказначейства.
Для погодженого вирішення завдань, що належать до компетенції Держказначейства, обговорення найважливіших питань його діяльності утворюється колегія в кількості 11 чоловік у складі Голови Держказначейства (голова колегії), його заступників за посадою та інших керівних працівників Держказначейства. Склад колегії затверджується Головою Державного казначейства. Рішення колегії втілюється у життя через постанови. Обласне управління Державного казначейства очолює начальник, який несе відповідальність за роботу всіх районних відділень Державного казначейства у рамках адміністративного регіону та в межах покладених на нього функцій.
Обласні управління Державного казначейства (ОУДК) здійснюють:
1. Впровадження законодавчої та нормативної бази з виконання бюджету.
2. Касове виконання Державного бюджету, зокрема:
• бухгалтерський облік та звітність з проведених ними операцій;
• отримання, реєстрацію, доведення бюджетним установам асигнувань та інформації, пов'язаної з управлінням бюджетом, виписок про асигнування;
• управління бюджетними надходженнями на Єдиний казначейський рахунок у НБУ, переказ коштів та проведення видатків;
• облік та звітування органам виконавчої та законодавчої влади про виконання функцій, що входять до обов'язків ОУДК;
• збирання, перевірку та введення даних до інформаційної системи, а також консолідацію звітів про виконання бюджету;
• контроль за фінансовим виконанням державних програм, державних цільових фондів.
3. Виконання завдань Держказначейства.
4. Керівництво, контроль та оцінку роботи підвідомчих районних казначейських відділень РВДК.
5. Управління казначейською інформаційною системою всіх казначейських органів в області.
6. Підготовку та виконання планів щодо контрольно-ревізійних перевірок підвідомчих РВДК.
Відділення ДКУ розташовані по всій території держави. Кожне районне відділення несе відповідальність за здійснення касових операцій з виконання державного бюджету у своєму районі. Штатні розписи районних (міських) відділень затверджують керівники відповідних територіальних управлінь за погодженням з керівництвом Держказначейства. Кожне відділення ДКУ очолює начальник, який відповідає за роботу, покладену на нього відповідно до функцій
Відділення районного казначейства несуть відповідальність за:
1. Впровадження та дотримання законодавчих та нормативних документів щодо виконання бюджету.
2. Касове виконання державного бюджету за видатками в межах асигнувань, передбачених державним бюджетом, забезпечення виконання загального та спеціального фондів державного бюджету за доходами, зокрема:
• Обліковує кошти державного бюджету, одержані на єдиний казначейський рахунок, в розрізі кодів бюджетної класифікації, розпорядників коштів, а також видатки державного бюджету;
• отримання, реєстрацію, доведення розпорядникам бюджетних коштів асигнувань та інформації, пов'язаної з виконанням бюджету, а також підготовку виписок про асигнування та касові видатки;
• звірку даних обліку за доходами з фіскальними органами, здійснення повернень та розмежування доходів;
• приймання від бюджетних установ заяв на платіж, їх контроль, включаючи контроль за дотриманням лімітів видатків та здійсненням платежу;
• звітування установами законодавчої та виконавчої влади по функціях, що входять до обов'язків РВДК;
• веде облік розпорядників коштів, яким виділяються асигнування з державного бюджету та державних позабюджетних фондів
• збирання та перевірку звітів розпорядників коштів та формування зведених звітів про касове виконання Державного бюджету за доходами і видатками відповідно до кодів бюджетної класифікації та подають її відповідним органам, що здійснюють контроль за нарахуванням та сплатою платежів до бюджету;
• проводить роботу, пов'язану зі здійсненням контролю за дотриманням чинного законодавства України з питань виконання державного бюджету, надходженням та використанням коштів позабюджетних фондів у районі
• контроль за виконанням державних програм та державних цільових фондів;
• здійснює за поданням державної податкової інспекції повернення зайво або помилково сплачених до бюджету податків, зборів та обов'язкових платежів;
• здійснює заходи щодо добору, розстановки, виконання, професійної підготовки і підвищення кваліфікації кадрів
• розглядає заяви, пропозиції, скарги громадян, підприємств, установ та організацій з питань в межах своїх повноважень
Районні та міські відділення Державного казначейства складаються з: відділу обліку лімітів видатків та контролю за виконанням кошторисів;відділу розмежувань та оперативно-аналітичного обліку державних доходів;відділу бухгалтерського обліку і звітності;операційного відділу.
За необхідності відділи можуть об'єднуватись з виділенням певних функцій.
Внутрішня типова структура управлінь і відділень відображає особливості роботи кожної одиниці і не завжди співпадає. Разом з тим можна виділити загальні для більшості структурні підрозділи (відділи): виконання бюджету за доходами; виконання бюджету за видатками; встановлення лімітів; обліку і звітності тощо, необхідних для роботи самого казначейства. Так, вища й середня ланки мають режимно-секретні відділи, відділи організації роботи та контролю підвідомчих органів, відділи комп'ютеризації.