Державне управління в галузі використання і охорони Чорного та Азовського морів здійснюється за басейновим принципом на основі державних цільових, міждержавних та регіональних програм використання і охорони вод та відтворення водних ресурсів. Державне управління в галузі використання і охорони вод та відтворення водних ресурсів здійснюють Кабінет Міністрів України, Рада міністрів Автономної Республіки Крим,Севастопольська державна адмінастрація, місцеві ради та їхні виконавчі комітети,
Кабінет Міністрів України є вищим органом у системі органів виконавчої влади, відповідальним перед Президентом України та підконтрольним і підзвітним Верховній Раді України (стаття 113 Конституції України). Відповідно до свого статусу Кабінет Міністрів України здійснює різноманітні функції, які поширюються на сферу охорони Чорного і Азовського морів. У загальних рисах ці функції визначені у статті 116 Конституції України та конкретизовані в Законі України "Про охорону навколишнього природного середовища"(стаття 17) та у водному кодексі.
Кабінет Міністрів України реалізує свої повноваження різноманітними засобами. Насамперед, це здійснюється шляхом прийняття постанов і розпоряджень із ключових питань управління в даній сфері та розробки законопроектів екологічної спрямованості та внесення їх на розгляд до
Верховної Ради України. Також; важливим напрямком роботи Кабінету Міністрів є забезпечення розвитку міжнародно-правового співробітництва в галузі охорони Чорного і Азовського морів. Зокрема, Кабінет Міністрів України укладає міжнародні договори, які стосуються (охорони морів від забруднення,, збереження біологічної різноманітності, запобігання та ліквідації надзвичайних екологічних ситуацій в морях тощо) і форм (обмін інформацією, організація конференцій, робочих нарад, консультацій тощо) співробітництва України з іншими країнами. [28]
Рада міністрів Автономної Республіки Крим згідно із Законом «Про охорону навколишнього природного середовища» (ст. 18) наділена широкими повноваженнями щодо реалізації екологічної політики, організації природоохоронної діяльності на відповідній території. Зокрема, до її відання віднесено: здійснення реалізації законодавства України та Автономної Республіки Крим у галузі охорони Чорного і Азовського морів; організація розробки екологічних програм з приводи їх охорони, організація управління і контролю в цій галузі; організація проведення державної екологічної експертизи, погодження поточних і перспективних планів роботи підприємств, установ та організацій з питань охорони чорного і Азовського морів,використання його природних ресурсів, організація ліквідації екологічних наслідків аварій на морях, забезпечення систематичного та оперативного інформування населення, підприємств, установ та організацій про їх стан.
Наприклад Рада міністрів Автономної Республіки Крим, комітет неодноразово звертали увагу на недостатнє фінансування програми і вносила пропозиції у проект постанови Кабінету Міністрів України “Про заходи щодо реалізації Загальнодержавної програми охорони та відтворення довкілля Азовського та Чорного морів на 2005-2010 роки” про включення заходів щодо будівництва другої черги каналізаційних очисних споруд м. Сімферополя - основного забруднювача Азовського басейну та реконструкції каналізаційних очисних споруд у ряді міст, які не ввійшли до програми.
Потребує негайного вирішення питання очищення стічних вод, які забруднюють акваторію Чорного моря у містах Саки та Судак і курортних селищах міського типу Щебетівка, Коктебель і Піщане. Розвиток курортної зони без вирішення питань водовідведення надалі неможливий.
Необхідно включити до Переліку невідкладних капіталомістких природоохоронних заходів з охорони та відтворення довкілля Азовського та Чорного морів будівництво (реконструкцію) систем водопостачання та водовідведення в містах Армянськ, Саки, селищах Орджонікідзе (Феодосійська міськрада), Морське, Веселе, Новий Світ (Судацька міськрада), Партеніт (Алуштинська міськрада), Миколаївка (Сімферопольський район), Новофедорівка (Сакський район), Красногвардійське (Красногвардійський район), Леніне (Ленінський район).
Негайно потрібно завершити реконструкцію і розширення Орджонікідзевських та Бондаренківських каналізаційних очисних споруд м.Керчі та водопровідних та каналізаційних мереж міста. [29]
Севастопольська державна адміністрація — обласна, районна, Севастопольська адміністрація відповідно до ст. 2 Закону України «Про місцеві державні адміністрації» здійснює виконавчу владу в областях, районах, районах Автономної Республіки Крим, та у Севастополі. Місцева державна адміністрація в межах своїх повноважень здійснює виконавчу владу на території відповідної адміністративно-територіальної одиниці, а також реалізує повноваження, делеговані їй відповідною радою.
