Ранние реформаторы были убеждены, что средневековая Церковь была испорчена, а ее доктрина искажена либо отходом от Писания, либо добавлениями к нему, сделанными людьми. Ранние взгляды Лютера на природу Церкви хорошо позволяет увидеть акцент, делаемый им на Слове Божием: Слово Божие выступает и покоряет; везде, где оно добивается истинного подчинения Богу, возникает Церковь. "Надежным признаком, по которому можно узнать христианскую конгрегацию, является то, что там проповедуют чистое Евангелие. Точно так, как знамя является знаком того, какой военачальник и какая армия находятся перед вами, так и Евангелие является знаком, по которому можно определить, где находится лагерь Христа и Его воинство... Соответственно, где Евангелие отсутствует, а правят лишь человеческие учения, там нет христиан, а лишь одни язычники, независимо от их числа и того, какую бы праведную жизнь они не вели."
Поэтому рукоположенное епископами духовенство необязательно для обеспечения существования Церкви, в то время как проповедь Евангелия является существенной для подлинности Церкви. "Где есть Слово, там есть вера, а где есть вера, там есть истинная Церковь". Церковь как организация определяется проповедью слова Божьего: ни одно человеческое собрание не может претендовать на звание "Церкви Божией", если оно не основано на Евангелии. Как мы уже видели, такое понимание Церкви является функциональным, а не историческим: правомочность Церкви и ее духовенства определяется не исторической, а богословской преемственностью с апостольской Церковью. Важнее проповедовать то же Евангелие, что и апостолы, чем быть членом института, который исторически к ним восходит. Аналогичное понимание Церкви можно найти у Филиппа Меланхтона, коллеги Лютера по Виттенбергу, который определял Церковь, в первую очередь, по ее функциям предоставления средств к получению благодати.
Лютеровское понимание Церкви отличалось простотой. По мере того, как становилось все более ясно, что Лютер и Цвингли не могли прийти к согласию по поводу того, что является Евангелием (что отражено в их разногласиях по поводу Евхаристии), правомочность взглядов Лютера на Церковь ставилась под вопрос. Более серьезным, однако, был вызов, брошенный радикальной Реформацией, к которой мы сейчас вновь обращаемся. Для радикалов, таких, как Себастьян Франк, апостольская Церковь была полностью компрометирована своими близкими связями с государством, восходящими к периоду обращения императора Константина. Как институт, Церковь была испорчена человеческой борьбой за власть и амбициями.
Большинство радикалов было последовательно в применении принципа "sola Scriptura", оно было последовательно и в своих взглядах на установленную Церковь. Истинная Церковь находилась на небесах, а на земле существовало лишь ее подобие, во многом неадекватное небесному Таким образом, Лютер был вынужден иметь дело с двумя трудностями. Если Церковь не была установленной, но определялась проповедью Евангелия, то как можно было отделить его взгляды от взглядов радикалов? Он сам до пускал, что "Церковь свята даже там, где доминировали фанатики (так Лютер называл радикалов), если они не отвергают Слово и таинства". Сознавая политические реалии своего положения, он противопоставил им утверждение необходимости установленной Церкви. Точно так, как он сдержал радикальное приложение принципа "sola Scriptura" обращением к преданию он сдержал свои потенциально радикальные взгляды на природу истинной Церкви, настаивая на том, что ее следовало рассматривать как исторический институт.
Институт Церкви является Божественно установленным средством благодати. Однако, противопоставив радикалам утверждение того, что Церковь должна быть видимой и установленной, Лютер столкнулся с трудностями в отделении своих взглядов от взглядов своих католических оппонентов.
Для Августина христианство воплощается как Церковь; для донатистов как секта. Таким образом, именно августинский взгляд на Церковь подчеркивает ее социальную значимость Лютер принимал взгляд Авгутина о смешанном составе Церкви, в то время как радикалы развивали донатистские взгляды о Церкви, состоящей лишь из праведников. Как и донатисты, радикалы требовали нравственного совершенствования своих членов. Церковь и мир были противопоставлены друг другу, как свет и тьма, и они не желали уделять место тому, что они считали политическими компромиссами Лютера и Цвингли.
Для Лютера, однако, испорченные церковники были "как мышиный помет среди перечных зерен или плевелы среди пшеницы". Это один из жизненных фактов Церкви, который признает Августин и подтверждает Лютер. Таким образом, магистерская реформация вела к установлению Церкви, в то время как радикальная реформация вела к формированию сект. Социологические различия между двумя движениями отражают их различное понимание природы Церкви. В этом вопросе близко связаны богословие и социология. (Выше мы указывали на знаменитый афоризм, который представляет Реформацию как победу августинской доктрны милости над его доктриной Церкви: здесь необходимо отметить, что Лютер и другие магистерские реформаторы сохранили, по крайней мере, этот аспект августинской теории Церкви). На каком же тогда основании Лютер порывает с Католической Церковью? Разве этот аспект его теории не подразумевает, что испорченность всегда будет в истинной Церкви? С точки зрения теории Августина, испорченность Католической Церкви не обязательно предполагает, что это ложная Церковь.