Монокультурою називається агротехнологія, за якої на одному і тому ж полі кілька років підряд вирощується одна і та ж культура.
Екологічними наслідками монокультури є:
1) однобоке виснаження грунту на окремі елементи мінерального живлення;
2) накопичення спеціалізованих шкідників, збудників хвороб, зростання втрат урожаю та екологічного навантаження на агроекосистему за рахунок застосування засобів захисту рослин;
3) накопичення насіння та органів вегетативного розмноження бур'янів, які конкурують із оброблюваними рослинами за чинники зростання та зменшують продуктивність агроекосистеми; боротьба з бур'янами здорожує виробництво та збільшує екологічне навантаження. Таким чином, при монокультурі отримання високого урожаю ускладнюється з кожним роком. Спонукає до монокультури, як правило, економічний інтерес, коли немає рівноцінної заміни культури без втрати доходів. Істотне значення можуть мати політичні обставини. Наприклад, цілина у 1950-х р.р. освоювалася під монокультуру пшениці.
Плодозміна (сівозміна) – явище, за якого реалізується послідовна зміна культур у просторі та часі.
Плодозміна в агроекосистемах моделює умови природного фітоценозу, реалізує принцип еластичного використання чинників зростання, підвищує продуктивність.
Проблема погіршення водно-повітряного режиму грунтів за рахунок переущільнення.
Переущільнення грунтів і порушення водно-повітряного режиму часто викликається агрохімічними причинами (зміною рН, засоленням грунтів та ін. факторами пептизації колоїдів). Безпосередньою причиною переущільнення є надмірне навантаження на грунтовий комплекс від сільгоспмашин і знарядь.
Проблема погіршення поживного режиму грунтів за рахунок розбалансованого удобрення.
Низькі норми та порушення технологій застосування органічних і мінеральних добрив призводять до втрати родючості грунтів.
Проблема зростання екотоксикологічного навантаження в агроекосистемах.
Порушення технології застосування пестицидів призвело до їхньої акумуляції у грунтах, водах і т.д, що негативно впливає на біологічну активність, порушує біотичні взаємовідносини в агроекосистемі та прилеглих природних екосистемах. Іще однією причиною росту екотоксикологічного навантаження в агроекосистемі є привнесення забруднюючих речовин повітряними шляхами, зрошуваними водами та неякісними органічними добривами на основі осадів стічних вод та інших відходів.