С падением Константинополя и постепенным исчезновением Восточной Римской империи роль Константинопольской Церкви среди ее паствы значительно возросла. Султан Мухаммед II (ум. 1481), завоевавший Константинополь, не только оставил Константинопольским патриархам церковную власть над православным населением новообразованной Османской империи, но наделил их также политической властью, какой они не имели в Византии. Константинопольский патриарх разделил с султаном политическое лидерство среди православного населения Турецкой империи. Статус Константинопольских Патриархов претерпел изменения согласно парадигме, характерной для исламского мира, в котором различие между политической и религиозной властью едва выражено, и эти две власти, как правило, совмещаются в одном лице. Турецкий султан как мусульманин не мог стать религиозным главой православных, но также не мог стать их полноценным политическим лидером, так как исламская традиция не позволяла ему быть лишь политическим лидером. Компромисс в этой ситуации был найден в том, что Константинопольский патриарх как традиционный духовный глава православного народа получил также политическую власть над ним. Благодаря этому был соблюден принцип совмещения двух властей в одном лице, а также султан был избавлен от необходимости быть духовным главой христиан, что встретило бы отпор у последних и напряжение среди мусульман. Тем не менее, патриарх не мог стать полноценным политическим главой православных и должен был подчиняться султану. Поэтому он скорее был посредником и проводником воли султана, но также нес ответственность за нестроения, если такие возникали среди подчиненного ему народа. Примером того, как Константинопольские патриархи отвечали за нестроения среди православных, является мученичество св. Григория V (1821), который был повешен на воротах Патриархии после того, как в Греции началась освободительная революция.
Из наиболее известных деятелей этого периода следует отметить патриархов Иеремию II (ум. 1595) и Кирилла Лукариса (ум. 1638). Оба патриарха жили в период зарождения и бурного развития Реформации в Европе и были вынуждены отвечать на вызовы этого движения. В самом начале Реформации некоторые ее деятели пытались установить контакты с иерархами Православной Церкви, ища в ней опору своим исканиям неискаженного христианства. Патриарх Иеремия, с которым вступили в общение эти деятели, благосклонно отнесся к их попыткам вернуться к изначальной христианской традиции и высказал готовность к диалогу с ними. Тем не менее, стоя на страже церковной традиции, он отверг те новшества, которые получили развитие в Протестантизме. Кирилл Лукарис не был столь принципиален перед лицом Реформации и принял некоторые ее идеи в их кальвинистской интерпретации. Эти идеи были изложены в приписываемом Лукарису "Исповедании веры", изданном в 1629 году в Женеве. Это "Исповедание" было осуждено несколькими православными Соборами.
5. Современный период с 1833 года и до сего дня.
В результате Балканских войн начала XX века, а также неудачной попытки отвоевать у Турции Малую Азию большая часть греческого населения Турции была вынуждена бежать, осев в Греции и рассеявшись по всему миру. Константинопольская Церковь, таким образом, растеряла почти всю свою паству. Тем не менее, она сохранила свою юрисдикционную власть над значительной частью покинувшего Турцию населения. Так постепенно были основаны епархии Константинопольской Церкви за пределами ее традиционной канонической территории - как в Старом, так и в Новом Свете. Подавляющая часть Константинопольского Патриархата к настоящему времени находится вне ее канонической территории. Это отличает ее от остальных Поместных Церквей, многие из которых хотя и располагают епархиями в рассеянии, основную часть своей паствы, тем не менее, имеют на своей канонической территории.
Каноническая территория — Турция (6 епархий, 10 монастырей и 30 духовных школ) и Греция. Юрисдикция Константинопольского Патриархата распространяется также на ряд епархий в странах Западной Европы, Северной и Южной Америки, в Австралии и Новой Зеландии, а также на Святую Гору Афон; к юрисдикции Константинополя относится и Финляндская Автономная Православная Церковь (каноническая территория — Финляндия; Предстоятель: Лев, Высокопреосвященнейший Архиепископ Карельский и всей Финляндии; резиденция Предстоятеля находится в Куопио).
Титул Предстоятеля: «Святейший Архиепископ Константинополя — Нового Рима и Вселенский Патриарх».
Патриаршая резиденция находится в Фанаре (район Константинополя).
