В своей совокупности государственные органы Российской Федерации образуют единую систему. Согласно Конституции РФ (ст. 11), в нее входят органы государственной власти Федерации и органы государственной власти ее субъектов. Единство системы государственных органов РФ обусловлено тем, что эта система основывается на государственной целостности Российской Федерации, на единстве системы государственной власти. Единство системы проявляется в разграничении предметов ведения и полномочий между органами государственной власти РФ и органами государственной власти ее субъектов. Конституция РФ (ст. 10, 11) предусматривает наличие органов президентской, законодательной, исполнительной и судебной власти. Каждый из этих видов органов представляет собой фактически подсистему единой системы государственных органов Российской Федерации.
1. Президент Российской Федерации является главой государства. Он выступает в качестве гаранта Конституции РФ, прав и свобод человека и гражданина. Президент, согласно ст. 80 Конституции, обеспечивает согласованное функционирование и взаимодействие органов государственной власти, осуществляет общее руководство деятельностью Правительства и других звеньев исполнительной власти, с органами которой он связан наиболее тесно.
2. Органы законодательной власти – это Федеральное Собрание РФ, народные собрания, государственные собрания, верховные советы, законодательные собрания республик в составе РФ; думы, законодательные собрания, областные собрания и другие законодательные органы власти краев, областей, городов федерального значения, автономной области и автономных округов. Основная особенность этих органов состоит в том, что они избираются непосредственно народом и никаким другим способом формироваться не могут. В своей совокупности они составляют систему представительных органов государственной власти РФ. Органы законодательной власти делятся на федеральные и региональные (субъектов Федерации).
3. К органам исполнительной власти относятся Правительство Российской Федерации, другие федеральные органы исполнительной власти – министерства, государственные комитеты и ведомства при Правительстве РФ, органы исполнительной власти субъектов РФ - президенты и главы администраций субъектов РФ, их правительства, министерства, государственные комитеты и другие ведомства. Они составляют единую систему органов исполнительной власти, возглавляемую Правительством РФ. Для органов исполнительной власти характерно то, что они либо образуются (назначаются) соответствующими руководителями исполнительной власти – президентами или главами администраций, либо избираются непосредственно населением. Органы исполнительной власти выполняют особый вид государственной деятельности, которая носит исполнительный и распорядительный характер. Органы исполнительной власти делятся на федеральные и субъектов Федерации.
4. Органы судебной власти образуют Конституционный Суд РФ, Верховный Суд РФ, Высший Арбитражный Суд РФ, другие федеральные суды, а также суды субъектов РФ. Органы правосудия в совокупности составляют судебную систему РФ. Основной видовой особенностью этих органов является осуществление судебной власти посредством конституционного, гражданского, административного и уголовного судопроизводства.
5. Особую группу государственных органов, не относящуюся ни к одному из ранее названных видов органов государственной власти, образуют органы прокуратуры.
6. Кроме названных органов в систему государственных органов РФ входят также ряд других органов, осуществляющих вспомогательные, совещательные и иного рода функции, которые определяются органами государственной власти. К числу этих органов относятся, например, Администрация Президента РФ и Совет Безопасности РФ, полномочные представительства Президента РФ.
Помимо деления по предметному признаку конституционная система государственных органов может рассматриваться как двухуровневая, включающая федеральные государственные органы и органы субъектов Федерации. Система органов местного самоуправления образует самостоятельную совокупность органов, которые не относятся к числу органов государственной власти.
В отличие от ранее действовавших Конституций России советского периода Конституция РФ 1993 г., развивая идеи федерализма, жестко не регламентирует организационную деятельность органов государственной власти.
Если по отношению к устройству представительных и исполнительных органов государственной власти субъекты РФ обладают значительной самостоятельностью, то система судебных органов субъектов РФ в своей основе выступает как совокупность федеральных учреждений (за исключением конституционных, уставных судов субъектов РФ). Поэтому п. «о» ст. 71 Конституции РФ, относит регулирование судоустройства к исключительной компетенции федерации. В равной степени это относится и к прокуратуре, совокупность органов которой образует единую централизованную систему, подчиненную Генеральному прокурору РФ (ст. 129 Конституции).
В Российской Федерации признается и гарантируется местное самоуправление. Местное самоуправление в пределах своих полномочий самостоятельно. Органы местного самоуправления отделены от системы органов государственной власти. Отсюда разнообразие способов формирования исполнительных и представительных органов местного самоуправления.