Использование сил и средств Роспотребнадзора осуществляется с учетом конкретных условий, сложившихся в районе катастроф, и их влияния на динамику санитарно-эпидемиологической обстановки.
В целях наиболее эффективного использования имеющихся сил и средств создана трехступенчатая система экстренной медицинской помощи в чрезвычайных ситуациях, включающая санитарно-эпидемиологические учреждения и формирования различной ведомственной принадлежности. Для противоэпидемического обеспечения пострадавшего населения в зоне бедствия и ликвидации медико-санитарных последствий чрезвычайных ситуаций привлекаются органы и учреждения Роспотребнадзора, здравоохранения, медицинских служб МО, МВД и других министерств и ведомств, а также создаваемые на их базе специализированные противоэпидемические формирования, которые являются функциональной подсистемой надзора за санитарно-эпидемиологической обстановкой и входящие в составную часть сил и средств ВСМК. Основной задачей санитарно-эпидемиологических формирований является организация и проведение противоэпидемических и профилактических мероприятий, направленных на сохранение жизни и здоровья пострадавшего населения, поддержание санитарно-эпидемиологической безопасности в зоне ЧС.
Оперативное руководство органами и учреждениями Роспотребнадзора и госсанэпидслужб министерств и ведомств при проведении санитарно-противоэпидемических мероприятий по предупреждению, локализации и ликвидации последствий ЧС, осуществляется Главными государственными санитарными врачами по субъектам РФ и различных министерств и ведомств.
Профиль, задачи, состав и направление деятельности, принципиальная схема взаимодействия органов, учреждений и формирований Роспотребнадзора в ЧС определяются соответствующими положениями, утверждёнными Роспотребнадзором, Минздравсоцразвития России и другими заинтересованными ведомствами.
Специализированные формирования создаются на базе Федеральных государственных учреждений здравоохранения «Центр гигиены и эпидемиологии» в субъектах Российской Федерации и их филиалов, противочумных учреждений, научно-исследовательских институтов эпидемиологического и гигиенического профиля соответствующими приказами Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека.
Руководители территориальных управлений Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека в субъектах Российской Федерации и их территориальных отделов в рамках своей компетенции осуществляют общее руководство и контроль за деятельностью специализированных формирований соответствующих ФГУЗ, направленной на предупреждение и ликвидацию чрезвычайных ситуаций (ЧС) мирного и военного времени.
В соответствии с Положением о функциональной подсистеме РСЧС надзора за санитарно-эпидемиологической обстановкой, в Федеральной службе по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека предусматриваются следующие виды формирований: санитарно-противоэпидемические отряды (СПЭО); санитарно-эпидемиологические бригады (СЭБ): эпидемиологические, радиологические, санитарно-гигиенические (токсикологические) бригады; группы: санитарно-эпидемиологической разведки (ГСЭР), санитарно-химической разведки (ГСХР) и радиационной разведки (ГРР), которые являются нештатными специализированными формированиями быстрого реагирования, входящими в состав санитарно-противоэпидемического отряда.
Положение, штатно-организационная структура, примерный табель оснащения специализированных формирований Роспотребнадзора (ГСЭР, СЭБ, СПЭО) и противоэпидемических бригад (СПЭБов), создаваемых на базе противочумных учреждений утверждены приказом Минздрава России от 12.08.2003 г. № 400 «О совершенствовании организации работы специализированных противоэпидемических бригад противочумных учреждений» и приказом Роспотребнадзора от 31.10.2005 г. № 756 "О совершенствовании организации работы специализированных формирований Роспотребнадзора".