За Законом «Про місцеві державні адміністрації» (ст. 21) в галузі використання та охорони морів: 1) розробляє та забезпечує виконання затверджених у встановленому законом порядку програм раціонального використання басейнів Чорного і Азовського морів 3) розробляє, подає на затвердження відповідної ради та забезпечує виконання регіональних екологічних програм з охорони морів; звітує перед відповідною радою про їх виконання; вносить до відповідних органів пропозиції щодо державних екологічних програм; 4) вживає заходів до відшкодування шкоди, заподіяної порушенням законодавства про охорону морів підприємствами, установами, організаціями і громадянами; 5) вносить пропозиції відповідним органам місцевого самоврядування щодо організації територій та об'єктів природно-заповідного фонду місцевого значення; 6) інформує населення про екологічно небезпечні аварії та ситуації, стан Чорного і азовського морів, а також про заходи, що вживаються до його поліпшення; 7) організовує роботу з ліквідації наслідків екологічних аварій на морях; 8) вносить пропозиції в установленому законом порядку про зупинення діяльності підприємств, установ, організацій у разі порушення ними законодавства про охорону водного фонду та санітарних правил; 9) розробляє і забезпечує дотримання правил користування водозабірними спорудами, призначеними для задоволення питних, побутових та інших потреб населення, зони санітарної охорони джерел водопостачання тощо.
Місцеві державні адміністрації здійснюють також повноваження, делеговані їм обласними і районними радами відповідно до Конституції України в обсягах і межах, передбачених ст. 44 Закону України «Про місцеве самоврядування в Україні» від 25 травня 1997 року. Зокрема, до таких повноважень належать: 1) визначення відповідно до закону розміру відрахувань підприємствами, установами та організаціями, що надходять на розвиток шляхів загального користування Чорного і азовського морів; 2) погодження у випадках, передбачених законом, з відповідними сільськими, селищними, міськими радами питань щодо розподілу коштів за використання природних ресурсів, які надходять до фондів охорони Чорного і Азовського морів;; 4) прийняття у встановленому законом порядку рішень про заборону загального використання бассейнів Чорного та Азовського морів; 5) визначення відповідно до законодавства режиму використання територій рекреаційних зон на морях; 6) затвердження для підприємств, установ та організацій, розташованих на відповідній території, лімітів викидів і скидів забруднюючих речовин в моря та лімітів розміщення відходів у випадках, передбачених законом.[30]
Виконавчі органи сільських, селищних, міських рад відповідно до Конституції України та Закону «Про місцеве самоврядування в Україні» створюються сільськими, селищними, міськими, районними в містах (у разі їх створення) радами для здійснення виконавчих функцій і повноважень місцевого самоврядування у межах, визначених цим та іншими законами. Виконавчі органи місцевих рад поєднують самоврядне управління із державним управлінням (у межах делегованих повноважень органів державного управління в галузі охорони навколишнього природного середовища) охороною довкілля, забезпеченням екологічної безпеки та природокористуванням. На виконавчі органи місцевих рад покладається:
а) вирішення відповідно до власних (самоврядних) повноважень (ст. 33 Закону «Про місцеве самоврядування в Україні») таких питань:, розмірів плати за користування природними ресурсами Чорного та Азовського морів; визначення в установленому порядку розмірів відшкодувань підприємствами, установами та організаціями за забруднення морів та інші екологічні збитки; підготовка і подання на затвердження ради проектів місцевих програм охорони Чорного та Азовського морів, участь у підготовці загальнодержавних і регіональних програм охорони морів; підготовка і внесення на розгляд ради пропозицій щодо прийняття рішень про організацію територій та об'єктів природно-заповідного фонду місцевого значення та інших територій, що підлягають особливій охороні;
б) здійснення делегованих повноважень органів державного управління: здійснення контролю за додержанням а природоохоронного законодавствау сфері охорони Чорного та Азовського морів; реєстрація права користування водними ресурсами; видача документів, що посвідчують право користування водними ресурсами; погодження питань про надання дозволу на спеціальне водокористування загальнодержавного значення в басейнах Чорного та Азовського морів; вирішення спорів з приводу використання морів у порядку, встановленому законом; здійснення необхідних заходів щодо ліквідації наслідків екологічних катастроф, стихійного лиха, епідемій, епізоотій, інших надзвичайних ситуацій, інформування про них населення; визначення території для складування, зберігання або розміщення виробничих, побутових та інших відходів відповідно до законодавства;
Окрім зазначених делегованих повноважень до відання виконавчих органів міських (за винятком міст районного значення) рад належить також координація на відповідній території спеціально уповноважених державних органів управління з питань охорони навколишнього природного середовища.[31]
