Намнога складаней была сітуацыя ў Прыбалтыцы і Малдавіі. Восенню 1939 г. савецкі ўрад прапанаваў Балтыйскім дзяржавам падпісаць пагадненні аб узаемадапамозе. Яны былі падпісаны 28 верасня 1939 г. з Эстоніяй, 5 кастрычніка з Латвіяй, 10 – з Літвой. Дамоўленасці прадугледжвалі аказанне бакамі ўсялякай дапамогі на выпадак нападу якой трэцяй краіны; забаранялі бакам удзел у кааліцыях, накіраваных супраць аднаго з бакоў; на тэрыторыі Прыбалтыкі размяшчаліся ваенныя базы Чырвонай Арміі, але СССР «не спакушалася на суверэнныя правы бакоў, якія дамаўляліся». Падчас перамоваў ад Каўнаса, Рыгі і Таліна не хавалі інфармацыі аб усталяванні паміж СССР і Германіяй сфер уплыву, адпаведна Прыбалтыка ўжо была абмежавана ў сваіх дыпламатычных пошуках.
Нас больш цікавіць пагадненне паміж Масквой і Літвой ад 10 кастрычніка, згодна якому Літва атрымала Вільню і Віленскі край. Міністр замежных спраў Літвы Ю.Урбшыс лічыў такую прапанову з боку Масквы за выключны гістарычны шанец для Літвы «вярнуць» Вільню, у той час як адмова Каўнаса выклікала б канфлікт. Адначасова з Прыбалтыйскімі дзяржавамі Савецкім Саюзам былі падпісаны пагадненні аб пастаўках нафты, жалеза, бавоўны і іншай сыравіны. Прысутнасць Чырвонай Арміі прыдавала прыхільнікам сацыялістычнай ідэі смеласці і рашучасці. Так, у Рызе пры насельніцтве каля 350 тыс. чалавек у антыўрадавых дэманстрацыях і мітынгах удзельнічала каля за
100 тыс. чалавек.
Адначасова з узмацненнем пазіцый Германіі ў Еўропе, Прыбалтыйскія краіны ўсё больш схіляліся на бок Берліна. Урадамі гэтых краін быў створаны антысавецкі ваенна-палітычны саюз «Прыбалтыйская канфедэрацыя», наладжваліся кантакты з Германскім МЗС. У чэрвені 1940 г. урад СССР абвінаваціў прагерманскі ўрад Літвы ў правакацыйных дзеяннях і стварэнні антысавецкай кааліцыі, што парушала ўмовы раней падпісаных пагадненняў, і запатрабаваў змены ўрада і права размесціць дадатковыя вайсковыя часткі ў стратэгічных раёнах краіны. Урад Літвы, а так сама ўрады Латвіі і Эстоніі згадзіліся 14 чэрвеня на ўльтыматыўныя савецкія ўмовы.
У далейшым праводзяцца выбары ў народныя сеймы Літвы і Латвіі. Гэтыя органы, а так сама Дзяржаўная Дума Эстоніі з 21 па 24 ліпеня 1940 г. прынялі дэкларацыі аб увядзенні ў краінах Савецкай улады, уступленні ў склад СССР і правядзенні сацыялістычных пераўтварэнняў. Так, у выбарах у літоўскі Сейм у ліпені 1940 г. прыняло ўдзел 94,8% выбаршчыкаў. За кандыдатаў блоку працоўнага народа прагаласавала 97,8%, супраць – толькі 2,2%, дэпутатамі Сейма сталі 52 камуністы і 48 беспартыйных. 3-5 жніўня 1940 г. Вярхоўны Савет СССР прымае Прыбалтыйскія краіны у склад СССР.
Ці былі гэтыя працэсы «акупацыяй» Прыбалтыкі? На тэрыторыях гэтых краін не было савецкай акупацыйнай адміністрацыі. Уваходжанне прыбалтыйскіх рэспублік у склад СССР адбылося паводле рашэння нацыянальных устаноўчых органаў, створаных на аснове праведзеных выбараў. Гэта стала падставай для прызнання законным ўваходжанне Прыбалтыкі ў склад СССР з боку вялікіх дзяржаў на Патсдамскай канферэнцыі ў 1945 г., а таксама на Хельсінскай канферэнцыі ў 1975 г.
28 чэрвеня 1940 г., «у адпаведнасці з дамоўленасцю паміж СССР і Румыніяй», Чырвоная Армія перайшла Днестр і заняла Тэрыторыю Бесарабіі і Паўночнай Букавіны. У жніўні 1940 г. на гэтых землях з далучэннем Малдаўскай аўтаномнай рэспублікі была ўтворана Малдаўская ССР.
