Ще один мислитель цього часу – Пьетро Помпонацци (1462-1525 рр.). Біографія його може уміщатися в три фрази: народився в заможній сім'ї в місті Падуя, вчився в Падуанськом університеті, а потім викладав там же. Правда, в кінці життя декілька років викладав в університеті міста Болонья. Це був типовий університетський викладач-схоласт, що цікавиться філософією Арістотеля і Хоми Аквінського. Проте більше він цікавився Арістотелем, прочитаним крізь призму не Хоми Аквінського, а Аверроеса. Арістотелізм Пьетро Помпонацци був більш єретичним, ніж католицьким, хоч і самого Арістотеля, і Аверроеса Помпонациі достатньо вільно інтерпретує. Від аверроістів Помпонацци запозичує концепцію двох істин: є істина філософії і є істина релігії, істина філософії – це істина розуму (а не істина Арістотеля, підкреслює Помпонацци), а істина релігії – не істина філософська, тому що релігія не містить в собі ні істини, ні хиби, вона служить для житєвих потреб, бо мова віри – це мова притч і моралі. Тому концепція подвійної істини перетворюється на концепцію, згідно якої істина міститься тільки у філософії. Філософія, таким чином, повністю відділяється від релігії, яка не займається істиною.
Помпонацци належить трактат «Про безсмертя душі». Безсмертя він трактує у дусі Арістотеля, а точніше Аверроеса, хоч і із деякими зауваженнями. У питанні про безсмертя душі слід виділити два аспекти: питання про пізнання і питання про мораль. Оскільки пізнання, тобто мислення, залежить від тіла і душа нічого не випробовує без тіла, то душа є форма тіла (у дусі Арістотеля). Тому розум невідємний від тіла, а душа матеріальна і смертна.
Окрім людської душі, нематеріальні, интеллигібельні істоти, які здібні до пізнання без тіла, і є тварини, нижчі істоти. Людина знаходиться посередині між нематеріальними істотами і тваринами. Вона може пізнавати і приватне, як тварини, і загальне, як нематеріальні істоти. Людина може стати і тим і іншим – і ангелом, і твариною. Але все таки душа залишається залежною від тіла і смертною.
Як бути з моральністю, якщо душа виявляється смертною? Виявляється, по думці Помпонацци, моральність не тільки не зникає з прийняттям смертності душі, а навпаки, стає власне моральністю. Бо моральність, яка будується сподіваючись на посмертну подяку, є не моральністю, а деякою формою егоїзму, надією одержати за свій вчинок подяку. Моральність може бути тільки тоді етичною, коли вона ні на що не розраховує. Моральність є вчинок добродійний, спрямований на доброчесність. Тому віра в безсмертя душі не тільки не затверджує моральність, а навпаки, заперечує її. Помпонацци, заперечуючи безсмертя душі, вважає, що затверджує вищу моральність.
Помпонацци ставить і питання про відношення Бога до світу. Для нього є нерозв'язною проблема виправдання того, що існує в світі зло. Він міркує так: Бог або править світом або не править. Якщо Він не править світом, то Він не Бог, а якщо править, то звідки така жорстокість? Якщо Бог створив все і є причиною кожного вчинку, то чому за кожен конкретний гріховний вчинок відповідає людина, а не дійсна причина – не Бог? Адже саме Бог врешті-решт схиляє людину до гріха.
Помпонацци бачить наступний вихід з цього. Не треба уявляти собі Бога як особу, бо тоді Бог буде подібний, по виразу Помпонацци, «божевільному батькові». Бог є доля, безособовий фатум, природа, початок руху, тому Він не несе особистої відповідальності за те, що існує в світі зло. Бог не має вільної волі і тому не відповідає за зло в світі.
Зло є прояв суперечностей в світі, а суперечності повинні існувати, щоб був порядок, щоб була гармонія. Тому зло існує для виправдання цілого, воно є необхідна частина того, що існує в світі блага. Релігія якщо і потрібна, то тільки для приборкання простого народу як форма самоутіхи. Для філософа релігійна істина не має ніякої цінності.
