В свою очередь, учреждение или орган, на которые возложена обязанность исполнения наказания, должны извещать суд, постановивший приговор, о месте отбывания наказания осужденным.

Вышестоящие судебные инстанции могут изменить приговор суда первой инстанции весьма существенно: поменять не только размер, но и вид наказания. Поэтому в ряде случаев основанием отбывания конкретного наказания выступает уже не приговор, постановивший, например, наказание в виде лишения свободы, а определение или постановление вышестоящей судебной инстанции о применении к виновному иного, более мягкого наказания.

Кроме суда в решении вопросов, касающихся исполнения наказания, могут принимать участие и другие субъекты уголовно-исполнительных отношений. Так, в соответствии с положениями Конституции РФ Президент РФ может издавать акты о помиловании конкретных лиц, осужденных к тому или иному виду наказания, а Государственная Дума - акты амнистии, распространяющие свое действие лишь на круг лиц, подпадающих под конкретные признаки, указанные в самом акте амнистии. Помилование осуществляется Президентом РФ в отношении индивидуально определенного лица (ст. 85 УК РФ).

Актом помилования лицо, осужденное за преступление, может быть освобождено от дальнейшего отбытия наказания либо назначенное ему наказание может быть сокращено или заменено более мягким видом наказания. С лица, отбывшего наказание, актом помилования может быть снята судимость.

Институт помилования, являясь в известной мере исключением из процессуального правила обязательности вступившего в законную силу приговора суда, имеет не только уголовно-правовой, но и конституционный характер. В соответствии с п. "в" ст. 89 Конституции РФ Президент РФ наделяется правом помилования. Ходатайство о помиловании направляется администрацией в комиссию по вопросам помилования субъекта Федерации через орган юстиции этого субъекта. Комиссия по вопросам помилования составляет заключение о целесообразности применения акта помилования в отношении осужденного. Указанное заключение рассматривает губернатор и вносит Президенту РФ представление о целесообразности применения акта амнистии. Окончательное решение принимается Президентом РФ.

Порядок рассмотрения ходатайств о помиловании определен Указом Президента РФ от 28 декабря 2001 г. N 1500 "О комиссиях по вопросам помилования на территориях субъектов Российской Федерации".

Помилование и амнистия не являются реабилитацией, применяемой в отношении лица, незаконно и необоснованно подвергнутого уголовному преследованию, и состоящей в восстановлении его прав и свобод и возмещении причиненного ему вреда.

В ст. 84 УК РФ закреплено, что амнистия объявляется Государственной Думой в отношении не определенного индивидуально круга лиц. Актом об амнистии лица, осужденные за совершение преступлений, могут быть освобождены от наказания, либо назначенное им наказание может быть сокращено или заменено более мягким его видом, либо такие лица могут быть освобождены от дополнительного вида наказания. С лиц, отбывших наказание, может быть снята судимость. Решение об объявлении амнистии принимается не в форме закона, а в форме постановления Государственной Думы, а предписания указанного постановления структурно не включаются в систему УК. Поэтому вопреки позиции, некогда сформулированной Верховным Судом СССР (Постановление от 20 декабря 1929 г.), акт об амнистии не является уголовным законом и обратной силы действия не имеет.

Действие акта амнистии связывается с различными обстоятельствами. Чаще всего это данные, характеризующие лицо, совершившее преступление, которые в рамках уголовного закона не имеют значения для квалификации, но учитываются при назначении наказания и освобождения от него. Так, в силу Постановления Государственной Думы от 26 мая 2000 г. "Об объявлении амнистии в связи с 55-летием Победы в Великой Отечественной войне 1941 - 1945 годов" подлежали освобождению от наказания независимо от назначенного срока, с учетом предусмотренных исключений, осужденные, принимавшие участие в боевых действиях по защите Отечества. Сюда относились и лица, проходившие службу в составе действующей армии; награжденные орденами или медалями СССР либо Российской Федерации; женщины, имеющие несовершеннолетних детей, детей-инвалидов, и некоторые другие категории лиц.