Христианская церковь в средние века была совершенно равнодушна к греческой и вообще к языческой науке и философии. Главная проблема, которую старались решить отцы церкви, заключалась в том, чтобы освоить знания «язычников», определив при этом границы между разумом и верой. Христианство было вынуждено соперничать с разумом язычников, таких, как эллинисты, римляне, с иудейской ученостью. Но в этом соперничестве оно должно было строго оставаться на библейской основе. Можно здесь вспомнить, что многие отцы церкви имели образование в области классической философии, по существу своему не христианское. Отцы церкви прекрасно осознавали, что содержащееся в работах языческих философов множество рациональных и мистических систем сильно затруднит развитие традиционного христианского мышления и сознания.
Частичное решение этой проблемы было предложено в V веке в. Августином. Однако хаос, наступивший в Европе вследствие вторжения германских племен и упадка Западной Римской империи, отодвинул серьезные дебаты о роли и приемлемости язйческой рациональной науки в христианском обществе на семь столетий и лишь в X—XI веках, после завоевания арабами Испании и Сицилии, возрождается интерес к освоению античного наследия. По той же причине христианская культура была теперь способна и к восприятию оригинальных работ исламских ученых. Результатом стало важное движение, включавшее в себя собирание греческих и арабских рукописей, перевод их на латынь и комментирование. Запад получил таким путем не только полный корпус сочинений Аристотеля, но и работы Евклида и Птолемея.
Появившиеся в Европе с XII века университеты стали центрами научных исследований, помогая установить непререкаемый научный авторитет Аристотеля. В середине XIII столетия Фома Аквинский осуществил синтез аристотелевской философии и христианской доктрины. Он подчеркивал гармонию разума и веры, укрепляя таким способом основы естественной теологии. Но томистский синтез не остался без ответного вызова. В 1277 году, после смерти Аквината, архиепископ Парижский признал непригодными 219 из утверждений Фомы, содержащихся в его сочинениях. В результате была развита номиналистская доктрина (У. Оккам). Номинализм, который стремился отделить науку от теологии, стал краеугольным камнем в переопределении сфер науки и теологии позднее, в XVII веке.
Более полные сведения о философской культуре европейского Средневековья должны быть даны в курсе философии.
В течение XIII и XIV веков европейские ученые всерьёз расшатывали фундаментальные устои аристотелевой методологии и физики. Английские францисканцы Роберт Гроссетест и Роджер Бэкон ввели в сферу науки математический и экспериментальный методы, а также способствовали дискуссии о зрении и о природе света и цвета. Их оксфордские последователи ввели количественные рассуждения и физический подход через свои исследования ускоренного движения. За Ла-Маншем, в Париже, Жан Буридан и другие ученые детально разработали концепцию импульса, в то время как Николас Орезм (1330—1382) предложил ряд смелых идей в астрономии, что открыло двери для пантеизма Николая Кузанского.
Важное место в научной культуре европейского Средневековья занимала алхимия. Алхимия была посвящена преимущественно поискам субстанции, которая могла бы превращать обычные металлы в золото или серебро и служить средством бесконечного продления человеческой жизни. Хотя ее цели и применявшиеся средства были весьма сомнительны и чаще всего иллюзорны, алхимия была во многих отношениях предшественницей современной науки, особенно химии. Первые дошедшие до нас достоверные работы европейской алхимии принадлежат английскому монаху Роджеру Бэкону и немецкому философу Альберту Великому. Они оба верили в возможность трансмутации низших металлов в золото. Эта идея поражала воображение, алчность многих людей в течение всех средних веков. Они верили, что золото — совершеннейший металл, а низшие металлы менее совершенны, чем золото. Поэтому они пытались изготовить или изобрести вещество, называемое философским камнем, которое совершеннее золота, а потому может быть использовано для совершенствования низших металлов до уровня золота. Роджер Бэкон верил, что золото, растворенное в «царской водке» (aqua regia), является эликсиром жизни. Альберт Великий был величайшим практическим химиком своего времени. Российский ученый В. Л. Рабинович проделал блестящий анализ алхимии и показал, что она представляла собой типичное порождение средневековой культуры, сочетая магическое и мифологическое видение мира с трезвым практицизмом и экспериментальным подходом.
Самым, пожалуй, парадоксальным результатом средневековой научной культуры является возникновение на базе схоластических методов и иррациональной христианской догматики новых принципов познания и обучения. Пытаясь найти гармонию веры и разума, соединить иррациональные догмы и экспериментальные методы, мыслители в монастырях и духовных школах постепенно создавали принципиально новый способ организации мышления — дисциплинарный. Наиболее развитая форма теоретического мышления того времени была теология.
Именно теологи, обсуждая проблемы синтеза языческой рациональной философии и христианских библейских принципов, нащупали те формы деятельности и передачи знаний, которые оказались наиболее эффективны и необходимы для возникновения и становления современной науки: принципы обучения, оценки, признания истины, которые используются в науке и сегодня. «Диссертация, защита, диспут, звание, сеть цитирования, научный аппарат, объяснение с современниками с помощью опор-ссылок на предшественников, приоритет, запрет на повтор-плагиат — все это появилось в процессе воспроизводства духовных кадров, где обет безбрачия вынуждал использовать «инородные» длядуховнойпро-фессии подрастающие поколения» (Петров М. К. Перед «Книгой природы». Духовные леса и предпосылки научной революции XVII века//Природа.-1978.№8.С.115).
Теология средневековой Европы в поисках нового объяснения мира стала впервые ориентироваться не на простое воспроизведение уже известного знания, а на созидание новых концептуальных схем, которые смогли бы объединить столь разные, практически несоединимые системы знания. Это и привело в конце концов к возникновению новой парадигмы мышления — форм, процедур, установок, представлений, оценок, с помощью которых участники обсуждений добиваются взаимопонимания. М. К. Петров назвал эту новую парадигму дисциплинарной (Там же). Он показал, что средневековая западноевропейская теология обрела все характерные черты будущих научных дисциплин. В их числе — «основной набор дисциплинарных правил, процедур, требований к завершенному продукту, способов воспроизводства дисциплинарных кадров». Вершиной этих способов воспроизводства кадров и стал университет, система, в которой все перечисленные находки расцветают и работают. Университет как принцип, как специализированную организацию можно считать величайшим изобретением Средневековья (Там же. С. 113).
